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- PDB-3dmk: Crystal structure of Down Syndrome Cell Adhesion Molecule (DSCAM)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dmk
タイトルCrystal structure of Down Syndrome Cell Adhesion Molecule (DSCAM) isoform 1.30.30, N-terminal eight Ig domains
要素Down Syndrome Cell Adhesion Molecule (DSCAM) isoform 1.30.30, N-terminal eight Ig domains
キーワードCELL ADHESION / Ig Domains / Immunoglobulin domain
機能・相同性
機能・相同性情報


DSCAM interactions / detection of molecule of bacterial origin / mushroom body development / central nervous system morphogenesis / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / ventral cord development / dendrite self-avoidance / axon guidance receptor activity / axon extension involved in axon guidance / cell-cell adhesion mediator activity ...DSCAM interactions / detection of molecule of bacterial origin / mushroom body development / central nervous system morphogenesis / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / ventral cord development / dendrite self-avoidance / axon guidance receptor activity / axon extension involved in axon guidance / cell-cell adhesion mediator activity / peripheral nervous system development / axonal fasciculation / regulation of axonogenesis / regulation of dendrite morphogenesis / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / neuron development / phagocytosis / antigen binding / axon guidance / central nervous system development / perikaryon / neuron projection / axon / neuronal cell body / dendrite / protein homodimerization activity / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Down syndrome cell adhesion molecule, C-terminal / Down syndrome cell adhesion molecule C terminal / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. ...Down syndrome cell adhesion molecule, C-terminal / Down syndrome cell adhesion molecule C terminal / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
triacetyl-beta-chitotriose / Cell adhesion molecule Dscam1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.19 Å
データ登録者Sawaya, M.R. / Wojtowicz, W.M. / Eisenberg, D. / Zipursky, S.L.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008
タイトル: A double S shape provides the structural basis for the extraordinary binding specificity of Dscam isoforms.
著者: Sawaya, M.R. / Wojtowicz, W.M. / Andre, I. / Qian, B. / Wu, W. / Baker, D. / Eisenberg, D. / Zipursky, S.L.
履歴
登録2008年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Down Syndrome Cell Adhesion Molecule (DSCAM) isoform 1.30.30, N-terminal eight Ig domains
B: Down Syndrome Cell Adhesion Molecule (DSCAM) isoform 1.30.30, N-terminal eight Ig domains
C: Down Syndrome Cell Adhesion Molecule (DSCAM) isoform 1.30.30, N-terminal eight Ig domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,86216
ポリマ－269,1893
非ポリマー4,67213
水00
1
A: Down Syndrome Cell Adhesion Molecule (DSCAM) isoform 1.30.30, N-terminal eight Ig domains
B: Down Syndrome Cell Adhesion Molecule (DSCAM) isoform 1.30.30, N-terminal eight Ig domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,87713
ポリマ－179,4592
非ポリマー3,41711
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-26.5 kcal/mol
Surface area73710 Å2
手法PISA
2
C: Down Syndrome Cell Adhesion Molecule (DSCAM) isoform 1.30.30, N-terminal eight Ig domains
ヘテロ分子

C: Down Syndrome Cell Adhesion Molecule (DSCAM) isoform 1.30.30, N-terminal eight Ig domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,9706
ポリマ－179,4592
非ポリマー2,5104
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-26.3 kcal/mol
Surface area68320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.460, 177.610, 434.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
12A
22B
32C
13A
23C
14A
24B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNGLYGLY2AA1 - 17236 - 207
211GLNGLNGLYGLY2BB1 - 17236 - 207
311GLNGLNGLYGLY2CC1 - 17236 - 207
121LYSLYSTHRTHR2AA178 - 204213 - 239
221LYSLYSTHRTHR2BB178 - 204213 - 239
321LYSLYSTHRTHR2CC178 - 204213 - 239
131PROPROLYSLYS2AA206 - 387241 - 422
231PROPROLYSLYS2BB206 - 387241 - 422
331PROPROLYSLYS2CC206 - 387241 - 422
141PROPROTYRTYR5AA173 - 177208 - 212
241PROPROTYRTYR5BB173 - 177208 - 212
341PROPROTYRTYR5CC173 - 177208 - 212
112PHEPHEASNASN2AA392 - 488427 - 523
212PHEPHEASNASN2BB392 - 488427 - 523
312PHEPHEASNASN2CC392 - 488427 - 523
122LEULEUASNASN2AA492 - 529527 - 564
222LEULEUASNASN2BB492 - 529527 - 564
322LEULEUASNASN2CC492 - 529527 - 564
132GLNGLNGLUGLU2AA538 - 577573 - 612
232GLNGLNGLUGLU2BB538 - 577573 - 612
332GLNGLNGLUGLU2CC538 - 577573 - 612
113VALVALARGARG2BB582 - 585617 - 620
213VALVALARGARG2CC582 - 585617 - 620
123GLNGLNLEULEU2BB597 - 674632 - 709
223GLNGLNLEULEU2CC597 - 674632 - 709
114VALVALLEULEU2AA582 - 674617 - 709
214VALVALLEULEU2BB582 - 674617 - 709

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 Down Syndrome Cell Adhesion Molecule (DSCAM) isoform 1.30.30, N-terminal eight Ig domains


分子量: 89729.719 Da / 分子数: 3 / 断片: N-terminal Eight Ig Domains / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Dscam / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five / 参照: UniProt: Q0E9I4*PLUS
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: triacetyl-beta-chitotriose
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
配列の詳細THE SEQUENCE REPORTED BY AUTHORS IS OF ISOFORM 1.30.30

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.28M Ammonium sulfate, 0.2M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月29日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.19→90 Å / Num. all: 34106 / Num. obs: 34106 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 59.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.103 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 4.19→4.46 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / Num. unique all: 5605 / Χ2: 1.043 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2V5M

2v5m


解像度: 4.19→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.822 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.744 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.768 / SU B: 144.897 / SU ML: 0.899 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.327 1618 5 %RANDOM
Rwork0.28 ---
obs0.282 32525 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.15 Å2 / Biso mean: 54.028 Å2 / Biso min: 10.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å20 Å2
2---2.07 Å20 Å2
3---1.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.19→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16431 0 309 0 16740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02918786
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211630
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0291.97923302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7783.00328278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5552123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.37824.278741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.899152802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.02115107
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.22646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02118902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.042211973
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.12824304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.438317165
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.75726695
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.27736137
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2238TIGHT POSITIONAL0.010.05
1B2238TIGHT POSITIONAL0.010
1C2238TIGHT POSITIONAL0.010
1A2834MEDIUM POSITIONAL0.010.5
1B2834MEDIUM POSITIONAL0.010
1C2834MEDIUM POSITIONAL0.010
1A40LOOSE POSITIONAL0.035
1B40LOOSE POSITIONAL0.020.12
1C40LOOSE POSITIONAL0.040
1A2238TIGHT THERMAL8.2850
1B2238TIGHT THERMAL5.980.02
1C2238TIGHT THERMAL6.40
1A2834MEDIUM THERMAL8.0460
1B2834MEDIUM THERMAL5.910.02
1C2834MEDIUM THERMAL6.290
1A40LOOSE THERMAL6.5980
1B40LOOSE THERMAL1.362
1C40LOOSE THERMAL5.610.05
2A1026TIGHT POSITIONAL0.020.05
2B1026TIGHT POSITIONAL0.010
2C1026TIGHT POSITIONAL0.020
2A1246MEDIUM POSITIONAL0.020.5
2B1246MEDIUM POSITIONAL0.010
2C1246MEDIUM POSITIONAL0.020
2A1026TIGHT THERMAL9.2250
2B1026TIGHT THERMAL5.740.05
2C1026TIGHT THERMAL6.280
2A1246MEDIUM THERMAL8.9660
2B1246MEDIUM THERMAL5.730.05
2C1246MEDIUM THERMAL6.470
3B479TIGHT POSITIONAL0.010.05
3C548MEDIUM POSITIONAL0.010.5
3B479TIGHT THERMAL9.7750
3C548MEDIUM THERMAL9.6160
4A542TIGHT POSITIONAL0.010.05
4A630MEDIUM POSITIONAL0.010.5
4B542TIGHT THERMAL5.0650
4B630MEDIUM THERMAL5.0960
LS精密化 シェル解像度: 4.19→4.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 97 -
Rwork0.291 1897 -
all-1994 -
obs--90.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
119.9261-15.35588.633823.1604-8.35829.99870.57051.3249-0.3999-2.6417-0.60651.3857-0.5755-1.34470.0361-0.01230.3494-0.61510.287-0.3887-0.7947-56.85521.51661.851
29.93130.34973.03887.03444.562622.26320.3368-0.2883-0.9370.3348-1.02690.44380.7232-0.61870.6901-1.0905-0.08050.0278-0.6941-0.1567-0.5346-44.87813.0199.115
310.2777-0.56956.88698.867-2.01759.806-0.03620.130.93520.0812-0.6237-0.0356-0.88890.07880.6598-1.0830.03370.2595-0.3961-0.5312-0.6863-48.5534.47101.902
43.35533.7827-3.87420.77080.572616.45651.03730.92932.094-5.0396-0.03841.8776-1.6904-1.5189-0.99881.02331.0154-0.45260.59320.08970.4036-64.86343.95964.904
59.9198-0.2694-3.27321.24860.55681.25640.3765-0.8458-2.9772-1.94871.48250.3267-2.7192-1.3695-1.85893.91090.4256-1.0093.20470.6072.754-74.6469.27834.597
65.32099.44290.855616.75791.51830.13760.12681.12-0.3223-1.35590.47380.0966-1.3274-0.1665-0.60073.75081.00450.4353.7885-0.1241-0.6488-50.26477.20440.209
78.27754.285-2.844913.5003-9.828616.83340.48252.0312-0.2072-2.14460.31830.6160.48520.9143-0.80080.77130.734-0.12060.4142-0.6254-1.4708-59.74973.11781.757
85.38290.08721.470621.517-5.581617.49890.03140.1223-1.3250.34360.32060.60310.9923-0.0024-0.352-0.83560.11550.0225-0.7817-0.4353-0.3352-59.45947.52119.09
94.98474.50761.395431.23496.28173.27170.8996-0.74850.3831.8367-0.5228-0.05670.6821-0.2539-0.3768-0.951-0.23080.313-0.1654-0.3682-0.9559-19.10341.115124.057
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128.46790.036-0.465421.63089.35718.26980.4295-0.06230.7993-0.2294-0.51751.2464-0.23640.22960.0881-0.8043-0.03110.2824-0.6741-0.267-0.2599-22.93762.752114.336
1321.21175.7523-6.07314.6569-0.45196.84570.78610.23140.05060.1202-0.4076-0.7719-0.0770.0688-0.3786-0.90670.0444-0.0758-1.16970.048-1.0833-37.28386.426139.664
145.20690.786-2.24427.25033.770519.4058-0.22820.8571-0.5916-0.24620.0221-0.34430.36140.68260.2061-1.2414-0.0423-0.0124-0.9856-0.1565-0.9105-54.97170.428128.398
1512.22563.4159-2.667514.08462.258219.38760.88341.99810.1446-2.1814-0.45-1.2132-1.96380.6051-0.43350.32150.4410.56470.47170.1326-0.8684-43.35882.33988.903
1613.53975.5489-4.338214.6584-0.26661.57441.4866-2.99850.9147-0.9657-0.37562.2688-1.34040.0238-1.11113.27860.0825-0.81690.17830.72120.8195-22.860.2930.38
1710.7150.5575-13.98013.156-0.334918.28941.4665-5.2061.0339-0.01230.50990.856-0.018111.0929-1.97632.47650.1207-0.34256.3391-0.41090.2059-11.21377.922-4.309
1817.20273.4854-5.47215.87493.140318.06590.76231.43570.2143-0.09840.6555-0.97490.25970.9663-1.41773.21320.008-0.5765-0.18940.40850.258-9.30957.151-9.968
194.19014.2356-9.366922.267-13.52821.85570.09120.2107-0.7979-1.89110.25380.6154-2.2024-0.9548-0.34491.6553-0.1606-1.23010.29650.53140.5706-24.1638.03523.417
2019.4642-0.51699.9447.0693-4.275111.8805-0.25361.21320.3002-1.18380.69871.750.0531-0.6273-0.4452-0.32130.0292-0.2014-0.80890.1855-0.9118-17.88411.53350.86
2111.37844.1408-1.654510.9506-11.350433.8036-0.60982.44651.7587-1.4460.1123-0.7376-1.24030.74460.4976-0.11730.05160.1044-0.43150.6138-0.88485.60922.5443.936
2216.88782.26678.30075.43651.124329.1162-0.2163-1.5205-1.01670.38810.64460.916-0.2249-1.7273-0.42830.99090.0345-0.0836-0.10340.3829-1.5505-8.98923.3834.499
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 10436 - 139
2X-RAY DIFFRACTION1AD782 - 783
3X-RAY DIFFRACTION2AA105 - 209140 - 244
4X-RAY DIFFRACTION3AA210 - 305245 - 340
5X-RAY DIFFRACTION3AE784 - 785
6X-RAY DIFFRACTION4AA306 - 388341 - 423
7X-RAY DIFFRACTION5AA389 - 489424 - 524
8X-RAY DIFFRACTION6AA490 - 581525 - 616
9X-RAY DIFFRACTION7AA582 - 680617 - 715
10X-RAY DIFFRACTION8AA681 - 775716 - 810
11X-RAY DIFFRACTION9BB1 - 10436 - 139
12X-RAY DIFFRACTION9BF782 - 783
13X-RAY DIFFRACTION10BB105 - 209140 - 244
14X-RAY DIFFRACTION11BB210 - 305245 - 340
15X-RAY DIFFRACTION11BK790 - 791
16X-RAY DIFFRACTION12BB306 - 388341 - 423
17X-RAY DIFFRACTION13BB389 - 489424 - 524
18X-RAY DIFFRACTION13BI787 - 789
19X-RAY DIFFRACTION14BB490 - 581525 - 616
20X-RAY DIFFRACTION14BH784 - 786
21X-RAY DIFFRACTION15BB582 - 676617 - 711
22X-RAY DIFFRACTION16CC1 - 10436 - 139
23X-RAY DIFFRACTION17CC105 - 209140 - 244
24X-RAY DIFFRACTION18CC210 - 305245 - 340
25X-RAY DIFFRACTION19CC306 - 388341 - 423
26X-RAY DIFFRACTION20CC389 - 489424 - 524
27X-RAY DIFFRACTION20CG782 - 784
28X-RAY DIFFRACTION21CC490 - 581525 - 616
29X-RAY DIFFRACTION21CJ785 - 787
30X-RAY DIFFRACTION22CC582 - 676617 - 711

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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