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- PDB-3dmh: T. Thermophilus 16S rRNA N2 G1207 methyltransferase (RsmC) in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dmh
タイトルT. Thermophilus 16S rRNA N2 G1207 methyltransferase (RsmC) in complex with AdoMet and Guanosine
要素Probable ribosomal RNA small subunit methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / monomethyltranserase / 16S rRNA methyltransferase / N2 G1207 methyltransferase / S-Adenosyl-L-Homocysteine / Translation / Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / nucleic acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Methyltransferase small domain / Methyltransferase small domain / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold ...: / Methyltransferase small domain / Methyltransferase small domain / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE / S-ADENOSYLMETHIONINE / Probable ribosomal RNA small subunit methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Demirci, H. / Gregory, S.T. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of the Thermus thermophilus 16 S rRNA Methyltransferase RsmC in Complex with Cofactor and Substrate Guanosine.
著者: Demirci, H. / Gregory, S.T. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G.
履歴
登録2008年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ribosomal RNA small subunit methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4125
ポリマ－41,5381
非ポリマー8744
水7,566420
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.863, 86.234, 95.091
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable ribosomal RNA small subunit methyltransferase


分子量: 41537.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cytoplasm
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHA0533 / プラスミド: pET26B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 (Star)
参照: UniProt: Q5SKW0, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-GMP / GUANOSINE / グアノシン


分子量: 283.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch technique under oil / pH: 8.5
詳細: 0.085 M TRIS HCl (pH 8.5), 25.5% w/v PEG4000 15% glycerol, microbatch technique under oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008
詳細: Slits: Variable vertical and horizontal slits. Monochromator: Monochromator system consisting of a horizontally deflecting and focusing crystal preceded by a vertically focusing mirror. ...詳細: Slits: Variable vertical and horizontal slits. Monochromator: Monochromator system consisting of a horizontally deflecting and focusing crystal preceded by a vertically focusing mirror. Distance from monochromator to sample is variable between 2.5 and 4.5 m. Distance from the monochromator to source is ~10.5 m.
放射モノクロメーター: Monochromator system consisting of a horizontally deflecting and focusing crystal preceded by a vertically focusing mirror. Distance from monochromator to sample is variable ...モノクロメーター: Monochromator system consisting of a horizontally deflecting and focusing crystal preceded by a vertically focusing mirror. Distance from monochromator to sample is variable between 2.5 and 4.5 m. Distance from the monochromator to source is ~10.5 m.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→30 Å / Num. obs: 57244 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3603 / % possible all: 81.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.679 / SU ML: 0.053 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. FOR STRUCTURE DETERMINATION, AUTHORS STATE THAT THE INITIAL MODEL IS SOLVED BY USING ANOMALOUS DATA ON A CRYSTAL DIFFERENT FROM WHAT WAS ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. FOR STRUCTURE DETERMINATION, AUTHORS STATE THAT THE INITIAL MODEL IS SOLVED BY USING ANOMALOUS DATA ON A CRYSTAL DIFFERENT FROM WHAT WAS DESCRIBED IN REMARK 200. THE FINAL STRUCTURE WAS REFINED BY USING THE INITIAL MODEL AND THE DATA DESCRIBED IN REMARK 3 AND REMARK 200.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22577 3060 5.1 %RANDOM
Rwork0.19355 ---
obs0.19518 57244 98.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.107 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å20 Å2
2--0.86 Å20 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2833 0 55 420 3308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222963
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3612.0114027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0195372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.09922.24125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.16715466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1751529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2444
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.21443
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22022
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1110.2298
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1360.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7071.51885
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07822931
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.89231216
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9764.51096
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.591 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 200 -
Rwork0.303 3603 -
obs-3603 85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8496-0.0706-0.61831.19630.54192.0769-0.06660.1336-0.09740.0587-0.00290.02970.3558-0.00120.0695-0.0403-0.00980.0053-0.0425-0.0131-0.053533.939250.0008-1.8573
21.95530.4829-0.01650.9861-0.10212.98030.0439-0.17210.04210.2696-0.03830.1007-0.0464-0.2093-0.0056-0.02250.01070.0447-0.08340.0082-0.06325.319161.124325.2918
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 1783 - 178
2X-RAY DIFFRACTION2AA187 - 372187 - 372

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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