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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dsb | |||||||||
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タイトル | The crystal structure of a possible acetyltransferase from Clostridium difficile 630 | |||||||||
![]() | Putative acetyltransferase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / APC60368.2 / acetyltransferase / Clostridium difficile 630 / structural genomics / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tan, K. / Shackelford, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of a possible acetyltransferase from Clostridium difficile 630 著者: Tan, K. / Shackelford, G. / Joachimiak, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 161.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 462.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 467.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Authors state that the biological unit is experimentally unknown. The chains A and B are expected to form a dimer. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19181.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 630 / 遺伝子: CD2162 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1M Ammonium Sulfate 0.1M Tris-Sodium Citrate, pH 4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月20日 / 詳細: Mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97932 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.48→37.1 Å / Num. all: 62315 / Num. obs: 62315 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 42.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.48→1.51 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2787 / % possible all: 90.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.509 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.48→37.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.478→1.516 Å / Total num. of bins used: 20
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