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- PDB-3doc: Crystal Structure of TrkA glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3doc
タイトルCrystal Structure of TrkA glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Brucella melitensis
要素glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / BRUCELLA / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis biovar Abortus 2308 (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of TrkA glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Brucella melitensis
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2008年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
B: glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
C: glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
D: glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,7878
ポリマ－145,1334
非ポリマー2,6544
水9,386521
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19410 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area43340 Å2
手法PISA
2
A: glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
C: glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8934
ポリマ－72,5662
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5760 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area25760 Å2
手法PISA
3
B: glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
D: glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8934
ポリマ－72,5662
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area25400 Å2
手法PISA
4
C: glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
D: glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8934
ポリマ－72,5662
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area26200 Å2
手法PISA
5
A: glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
B: glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8934
ポリマ－72,5662
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area26600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.975, 106.333, 90.776
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase


分子量: 36283.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis biovar Abortus 2308 (ウシ流産菌)
株: biovar Abortus 2308 / 遺伝子: TrkA / プラスミド: pBADSMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YRE0*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: JCSG+ screen well B2, 20% PEG 3350, 0.2 M sodium isothiocyanate, , pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 49106 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Χ2: 1.951 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4907 / Χ2: 0.774 / % possible all: 98.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.4.0067精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OBF

1obf


解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 7.786 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.848 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 2471 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 49077 96.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.93 Å2 / Biso mean: 22.613 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å20 Å20.02 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10164 0 176 521 10861
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02210528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4671.97414349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.23251335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.00324.023435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.308151723
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7121572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21707
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217812
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5241.56639
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.998210736
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.57833889
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5614.53613
LS精密化 シェル解像度: 2.404→2.467 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 163 -
Rwork0.229 3018 -
all-3181 -
obs--85.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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