PDB-3dpj: The crystal structure of a TetR transcription regulator from Sili...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dpj

タイトル

The crystal structure of a TetR transcription regulator from Silicibacter pomeroyi DSS

要素

Transcription regulator, TetR family

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / APC88616 / TetR / Silicibacter pomeroyi DSS / structural genomics / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Silicibacter pomeroyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Tan, K. / Li, H. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a TetR transcription regulator from Silicibacter pomeroyi DSS
著者: Tan, K. / Li, H. / Freeman, L. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dpj.cif.gz	618 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dpj.ent.gz	534.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dpj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3dpj_validation.pdf.gz	542.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dpj_full_validation.pdf.gz	626.2 KB	表示
XML形式データ	3dpj_validation.xml.gz	77.8 KB	表示
CIF形式データ	3dpj_validation.cif.gz	104.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/3dpj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/3dpj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3bhq-d 6g8h-2 3knw-d 5myr-1 2wv1-d 3lwj-1 2jk3-d 3p9t-d 6hnx-1 5myw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC88616

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: APC88616

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcription regulator, TetR family

B: Transcription regulator, TetR family

C: Transcription regulator, TetR family

D: Transcription regulator, TetR family

E: Transcription regulator, TetR family

F: Transcription regulator, TetR family

G: Transcription regulator, TetR family

H: Transcription regulator, TetR family

ヘテロ分子

179 kDa, 8 ポリマー
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1

E: Transcription regulator, TetR family

F: Transcription regulator, TetR family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.7 kDa, 2 ポリマー
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2

G: Transcription regulator, TetR family

H: Transcription regulator, TetR family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.7 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Transcription regulator, TetR family

D: Transcription regulator, TetR family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45 kDa, 2 ポリマー
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4

A: Transcription regulator, TetR family

B: Transcription regulator, TetR family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	60.523, 93.072, 93.397
Angle α, β, γ (deg.)	89.35, 71.02, 71.04
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

The chains A and B, C and D, E and F, G and H form dimers, respectively.

#1: タンパク質	Transcription regulator, TetR family 分子量: 21918.748 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Silicibacter pomeroyi (バクテリア) 株: DSS / 遺伝子: SPO1902 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5LS67
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 804 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.53 %
結晶化	温度: 289 K / pH: 8.5 詳細: 0.2M Sodium Citrate, 0.1M Tris 15% PEG 400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K, pH 8.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97904
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月17日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: SI 111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97904 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,h-k,h-l / Fraction: 0.502
反射	解像度: 1.9→42 Å / Num. obs: 138074 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / % possible all: 86.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→41.61 Å / 位相誤差: 35.25 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: The structure was resolved in space group C2 and was refined in space group P1 with a twin-law of "h, h-k, h-l".

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	14106	5.28 %
R_work	0.193	-	-
obs	0.196	266959	93.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 75.95 Å² / k_sol: 0.37 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.548 Å²	0.162 Å²	0.142 Å²
2-	-	-5.977 Å²	-6.689 Å²
3-	-	-	-8.585 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11958	0	216	804	12978

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	12376
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.09	16670
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.659	4452
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	1830
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2166

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.93 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	570	-
R_work	0.311	9926	-
obs	-	-	98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4	-0.1327	-0.0864	0.2377	-0.0007	0.0516	0.0615	0.1192	-0.2065	-0.4058	-0.0781	-0.3491	0.0615	0.0547	-0.0061	0.3699	0.0976	0.1009	0.2766	-0.0191	0.4429	18.4884	-14.2417	-14.0849
2	0.8373	-0.1579	0.2151	1.2062	-0.7653	1.0884	0.0193	0.0805	-0.0454	0.7056	-0.0235	-0.5775	-0.4371	0.2037	0.0473	0.2849	-0.0537	-0.1183	0.0849	0.0249	0.2719	10.5417	2.3251	5.4903
3	0.7798	-0.0419	-0.1176	0.6313	-0.0678	0.4935	0.0037	-0.0446	-0.0118	-0.2086	-0.0705	0.0266	0.2114	-0.3446	0.0673	0.2245	-0.0701	-0.0672	0.2228	-0.0426	0.1765	-17.3286	-13.0544	-15.3078
4	0.3478	-0.2305	0.2866	1.6333	0.3561	0.4808	-0.0626	-0.0051	-0.0185	0.3751	0.0653	0.2025	0.0901	-0.1142	-0.0269	0.3041	0.0518	0.0484	0.1683	0.0224	0.1579	-11.1057	4.9841	2.8383
5	0.9512	-0.5161	-0.5847	0.6476	0.1149	0.1928	-0.1244	-0.2304	-0.0606	-0.2502	0.1667	-0.3394	0.0295	0.2083	-0.0387	0.2913	0.0656	0.1057	0.345	-0.0769	0.4279	48.5722	24.8899	29.5486
6	0.8112	0.2263	0.125	0.0335	-0.0417	1.2884	0.046	0.0255	-0.0815	0.0371	0.065	-0.1066	-0.4395	0.236	-0.0552	0.2794	-0.0757	-0.0212	0.1299	-0.0029	0.1607	41.0695	41.5208	49.2431
7	0.295	0.262	0.0972	0.2442	0.0453	-0.0941	0.0566	-0.0239	0.3915	-0.1062	0.0219	0.2042	0.1207	-0.2127	-0.023	-0.3281	-0.2648	0.0158	0.2979	0.0701	0.2529	12.6836	26.5418	28.7926
8	0.197	-0.0308	0.6098	0.5179	-0.5826	2.0017	-0.0402	-0.0643	-0.0448	0.2766	0.0908	0.131	-0.727	-0.6016	-0.0912	0.3631	0.1634	0.0412	0.2481	0.025	0.1337	19.5566	44.6292	46.9318
9	0.7805	-0.255	-0.5102	0.2206	0.2717	0.8321	-0.0094	-0.2709	0.0812	0.0597	-0.0556	0.1066	-0.3344	-0.1656	-0.0182	0.3223	0.1205	0.1338	0.3192	-0.0279	0.222	-18.1793	52.3328	10.6579
10	0.5047	-0.0943	-0.2382	1.4105	0.0338	-0.7814	0.0512	0.1024	0.0222	-0.5317	-0.0406	0.197	-0.028	-0.1154	-0.0193	0.3541	-0.0082	-0.0826	0.1958	0.0349	0.1258	-11.1433	34.6058	-7.7839
11	0.7212	0.1588	0.0989	0.6862	-0.0641	0.3228	-0.0249	-0.0047	0.1767	0.3617	-0.0251	-0.4899	-0.208	0.1399	0.0631	0.3563	-0.0706	-0.163	0.2646	0.0099	0.4076	16.786	53.2668	9.6258
12	0.5712	0.4548	0.2658	-0.1178	0.0197	0.8415	0.0259	-0.0136	-0.1877	-0.3372	-0.0809	-0.3441	0.107	0.0857	0.0739	0.4148	0.0367	0.1012	0.0958	0.0255	0.2321	10.4735	37.2815	-10.1282
13	0.7742	-0.1424	-0.6821	0.2559	0.3069	0.8846	0.0308	-0.2784	0.0946	0.1165	-0.0081	0.133	-0.3248	-0.2018	-0.0394	0.4138	0.1409	0.108	0.396	-0.0164	0.2792	12.0508	91.5168	54.523
14	0.4203	0.0922	-0.6948	0.959	-0.4277	1.388	-0.0557	0.1716	0.0459	-0.5054	0.0764	0.2017	0.6174	-0.5501	-0.0602	0.438	-0.106	-0.0898	0.1938	0.0337	0.0842	19.2066	73.7726	36.1988
15	0.4681	-0.1763	0.2422	0.1238	-0.0562	0.3688	-0.1935	-0.0984	0.1971	0.2003	0.0704	-0.2728	-0.2715	0.1288	0.1247	0.2931	-0.0559	-0.1623	0.2512	-0.0316	0.3395	47.0056	92.7148	53.4292
16	0.3634	0.5649	0.0734	0.9293	-0.0487	0.7773	0.0275	-0.0352	-0.1505	-0.773	-0.1415	-0.5637	0.252	0.1725	0.128	0.5447	0.0734	0.163	0.122	0.0543	0.2858	40.819	76.7629	33.6738

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 47
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	48 - 191
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 47
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	48 - 191
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	-2 - 47
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	48 - 191
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	2 - 47
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	48 - 191
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	-1 - 47
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	48 - 191
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	3 - 47
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	48 - 190
13	X-RAY DIFFRACTION	13	G	-1 - 47
14	X-RAY DIFFRACTION	14	G	48 - 191
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	3 - 47
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H	48 - 190

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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