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Yorodumi- PDB-3dns: The N-terminal domain of Ribosomal-protein-alanine acetyltransfer... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3dns | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | The N-terminal domain of Ribosomal-protein-alanine acetyltransferase from Clostridium acetobutylicum ATCC 824 | ||||||
Components | Ribosomal-protein-alanine acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / N-terminal domain of Ribosomal-protein-alanine acetyltransferase / MCSG / PSI / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / Ribosomal protein | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | Clostridium acetobutylicum (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Nocek, B. / Hendricks, R. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be PublishedTitle: The N-terminal domain of Ribosomal-protein-alanine acetyltransferase from Clostridium acetobutylicum ATCC 824 Authors: Nocek, B. / Hendricks, R. / Cobb, G. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3dns.cif.gz | 73.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3dns.ent.gz | 57.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3dns.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3dns_validation.pdf.gz | 434.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3dns_full_validation.pdf.gz | 436.5 KB | Display | |
| Data in XML | 3dns_validation.xml.gz | 15.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 3dns_validation.cif.gz | 21.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/3dns ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/3dns | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | |
|---|---|
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| 2 |
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| Unit cell |
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| Details | authors state that the biological unit is Unknown. |
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Components
| #1: Protein | Mass: 16123.908 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 1-132 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium acetobutylicum (bacteria) / Strain: ATCC 824 / Gene: CA_C0152 / Plasmid: pmcsg7 / Production host: ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.56 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.2 M NaCl, 0.1 M citrate ph 5.5 40% propanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 18, 2008 / Details: mirrors |
| Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.1→30 Å / Num. all: 39476 / Num. obs: 38325 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 21.1 |
| Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 9.296 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.183 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 22.555 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→30 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.102→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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