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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3drp | ||||||
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タイトル | HIV reverse transcriptase in complex with inhibitor R8e | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / HIV-1 reverse transcriptase / non-nucleoside inhibition / nucleotidyltrasferase / Hydrolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / Assembly Of The HIV Virion / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / protein processing / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / peptidase activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Yan, Y. / Prasad, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008 タイトル: Discovery of 3-{5-[(6-Amino-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-yl)methoxy]-2-chlorophenoxy}-5-chlorobenzonitrile (MK-4965): A Potent, Orally Bioavailable HIV-1 Non-Nucleoside Reverse ...タイトル: Discovery of 3-{5-[(6-Amino-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-yl)methoxy]-2-chlorophenoxy}-5-chlorobenzonitrile (MK-4965): A Potent, Orally Bioavailable HIV-1 Non-Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitor with Improved Potency against Key Mutant Viruses. 著者: Tucker, T.J. / Sisko, J.T. / Tynebor, R.M. / Williams, T.M. / Felock, P.J. / Flynn, J.A. / Lai, M.T. / Liang, Y. / McGaughey, G. / Liu, M. / Miller, M. / Moyer, G. / Munshi, V. / Perlow- ...著者: Tucker, T.J. / Sisko, J.T. / Tynebor, R.M. / Williams, T.M. / Felock, P.J. / Flynn, J.A. / Lai, M.T. / Liang, Y. / McGaughey, G. / Liu, M. / Miller, M. / Moyer, G. / Munshi, V. / Perlow-Poehnelt, R. / Prasad, S. / Reid, J.C. / Sanchez, R. / Torrent, M. / Vacca, J.P. / Wan, B.L. / Yan, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3drp.cif.gz | 219.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3drp.ent.gz | 172.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3drp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3drp_validation.pdf.gz | 815.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3drp_full_validation.pdf.gz | 874.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3drp_validation.xml.gz | 47 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3drp_validation.cif.gz | 66 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/3drp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/3drp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64895.316 Da / 分子数: 1 / 断片: GAG-POL POLYPROTEIN P66 SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: HXB2 isolate / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H |
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#2: タンパク質 | 分子量: 51731.418 Da / 分子数: 1 / 断片: GAG-POL POLYPROTEIN P51 SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: HXB2 isolate / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04585 |
#3: 化合物 | ChemComp-R8E / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.96 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: sodium citrate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→100 Å / Num. obs: 44492 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 67.272 Å2 / Rsym value: 0.057 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 4401 / Rsym value: 0.503 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 2RF2 解像度: 2.6→94.49 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 59.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→94.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.75 Å / Total num. of bins used: 9
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