PDB-3dnx: SPO1766 protein of unknown function from Silicibacter pomeroyi.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dnx

タイトル

SPO1766 protein of unknown function from Silicibacter pomeroyi.

要素

uncharacterized protein SPO1766

キーワード

structural genomics / unknown function / APC88088 / protein of unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

DNA repair protein MmcB-like / DNA repair protein MmcB-like / tRNA endonuclease-like domain superfamily / nuclease activity / Restriction endonuclease type II-like / nucleic acid binding / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Silicibacter pomeroyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Mulligan, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of SPO1766 protein of unknown function from Silicibacter pomeroyi.
著者: Osipiuk, J. / Mulligan, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dnx.cif.gz	43.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dnx.ent.gz	34 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dnx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3dnx_validation.pdf.gz	402 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dnx_full_validation.pdf.gz	402.8 KB	表示
XML形式データ	3dnx_validation.xml.gz	5.4 KB	表示
CIF形式データ	3dnx_validation.cif.gz	7.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/3dnx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/3dnx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4l7m-1 3gf8-d 2raf-2 6wef-2 6n9b-1 6n5j-2 6wef-3 5xfn-d 5i0v-d 4arn-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC88088

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: uncharacterized protein SPO1766

ヘテロ分子

17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: uncharacterized protein SPO1766

ヘテロ分子

A: uncharacterized protein SPO1766

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.892, 59.892, 99.868
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-246- HOH
2	1	A-273- HOH
3	1	A-292- HOH

詳細

putative biological unit is a dimer

#1: タンパク質	uncharacterized protein SPO1766 分子量: 17503.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Silicibacter pomeroyi (バクテリア) 株: DSS-3 / 遺伝子: SPO1766 / プラスミド: pMCSG19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5LSK1
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.92 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 2.5 M sodium chloride, 0.1 M sodium/potassium phosphate buffer, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月15日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→39 Å / Num. all: 14100 / Num. obs: 14100 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.8 % / B_iso Wilson estimate: 39.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.106 / Χ²: 1.585 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 1.94→1.97 Å / 冗長度: 11.1 % / R_merge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 3.01 / Num. unique all: 680 / Χ²: 0.95 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.94→39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.27 / FOM work R set: 0.888 / SU B: 6.068 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	698	5 %	RANDOM
R_work	0.172	-	-	-
all	0.174	14043	-	-
obs	0.174	14043	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 60.85 Å² / B_iso mean: 34.766 Å² / B_iso min: 13.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.73 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1166	0	2	121	1289

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	884
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.523	1.955	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.96	3	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.134	5	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.359	22.923	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.655	15	213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.457	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	174
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	275
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	241
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	920
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	569
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.094	0.2	686
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.122	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.115	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.317	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.11	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.892	1.5	748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.237	1.5	301
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.572	2	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.317	3	514
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.77	4.5	483

LS精密化シェル

解像度: 1.941→1.991 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	49	-
R_work	0.221	943	-
all	-	992	-
obs	-	992	99.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	31.3298	-0.9618	5.2594	21.6327	-22.5525	43.1788	0.5557	-0.6166	-3.8593	-1.2913	-0.1367	-1.2069	3.3075	1.4024	-0.419	0.0517	-0.0038	0.0116	0.1414	0.1033	0.1978	44.8063	29.9052	7.6245
2	3.973	0.4478	-0.6939	2.9847	-1.1952	0.5464	0.1733	-0.8216	0.5179	0.4597	-0.0267	-0.0702	-0.1151	0.1884	-0.1466	-0.1152	-0.0196	0.0277	0.0853	-0.0603	-0.0292	45.619	45.8954	6.8117
3	4.935	-1.9668	-0.106	1.1757	1.0133	2.4089	0.0182	-0.2492	0.4201	-0.3369	0.0601	0.0173	-0.0742	-0.0596	-0.0783	-0.1836	-0.0096	0.0325	0.0119	-0.0484	-0.1394	36.4914	46.7273	3.8982
4	3.8905	-1.8572	-0.7772	10.4853	0.4262	0.1556	0.2154	-0.5945	0.6081	-0.0358	-0.0579	-0.0339	0.2182	0.233	-0.1574	-0.2198	-0.0487	0.0286	0.0243	-0.0861	-0.0431	58.5875	50.2373	4.9116
5	6.5571	4.3967	9.1937	2.9481	6.1647	12.8906	0.1311	-0.7367	0.4592	0.4537	-0.3304	0.2778	-0.8539	-0.6653	0.1993	0.0693	-0.0002	0.0016	0.0711	0.0697	-0.0131	68.3958	34.8018	8.2345

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 12	8 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	13 - 75	16 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	76 - 117	79 - 120
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	118 - 139	121 - 142
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	140 - 150	143 - 153

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