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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dnb | |||||||||||||||||||||
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タイトル | HELIX GEOMETRY, HYDRATION, AND G.A MISMATCH IN A B-DNA DECAMER | |||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / MISMATCHED | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Prive, G.G. / Dickerson, R.E. | ![]() ![]() タイトル: Structure of the B-DNA decamer C-C-A-A-C-G-T-T-G-G and comparison with isomorphous decamers C-C-A-A-G-A-T-T-G-G and C-C-A-G-G-C-C-T-G-G. 著者: Prive, G.G. / Yanagi, K. / Dickerson, R.E. #1: ![]() タイトル: Helix Geometry, Hydration, and G.A Mismatch in a B-DNA Decamer 著者: Prive, G.G. / Heinemann, U. / Chandrasegaran, S. / Kan, L.S. / Kopka, M.L. / Dickerson, R.E. #2: ![]() タイトル: A Mismatch Decamer as a Model for General-Sequence B-DNA 著者: Prive, G.G. / Heinemann, U. / Chandrasegaran, S. / Kan, L.-S. / Kopka, M.L. / Dickerson, R.E. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 18.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 10.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 358.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 363.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3069.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, temperature 277.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE |
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検出器 | タイプ: NICOLET P1 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→8 Å |
反射 | *PLUS |
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解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.3→8 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.53 / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 8 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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