PDB-3knw: Crystal structure of a putative transcriptional regulator (TetR/A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3knw

タイトル

Crystal structure of a putative transcriptional regulator (TetR/AcrR family member) from putative transcriptional regulator (TetR/AcrR family)

要素

Putative transcriptional regulator (TetR/AcrR family)

キーワード

transcription regulator / TetR-like protein / MCSG / PSI / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Nocek, B. / Bigelow, L. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative transcriptional regulator (TetR/AcrR family member) from putative transcriptional regulator (TetR/AcrR family)
著者: Nocek, B. / Bigelow, L. / Cobb, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3knw.cif.gz	87.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3knw.ent.gz	69.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3knw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/3knw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/3knw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4yze-2 3crj-2 3fiw-1 3g56-d 3fiw-2 3dpj-2 3dpj-1 3v78-d 4yze-1 3lwj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc88826

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative transcriptional regulator (TetR/AcrR family)

B: Putative transcriptional regulator (TetR/AcrR family)

ヘテロ分子

49.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.741, 73.768, 106.921
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

authors state that the biological assembly is highly likely dimer

#1: タンパク質	Putative transcriptional regulator (TetR/AcrR family) 分子量: 24525.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acinetobacter sp. (バクテリア) / 株: ADP1 / 遺伝子: ACIAD2740 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q6F8X8
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.23 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS, 20% PEG-1000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月18日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→30 Å / Num. all: 19022 / Num. obs: 18816 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 65.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 23.5
反射シェル	解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 908 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
Auto-Rickshaw		位相決定
SHELX		モデル構築
CCP4		モデル構築
MLPHARE		位相決定
NANtMRF		モデル構築
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
SHARP		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
CCP4		位相決定
NANtMRF		位相決定
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.45→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 18.429 / SU ML: 0.193 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.356 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26327	961	5.2 %	RANDOM
R_work	0.20992	-	-	-
all	0.213	17997	-	-
obs	0.21265	17687	98.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.764 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.87 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2834	0	4	25	2863

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	2885
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1960
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.685	1.971	3880
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.992	3	4800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.346	5	355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.907	24.333	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.59	15	546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.152	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3128
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	565
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.864	1.5	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.187	1.5	732
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.581	2	2838
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.288	3	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.56	4.5	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	68	-
R_work	0.262	1262	-
obs	-	-	96.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3076	2.1052	-0.0066	15.1255	3.5772	26.6139	0.03	-0.0224	-0.0666	-0.0286	-0.1891	-0.7685	-1.0836	-0.9351	0.1591	0.4139	-0.0865	-0.0906	0.323	-0.0194	0.5783	55.8364	58.2203	35.0018
2	1.2898	-4.5035	-1.8063	17.6012	12.4759	23.9376	0.2905	0.073	0.5775	-0.9083	0.4548	-1.9514	-0.5762	1.9001	-0.7453	0.4711	-0.0532	0.0883	0.6977	0.0236	0.371	58.8089	50.4835	25.0211
3	4.3217	0.2254	5.2037	6.6142	4.9231	11.596	0.383	0.3603	-0.1421	0.5138	-0.2329	-0.0946	1.396	0.1911	-0.1501	0.5827	0.0251	-0.0647	0.3247	-0.0075	0.2384	56.3894	43.9142	31.8509
4	10.9567	6.4209	8.3402	21.3	7.9211	16.296	0.2843	-0.9155	0.4646	0.1292	-0.6626	0.3786	-0.2351	-0.9879	0.3783	0.3458	-0.0446	0.0553	0.4107	0.0406	0.1323	48.4243	48.9365	35.5434
5	3.3232	-3.9244	0.1218	15.8384	-11.3142	11.272	0.0231	-0.1262	0.2584	0.2523	0.0697	0.0042	-0.2306	0.085	-0.0928	0.3591	-0.0684	0.0116	0.3803	-0.0131	0.3502	49.3163	54.8606	24.8878
6	6.228	-4.2669	-7.1607	9.8636	3.7096	47.5573	-0.3845	-0.0863	0.3549	1.3041	-0.02	-0.4326	-1.0222	0.1309	0.4046	0.4112	-0.1204	-0.0182	0.3379	0.0146	0.4315	52.1661	64.3564	19.4293
7	5.4091	-1.4972	-2.7004	15.3078	-3.5971	2.6854	0.5276	-0.0984	0.0459	0.4686	-0.5246	0.0666	-0.6631	0.3071	-0.003	0.8532	-0.2125	-0.0374	0.4331	-0.0402	0.6666	55.3789	72.6555	13.1687
8	4.2513	-1.6239	-0.9793	17.3652	2.5021	1.7152	-0.009	0.1234	0.6285	0.2434	-0.0327	-0.1634	-0.4692	0.5818	0.0418	0.477	-0.1073	-0.034	0.3988	0.048	0.5466	56.9486	72.2098	3.1414
9	7.4208	-4.1872	4.0895	18.7722	7.11	7.6658	-0.2734	-0.0481	1.1639	0.3858	0.1525	-1.5279	0.0249	0.098	0.1209	0.3125	-0.0166	-0.0151	0.4804	-0.0645	0.5294	59.708	64.8125	7.1154
10	1.3562	4.3859	-1.1619	15.6617	-4.4315	1.3105	0.5159	-0.4501	0.1951	0.6725	-0.5689	0.4117	0.0063	0.0701	0.053	0.8994	-0.1391	0.1387	1.0009	-0.1241	0.6941	61.4126	57.6213	10.2855
11	24.9772	2.3158	-7.1612	0.2286	-0.4593	6.0225	0.231	0.272	0.5092	0.0806	0.0564	0.0426	0.6846	-0.1878	-0.2875	0.5939	-0.0032	-0.0593	0.4	0.0389	0.0652	48.1822	45.0852	15.9341
12	0.7958	-2.4375	-1.2807	14.8015	-8.1887	22.1279	0.0299	0.1021	-0.0523	0.3141	0.1982	0.4108	-0.3171	-1.0106	-0.2281	0.3644	-0.0443	0.0578	0.5488	0.0219	0.3786	41.3967	50.7761	19.4052
13	6.9284	7.0262	-6.838	10.3388	-1.792	23.0517	0.2131	-0.1932	0.1675	0.3492	0.1015	0.3618	0.5051	-0.6706	-0.3145	0.3523	-0.0369	0.0305	0.5104	0.0562	0.4291	43.457	56.034	13.3099
14	5.2776	2.5131	-0.0869	9.9906	-0.1918	3.6417	-0.1461	-0.1861	0.4599	0.7342	0.5376	0.2119	-0.2249	-0.5031	-0.3916	0.1988	0.0135	0.0392	0.1882	0.003	0.4164	46.4967	67.5482	6.7175
15	10.1798	10.9439	-3.4722	22.3127	3.0834	5.8167	0.2295	0.2414	0.0509	-0.4205	-0.1951	-0.038	-0.6237	-0.1088	-0.0345	0.3142	-0.0228	-0.0347	0.3276	0.0889	0.4164	49.7279	74.1164	-4.1283
16	5.3072	1.9616	-1.6673	4.2255	-0.8193	3.0385	0.041	0.0516	0.342	-0.1524	0.1521	0.1548	0.1436	0.0331	-0.1931	0.1599	-0.0223	-0.0001	0.206	0.0086	0.3294	46.743	61.9523	-0.41
17	7.6998	-4.7321	4.6188	6.8568	-0.8789	3.7497	0.0281	-0.1671	-0.1117	-0.0744	0.0316	0.0838	-0.0135	-0.093	-0.0598	0.1687	-0.034	0.0301	0.2684	0.0408	0.2542	55.9888	52.6282	2.8627
18	9.89	2.9831	-1.6429	12.072	-1.4848	10.2348	0.3072	-0.6503	-0.3216	0.5352	-0.1983	-0.1116	0.2535	-0.1457	-0.1089	0.1696	-0.0241	-0.0409	0.2469	0.0178	0.2855	65.5781	47.7108	4.5123
19	10.8969	-6.6918	2.4599	4.8645	-0.7153	1.3943	0.1019	0.4805	0.3512	-0.1939	-0.119	-0.2579	-0.1021	0.3151	0.0171	0.2083	-0.037	0.0139	0.3072	0.0499	0.3943	62.8628	57.9556	-1.4739
20	19.2628	-4.5878	-4.7245	25.1028	-6.4554	19.7722	0.1728	0.8028	0.6633	-1.203	0.0898	-0.4596	0.2717	0.5852	-0.2626	0.2815	-0.0565	0.0668	0.2251	0.08	0.3249	56.6859	65.5938	-6.1107
21	10.5193	3.0974	10.0355	10.7064	5.4258	10.2005	0.2958	0.6002	-0.2526	-1.0695	-0.3558	1.3129	0.0514	0.432	0.06	0.6122	-0.0614	-0.072	0.4057	-0.0285	0.7275	53.2568	17.1926	3.2707
22	12.4824	-5.4871	-4.8754	17.346	6.1951	18.91	-0.209	1.0216	-0.0669	0.4763	-0.208	1.139	-0.7549	-1.5288	0.417	0.3677	0.0118	-0.0507	0.1918	0.0642	0.4202	52.0383	28.8624	8.7213
23	60.3619	21.6353	10.5009	12.8497	11.1783	12.6296	0.4717	-1.632	-1.9827	0.4643	-0.9643	-0.0024	0.3712	-0.6636	0.4926	0.7073	0.0758	0.2914	0.4004	0.5044	0.8703	53.5789	22.5516	15.6524
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33	12.1427	2.2143	-7.1439	0.4131	-1.3161	4.2254	-0.1215	0.1212	-0.127	-0.0923	0.0447	-0.0335	0.1879	-0.0532	0.0768	0.5206	0.038	-0.0236	0.4516	-0.0948	0.4122	58.9677	42.4294	-10.6245
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38	7.9437	-2.152	1.0246	17.3791	5.5512	21.6932	0.1441	-0.451	-0.4772	0.1354	0.1739	-0.1829	0.2888	-0.3246	-0.3181	0.1838	-0.0367	-0.039	0.3488	0.0596	0.2627	41.4077	47.5801	7.5194
39	6.8688	0.6247	-2.6168	2.5151	2.9248	5.0748	-0.162	0.2975	0.0526	-0.1125	0.0423	0.1038	-0.0161	-0.1167	0.1197	0.2695	0.0078	0.0151	0.2925	0.0239	0.2975	42.4746	52.4145	-4.2119
40	19.0101	-0.6399	1.7507	22.9087	2.3765	35.8793	0.067	0.8484	1.2303	-1.1097	-0.3933	0.1674	-1.5182	-0.3597	0.3263	0.3447	0.0575	-0.0297	0.4071	0.0773	0.2863	46.9862	56.8571	-13.4012

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	16 - 26
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	27 - 47
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	48 - 56
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	57 - 67
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	68 - 72
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	73 - 81
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	82 - 89
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	90 - 94
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	95 - 109
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	110 - 123
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	124 - 128
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	129 - 134
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	135 - 146
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	147 - 156
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	157 - 167
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	168 - 176
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	177 - 184
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	185 - 192
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	193 - 198
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	12 - 16
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	17 - 30
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	31 - 40
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	46 - 52
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	53 - 68
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	69 - 78
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	79 - 85
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	86 - 92
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	93 - 108
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	109 - 116
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	117 - 126
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38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	177 - 183
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	184 - 193
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	194 - 198

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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