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- PDB-3dkw: Crystal Structure of DNR from Pseudomonas aeruginosa. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dkw
タイトルCrystal Structure of DNR from Pseudomonas aeruginosa.
要素DNR protein
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / CRP-FNR / HTH / beta barrel / dimerization helix / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Giardina, G.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: A dramatic conformational rearrangement is necessary for the activation of DNR from Pseudomonas aeruginosa. Crystal structure of wild-type DNR.
著者: Giardina, G. / Rinaldo, S. / Castiglione, N. / Caruso, M. / Cutruzzola, F.
履歴
登録2008年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNR protein
B: DNR protein
C: DNR protein
D: DNR protein
E: DNR protein
F: DNR protein
G: DNR protein
H: DNR protein
I: DNR protein
J: DNR protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,65810
ポリマ－259,65810
非ポリマー00
水00
1
A: DNR protein
B: DNR protein


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 51.9 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9322
ポリマ－51,9322
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area25660 Å2
手法PISA
2
C: DNR protein
D: DNR protein


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 51.9 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9322
ポリマ－51,9322
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area25950 Å2
手法PISA
3
E: DNR protein
F: DNR protein


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 51.9 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9322
ポリマ－51,9322
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area25720 Å2
手法PISA
4
G: DNR protein
H: DNR protein


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 51.9 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9322
ポリマ－51,9322
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area26340 Å2
手法PISA
5
I: DNR protein
J: DNR protein


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 51.9 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9322
ポリマ－51,9322
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area26160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)245.282, 121.466, 82.554
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
DNR protein / Transcriptional regulator Dnr


分子量: 25965.803 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: dnr, PA0527 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q51441

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.61 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M NH4 Tartrate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→100 Å / Num. all: 27898 / Num. obs: 27033 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 3.6→3.79 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 3955 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DNAデータ収集
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Z69

2z69


解像度: 3.6→100 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.778 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.721 / SU B: 63.068 / SU ML: 1.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.37428 1359 5 %RANDOM
Rwork0.32575 ---
obs0.32819 25660 96.67 %-
all-27019 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.494 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.24 Å20 Å21.33 Å2
2---3.19 Å20 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18250 0 0 0 18250
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0010.02115178
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.2541.95320721
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.74952088
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg15.09524.286546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg7.546151870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.4741545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0180.22501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined00.0211589
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2910.26429
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.210919
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2430.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4550.293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it10.6241.510830
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it16.202216453
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it22.93734813
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it30.8724.54268
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.694 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 96 -
Rwork0.305 1871 -
obs--97.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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