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- PDB-3dpu: RocCOR domain tandem of Rab family protein (Roco) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dpu
タイトルRocCOR domain tandem of Rab family protein (Roco)
要素Rab family protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / RocCOR / G-domain / COR / GTP-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2200 / TATA-Binding Protein - #200 / : / C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR-A domain / Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Roc domain profile. / Roc domain ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2200 / TATA-Binding Protein - #200 / : / C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR-A domain / Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Roc domain profile. / Roc domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / TATA-Binding Protein / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Rab subfamily of small GTPases / Leucine-rich repeat domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rab family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gotthardt, K. / Weyand, M. / Kortholt, A. / Van Haastert, P.J.M. / Wittinghofer, A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Structure of the Roc-COR domain tandem of C. tepidum, a prokaryotic homologue of the human LRRK2 Parkinson kinase
著者: Gotthardt, K. / Weyand, M. / Kortholt, A. / Van Haastert, P.J. / Wittinghofer, A.
履歴
登録2008年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rab family protein
B: Rab family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,2112
ポリマ－123,2112
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-8.2 kcal/mol
Surface area36740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.200, 106.100, 139.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Rab family protein


分子量: 61605.344 Da / 分子数: 2 / 断片: RocCOR, UNP residues 412-946 / 変異: E917R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
株: Chlorobium tepidum TLS / 遺伝子: CT1526 / プラスミド: pPROEX Htb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 C+ / 参照: UniProt: Q8KC98

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES (pH7.0), 1M Na citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 27740 / Num. obs: 27475 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 51.197 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 20.52
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 2635 / Rsym value: 0.398 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DPT

3dpt


解像度: 2.9→47.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 32.922 / SU ML: 0.289 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 1.575 / ESU R Free: 0.39 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27005 1374 5 %RANDOM
Rwork0.23029 ---
obs0.23226 26101 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.099 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.68 Å20 Å20 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3----1.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6235 0 0 0 6235
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226364
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.31.9668662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9595804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.16924.525263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.807151024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0641526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.22881
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.24334
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3741.54131
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.67626493
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.95132539
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6114.52169
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.902→2.977 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 93 -
Rwork0.271 1771 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.69213.3323.111115.98270.85542.9153-0.0680.02330.30121.29020.61320.2497-0.1605-0.5158-0.54520.25160.10830.37130.01180.11620.31856.445321.619-3.3718
21.32090.61851.25632.87330.36875.2018-0.0436-0.15750.02520.12480.1404-0.3337-0.01780.165-0.0968-0.17390.04510.0061-0.0474-0.025-0.119720.754720.6231-29.9372
33.4599-1.7126-0.19973.70910.37652.62010.0813-0.11340.08690.24160.1303-0.13470.07560.0753-0.2115-0.11720.0395-0.0572-0.11230.0131-0.168427.57956.9737-9.7861
43.95690.91542.92471.62751.78713.03280.362-0.2254-0.5570.49320.0561-0.19120.829-0.1998-0.41810.1903-0.1383-0.1062-0.10480.102-0.01947.9982-12.8046-33.2889
519.95191.687-2.85336.1369-4.9396.8589-0.27260.7157-1.38850.21640.7049-0.86210.2349-0.0719-0.43240.0691-0.09050.057-0.0546-0.19920.298441.9743-4.065-81.3346
64.0447-0.2008-1.14622.2271.28072.45370.09160.0759-0.18910.16390.0419-0.24010.1838-0.0162-0.1335-0.1468-0.0493-0.0238-0.21420.0431-0.220737.022118.7925-71.0676
72.07562.1273-0.6633.3961-0.53551.70410.07920.12470.05610.0489-0.02830.14770.08660.0317-0.0509-0.2310.0325-0.0206-0.2255-0.0173-0.25614.62815.5487-60.5632
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA421 - 44610 - 35
2X-RAY DIFFRACTION2AA447 - 62636 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3AA627 - 784216 - 373
4X-RAY DIFFRACTION4AA790 - 938379 - 527
5X-RAY DIFFRACTION5BB417 - 4436 - 32
6X-RAY DIFFRACTION6BB626 - 784215 - 373
7X-RAY DIFFRACTION7BB793 - 940382 - 529

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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