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万見
- PDB-3doe: Complex of ARL2 and BART, Crystal Form 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3doe
タイトルComplex of ARL2 and BART, Crystal Form 1
要素
  • ADP-ribosylation factor-like protein 2
  • ADP-ribosylation factor-like protein 2-binding protein
キーワードSIGNALING PROTEIN/HYDROLASE / ADP-ribosylation factor-like 2 / binder of ARL2 / small GTPase / effector / complex structure / GTP-binding / Lipoprotein / Myristate / Nucleotide-binding / Polymorphism / Alternative splicing / Cytoplasm / Mitochondrion / Phosphoprotein / SIGNALING PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / GTPase regulator activity / Post-chaperonin tubulin folding pathway / bicellular tight junction assembly / maintenance of protein location in nucleus / centrosome cycle / positive regulation of cell-substrate adhesion / regulation of glycolytic process / negative regulation of GTPase activity / regulation of aerobic respiration ...Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / GTPase regulator activity / Post-chaperonin tubulin folding pathway / bicellular tight junction assembly / maintenance of protein location in nucleus / centrosome cycle / positive regulation of cell-substrate adhesion / regulation of glycolytic process / negative regulation of GTPase activity / regulation of aerobic respiration / regulation of microtubule polymerization / lateral plasma membrane / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of microtubule polymerization / mitochondrial intermembrane space / cilium / spindle / RAS processing / GDP binding / microtubule cytoskeleton / protein folding / midbody / transcription coactivator activity / mitochondrial matrix / focal adhesion / GTPase activity / centrosome / nucleolus / GTP binding / Golgi apparatus / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylation factor-like protein 2-binding protein / Adp-ribosylation factor-like protein 2-binding protein fold / ADP-ribosylation factor-like 2-binding protein, domain / BART domain / BART domain superfamily / ADP-ribosylation factor-like protein 2 / The ARF-like 2 binding protein BART / ADP-ribosylation factor-like protein 2/3 / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases ...ADP-ribosylation factor-like protein 2-binding protein / Adp-ribosylation factor-like protein 2-binding protein fold / ADP-ribosylation factor-like 2-binding protein, domain / BART domain / BART domain superfamily / ADP-ribosylation factor-like protein 2 / The ARF-like 2 binding protein BART / ADP-ribosylation factor-like protein 2/3 / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ADP-ribosylation factor-like protein 2 / ADP-ribosylation factor-like protein 2-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Zhang, T. / Li, S. / Ding, J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the ARL2-GTP-BART complex reveals a novel recognition and binding mode of small GTPase with effector
著者: Zhang, T. / Li, S. / Zhang, Y. / Zhong, C. / Lai, Z. / Ding, J.
履歴
登録2008年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylation factor-like protein 2
B: ADP-ribosylation factor-like protein 2-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5044
ポリマ－40,9562
非ポリマー5472
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area15680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.827, 44.081, 66.495
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosylation factor-like protein 2


分子量: 21975.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P36404
#2: タンパク質 ADP-ribosylation factor-like protein 2-binding protein / ARF-like 2-binding protein / Binder of ARF2 protein 1


分子量: 18981.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q9Y2Y0
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1M bicine, 10% PEG 6000, 20mM hexammine cobalt (III) chloride, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1.5596 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月7日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5596 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 15074 / Num. obs: 14727 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 36.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 1496 / Rsym value: 0.216 / % possible all: 83.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KSG

1ksg


解像度: 2.25→35.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26123 742 5 %RANDOM
Rwork0.23011 ---
all0.23168 15074 --
obs0.23168 13975 97.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.851 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.01 Å20 Å2-1.37 Å2
2---0.62 Å20 Å2
3---0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→35.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2483 0 33 106 2622
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222567
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3271.9753470
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7765300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.78524.662133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.61515466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6331515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1890.2380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021925
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.21253
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.21746
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1610.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2070.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0431.51502
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.91922415
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.79931065
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7994.51055
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.37932567
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free0.0963107
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded0.60632517
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 43 -
Rwork0.269 862 -
obs-905 81.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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