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- PDB-3dr0: Structure of reduced cytochrome c6 from Synechococcus sp. PCC 7002 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dr0
タイトルStructure of reduced cytochrome c6 from Synechococcus sp. PCC 7002
要素Cytochrome c6
キーワードELECTRON TRANSPORT / Cytochrome / photosynthesis / cyanobacteria / electron transfer / Heme / Iron / Metal-binding / Thylakoid / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived thylakoid lumen / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c6 / Cytochrome c, class IC / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c6
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.23 Å
データ登録者Bialek, W. / Krzywda, S. / Jaskolski, M. / Szczepaniak, A.
引用
ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Atomic-resolution structure of reduced cyanobacterial cytochrome c6 with an unusual sequence insertion
著者: Bialek, W. / Krzywda, S. / Jaskolski, M. / Szczepaniak, A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Deeply branching c6-like cytochromes of cyanobacteria
著者: Bialek, W. / Nelson, M. / Tamiola, K. / Kallas, T. / Szczepaniak, A.
#2: ジャーナル: The Phototrophic Prokaryotes / 年: 1999
タイトル: Cytochrome c6 from Synechococcus sp. PCC 7002
著者: Nomura, C. / Bryant, D.A.
履歴
登録2008年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月25日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c6
B: Cytochrome c6
C: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3818
ポリマ－28,3393
非ポリマー2,0425
水9,422523
1
A: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0632
ポリマ－9,4461
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2554
ポリマ－9,4461
非ポリマー8093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0632
ポリマ－9,4461
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.879, 82.879, 28.277
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c6 / Soluble cytochrome f / Cytochrome c553 / Cytochrome c-553


分子量: 9446.432 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: co-expression with pEC86
由来: (組換発現) Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
遺伝子: petJ / プラスミド: pUC19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: O30881
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.83 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 10mM HEPES, 2.2M Ammonium Sulfate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.817 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si [111], horizontally focussing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.817 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→71.8 Å / Num. all: 62938 / Num. obs: 62908 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 1.22→1.26 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 73.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0039精密化
MAR345dtbデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1CTJ

1ctj


解像度: 1.23→19.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.988 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.984 / SU B: 1.302 / SU ML: 0.026 / Isotropic thermal model: Anisotropic ADPs / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13771 1274 2 %RANDOM
Rwork0.10709 ---
obs0.10771 61634 98.75 %-
all-62938 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.467 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å2-0.1 Å20 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.23→19.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1986 0 139 523 2648
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222289
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6872.1093135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6333.0043370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3315279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.28926.56296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.10715319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.982153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022610
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02402
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6191.51402
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5781.5582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.26922186
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3153887
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3064.5949
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.41813664
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free12.6675523
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.40753597
LS精密化 シェル解像度: 1.226→1.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 89 -
Rwork0.237 3963 -
obs--85.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.90430.4475-0.07282.96460.55723.5448-0.03970.0880.0822-0.0978-0.0124-0.0695-0.18010.04890.05220.07910.0122-0.01640.0679-0.0110.099930.3078-18.0786-7.9964
21.2156-0.21790.07981.26530.10181.329-0.0174-0.0145-0.11930.02390.0190.02370.0827-0.0273-0.00160.0643-0.0080.00680.05760.00480.075426.3122-32.0445-10.1208
34.8728-2.6969-0.66442.95240.82870.8024-0.0777-0.01060.0801-0.00440.0324-0.036-0.05120.01360.04530.0507-0.0027-0.0130.02240.00120.029230.4577-22.508-12.5056
42.7036-0.75790.55892.2036-0.38114.9799-0.0754-0.09390.11520.0598-0.03140.0004-0.2278-0.03970.10670.0662-0.0062-0.00190.06110.01290.092510.45487.0679-2.0158
50.98150.02910.061.3109-0.10271.0202-0.00080.00740.01280.0008-0.0156-0.0826-0.01180.08540.01640.05510.00840.00140.06920.00640.051914.1377-3.41941.1614
61.5831-0.8684-0.61062.00520.76470.60020.05850.06970.0757-0.0958-0.0535-0.0302-0.0406-0.0401-0.00490.0595-0.00290.0020.06880.01020.070330.626121.4571-14.0271
71.60360.0933-0.00152.27770.99432.50050.00140.0336-0.00970.0043-0.04330.12670.0288-0.15540.04190.0393-0.0071-0.00510.05110.0070.056922.419716.3696-9.1192
82.03232.08660.05416.69570.61870.6696-0.0445-0.03-0.01220.0220.0329-0.10930.02090.02720.01150.04730.01050.00880.0540.00250.054534.273217.2052-7.7044
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 161 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2AA17 - 7017 - 70
3X-RAY DIFFRACTION3AA71 - 9371 - 93
4X-RAY DIFFRACTION4BB1 - 161 - 16
5X-RAY DIFFRACTION5BB17 - 9317 - 93
6X-RAY DIFFRACTION6CC1 - 401 - 40
7X-RAY DIFFRACTION7CC41 - 7241 - 72
8X-RAY DIFFRACTION8CC73 - 9373 - 93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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