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- PDB-3dnj: The structure of the Caulobacter crescentus ClpS protease adaptor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dnj
タイトルThe structure of the Caulobacter crescentus ClpS protease adaptor protein in complex with a N-end rule peptide
要素
  • ATP-dependent Clp protease adapter protein clpS
  • synthetic N-end rule peptide
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / ADAPTOR / PROTEIN-PEPTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


protein catabolic process / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L7/L12, C-terminal domain/Adaptor protein ClpS / ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS / Adaptor protein ClpS, core / ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Wang, K. / Roman-Hernandez, G. / Grant, R.A. / Sauer, R.T. / Baker, T.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: The molecular basis of N-end rule recognition.
著者: Wang, K.H. / Roman-Hernandez, G. / Grant, R.A. / Sauer, R.T. / Baker, T.A.
履歴
登録2008年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease adapter protein clpS
B: ATP-dependent Clp protease adapter protein clpS
C: synthetic N-end rule peptide
D: synthetic N-end rule peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4865
ポリマ－22,4624
非ポリマー241
水5,098283
1
B: ATP-dependent Clp protease adapter protein clpS
D: synthetic N-end rule peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2312
ポリマ－11,2312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area600 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area5030 Å2
手法PISA
2
A: ATP-dependent Clp protease adapter protein clpS
C: synthetic N-end rule peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2553
ポリマ－11,2312
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area580 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area4990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.693, 53.974, 44.824
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent Clp protease adapter protein clpS


分子量: 9944.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
株: CB15 / 遺伝子: clpS, CC_2467 / プラスミド: PET23B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A5I0
#2: タンパク質・ペプチド synthetic N-end rule peptide


分子量: 1286.433 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE PEPTIDE IS CHEMICALLY SYNTHESIZED
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.68 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5 0.2 M MGCL2 13% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→50 Å / Num. obs: 51120 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.167 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.15-1.192.50.19436830.28569.5
1.19-1.243.90.20448490.31791
1.24-1.36.30.18753360.37899.9
1.3-1.366.80.15353120.417100
1.36-1.4570.12353460.511100
1.45-1.567.10.10153360.728100
1.56-1.727.10.08953470.991100
1.72-1.977.10.08453471.578100
1.97-2.4870.07853662.582100
2.48-506.40.06151982.73695.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1R60 chain C

1r60


解像度: 1.15→14.876 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / FOM work R set: 0.938 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.159 2538 4.97 %RANDOM
Rwork0.135 ---
all0.1362 ---
obs0.136 51076 95.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.155 Å2 / ksol: 0.447 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 48.51 Å2 / Biso mean: 12.129 Å2 / Biso min: 2.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.843 Å2-0 Å2-1.039 Å2
2---1.739 Å2-0 Å2
3----2.148 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→14.876 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3016 0 1 283 3300
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063063
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8765548
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005470
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.713796
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.15-1.1720.138950.1161822191765
1.172-1.1960.1581090.1142131224076
1.196-1.2220.1411170.1142531264890
1.222-1.250.1571500.1072780293098
1.25-1.2820.1311620.127812943100
1.282-1.3160.1341560.09527972953100
1.316-1.3550.1341490.09428062955100
1.355-1.3990.1251380.09628222960100
1.399-1.4490.1381450.09628252970100
1.449-1.5070.1271360.09828042940100
1.507-1.5750.1191470.128122959100
1.575-1.6580.141620.10928152977100
1.658-1.7620.1481630.12228122975100
1.762-1.8980.1611320.13228292961100
1.898-2.0880.1581420.12728412983100
2.088-2.3890.1521320.13528452977100
2.389-3.0060.1741720.15128172989100
3.006-14.8770.1851310.1762668279992

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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