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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dnu | ||||||
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タイトル | structure of MDT protein | ||||||
要素 | Protein hipA | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / persistence / mdt / multidrug resistance | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dormancy process / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / non-specific serine/threonine protein kinase / transcription cis-regulatory region binding / phosphorylation ...dormancy process / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / non-specific serine/threonine protein kinase / transcription cis-regulatory region binding / phosphorylation / response to antibiotic / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.54 Å | ||||||
データ登録者 | schumacher, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2009 タイトル: Molecular mechanisms of HipA-mediated multidrug tolerance and its neutralization by HipB. 著者: Schumacher, M.A. / Piro, K.M. / Xu, W. / Hansen, S. / Lewis, K. / Brennan, R.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dnu.cif.gz | 99.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dnu.ent.gz | 79 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dnu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3dnu_validation.pdf.gz | 442.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3dnu_full_validation.pdf.gz | 447.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3dnu_validation.xml.gz | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3dnu_validation.cif.gz | 31.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/3dnu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/3dnu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49866.551 Da / 分子数: 1 / 変異: D309Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hipA, b1507, JW1500 / プラスミド: pBAD22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P23874 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.85 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: peg 8000, glycerol, phosphate buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9797, 1.02, 0.9796 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月12日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.54→43 Å / Num. all: 60000 / Num. obs: 59003 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 21.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 13.7 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.54→1.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.35 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.54→42.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1500604.41 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.0385 Å2 / ksol: 0.372727 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.54→42.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.54→1.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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