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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dsg | ||||||
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タイトル | XC1028 from Xanthomonas campestris Adopts a PilZ Domain-like Structure Yet with Trivial c-di-GMP Binding Activity | ||||||
要素 | Type IV fimbriae assembly protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / PilZ domain / Xanthomonas campestris / c-di-GMP / type IV pilus / PA2960 | ||||||
機能・相同性 | predicted glycosyltransferase like domains / PilZ domain / PilZ domain / cyclic-di-GMP binding / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / Mainly Beta / Type IV fimbriae assembly protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å | ||||||
データ登録者 | Li, T.N. / Chin, K.H. / Liu, J.H. / Wang, A.H.J. / Chou, S.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2009 タイトル: XC1028 from Xanthomonas campestris adopts a PilZ domain-like structure without a c-di-GMP switch. 著者: Li, T.N. / Chin, K.H. / Liu, J.H. / Wang, A.H. / Chou, S.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dsg.cif.gz | 65.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dsg.ent.gz | 53.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dsg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3dsg_validation.pdf.gz | 447.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3dsg_full_validation.pdf.gz | 475.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3dsg_validation.xml.gz | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3dsg_validation.cif.gz | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/3dsg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/3dsg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | C2 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10548.862 Da / 分子数: 3 / 断片: PilZ domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PBU4 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.52 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 18% PEG 2KMME, 2% glycerol, VAPOR DIFFUSION, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.97920, 0.96398, 0.97888 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月5日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.09→30 Å / Num. obs: 22930 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.22 / Net I/σ(I): 27.3 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 1714 / Rsym value: 0.23 / % possible all: 79 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.09→25.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 235091.45 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.691 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→25.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Total num. of bins used: 6 /
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Xplor file |
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