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- PDB-3dsg: XC1028 from Xanthomonas campestris Adopts a PilZ Domain-like Stru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dsg
タイトルXC1028 from Xanthomonas campestris Adopts a PilZ Domain-like Structure Yet with Trivial c-di-GMP Binding Activity
要素Type IV fimbriae assembly protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / PilZ domain / Xanthomonas campestris / c-di-GMP / type IV pilus / PA2960
機能・相同性predicted glycosyltransferase like domains / PilZ domain / PilZ domain / cyclic-di-GMP binding / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / Mainly Beta / Type IV fimbriae assembly protein
機能・相同性情報
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Li, T.N. / Chin, K.H. / Liu, J.H. / Wang, A.H.J. / Chou, S.H.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: XC1028 from Xanthomonas campestris adopts a PilZ domain-like structure without a c-di-GMP switch.
著者: Li, T.N. / Chin, K.H. / Liu, J.H. / Wang, A.H. / Chou, S.H.
履歴
登録2008年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type IV fimbriae assembly protein
B: Type IV fimbriae assembly protein
C: Type IV fimbriae assembly protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6473
ポリマ－31,6473
非ポリマー00
水2,270126
1
A: Type IV fimbriae assembly protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5491
ポリマ－10,5491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Type IV fimbriae assembly protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5491
ポリマ－10,5491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Type IV fimbriae assembly protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5491
ポリマ－10,5491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.896, 50.962, 92.745
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細C2

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要素

#1: タンパク質 Type IV fimbriae assembly protein


分子量: 10548.862 Da / 分子数: 3 / 断片: PilZ domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PBU4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.52 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 18% PEG 2KMME, 2% glycerol, VAPOR DIFFUSION, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.97920, 0.96398, 0.97888
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月5日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.963981
30.978881
反射解像度: 2.09→30 Å / Num. obs: 22930 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.22 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 1714 / Rsym value: 0.23 / % possible all: 79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.09→25.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 235091.45 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 3802 9 %RANDOM
Rwork0.277 ---
obs0.277 22930 88.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.691 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.79 Å20 Å2-1.45 Å2
2--11.58 Å20 Å2
3----29.36 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→25.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2137 0 0 126 2263
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg4.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d28.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d6.28
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.491.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.882
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.822.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.421 901 -
obs--9.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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