PDB-3drh: Crystal structure of Lactococcal OppA co-crystallized with Leu-en...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3drh

タイトル

Crystal structure of Lactococcal OppA co-crystallized with Leu-enkephalin in an open conformation

要素

Oligopeptide-binding protein oppA
peptide AAAAAA

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / oligo-peptide binding / voluminous binding cavity / venus fly-trap

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide transmembrane transporter activity / peptide transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus lactis (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Berntsson, R.P.-A. / Doeven, M.K. / Duurkens, R.H. / Sengupta, D. / Marrink, S.-J. / Thunnissen, A.-M. / Poolman, B. / Slotboom, D.-J.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: The structural basis for peptide selection by the transport receptor OppA
著者: Berntsson, R.P.-A. / Doeven, M.K. / Fusetti, F. / Duurkens, R.H. / Sengupta, D. / Marrink, S.-J. / Thunnissen, A.-M. / Poolman, B. / Slotboom, D.-J.

履歴

登録	2008年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3drh.cif.gz	141 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3drh.ent.gz	106.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3drh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3drh_validation.pdf.gz	426.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3drh_full_validation.pdf.gz	430 KB	表示
XML形式データ	3drh_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	3drh_validation.cif.gz	45.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/3drh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/3drh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3drfSC 3drgC 3driC 3drjC 3drkC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3drj-d 3drk-d 3fto-d 5ibs-1 2i4z-d 4ohl-2 6crg-2 3dri-d 2shp-2 6md7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Oligopeptide-binding protein oppA

B: peptide AAAAAA

65.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.707, 123.007, 59.308
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.10, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Oligopeptide-binding protein oppA 分子量: 65144.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Construct lacking N-terminal signal sequence and cysteine used for lipid modification 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株: subsp. cremoris MG1363 / 遺伝子: oppA, llmg_0701 / プラスミド: pAMP21 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株 (発現宿主): MG1363 / 参照: UniProt: A2RJ53
#2: タンパク質・ペプチド	peptide AAAAAA 分子量: 444.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesis
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 746 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.05 % / Mosaicity: 0.52 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Na-Hepes, 20% PEG 6000, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å

検出器

タイプ: ADSC Q210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.934 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 1.6 % / Av σ(I) over netI: 10.8 / 数: 171359 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_sym value: 0.054 / D res high: 1.7 Å / D res low: 41.03 Å / Num. obs: 105411 / % possible obs: 87.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
5.38	52.41	75.7	1	0.029	0.029	1.8
3.8	5.38	81	1	0.028	0.028	1.8
3.1	3.8	83.7	1	0.029	0.029	1.7
2.69	3.1	85.2	1	0.038	0.038	1.7
2.4	2.69	86.7	1	0.054	0.054	1.6
2.19	2.4	87.8	1	0.074	0.074	1.6
2.03	2.19	88.6	1	0.105	0.105	1.6
1.9	2.03	89.3	1	0.157	0.157	1.6
1.79	1.9	89.8	1	0.247	0.247	1.6
1.7	1.79	89	1	0.365	0.365	1.6

反射

解像度: 1.7→41.03 Å / Num. obs: 60984 / % possible obs: 87.1 % / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.054 / R_sym value: 0.054 / Net I/σ(I): 10.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.7-1.79	1.6	0.365	2	24425	15707	0.365	89
1.79-1.9	1.6	0.247	3.1	23710	15080	0.247	89.8
1.9-2.03	1.6	0.157	4.8	22135	13950	0.157	89.3
2.03-2.19	1.6	0.105	7.1	20911	13034	0.105	88.6
2.19-2.4	1.6	0.074	9.9	19146	11770	0.074	87.8
2.4-2.69	1.6	0.054	13.1	17438	10577	0.054	86.7
2.69-3.1	1.7	0.038	16.8	15334	9142	0.038	85.2
3.1-3.8	1.7	0.029	19.2	12970	7574	0.029	83.7
3.8-5.38	1.8	0.028	19.6	10022	5683	0.028	81
5.38-52.41	1.8	0.029	18.1	5268	2894	0.029	75.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	35.93 Å
Translation	2.5 Å	35.93 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.25	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3DRF

3drf

解像度: 1.7→41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 4.013 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.205	3103	5.1 %	RANDOM
R_work	0.165	-	-	-
obs	0.167	60836	99.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.592 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.27 Å²	0 Å²	-0.06 Å²
2-	-	-0.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4383	0	0	746	5129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	4548
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3049
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.339	1.952	6170
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.882	3	7499
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.507	5	577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.413	25.8	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.951	15	776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.253	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	660
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5130
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	873
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.726	1.5	2847
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.195	1.5	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.285	2	4582
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.087	3	1701
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.238	4.5	1588

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	232	-
R_work	0.219	4296	-
all	-	4528	-
obs	-	-	99.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6261	-0.1565	0.1377	0.5008	-0.129	0.4886	0.0306	0.1205	-0.0961	0.0497	-0.015	0.0639	-0.0433	-0.0172	-0.0156	-0.0021	0.0128	0.0037	0.0174	-0.0237	0.0301	2.8581	3.9337	-4.8253
2	0.9343	-0.2803	0.1203	0.6726	-0.1681	0.5542	-0.0357	-0.1465	0.0903	0.0937	0.0733	0.0054	0.0051	-0.0256	-0.0376	0.0281	0.0003	0.0039	0.0266	-0.0035	0.0187	-0.2763	32.3635	19.7053
3	0.4069	-0.1327	-0.0145	0.5737	0.048	0.004	-0.0027	0.0417	0.0378	-0.0144	0.0312	-0.0102	0.0366	-0.007	-0.0285	0.0519	0.002	0.0056	0.0228	0.0092	0.0246	8.3709	21.6717	4.8486

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	14 - 299	14 - 299
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	300 - 470	300 - 470
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	471 - 572	471 - 572

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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