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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dpi | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of NAD+ synthetase from Burkholderia Pseudomallei | ||||||
![]() | NAD+ synthetase | ||||||
![]() | LIGASE / SSGCID / deCODE / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | ![]() NAD+ synthase / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / glutaminase activity / NAD biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of NAD+ synthetase from Burkholderia Pseudomallei 著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 464.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2pz8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31012.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 1710b / 遺伝子: 76819159 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ACT / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.98 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M BisTris pH 5.5, Hampton Index screen well F10, Crystal ID 109415F10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 日付: 2008年5月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97607 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 28418 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.286 / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 2778 / Χ2: 1.236 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2PZ8 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.188 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80.44 Å2 / Biso mean: 42.93 Å2 / Biso min: 20 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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