PDB-3dkt: Crystal structure of Thermotoga maritima encapsulin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dkt

タイトル

Crystal structure of Thermotoga maritima encapsulin

要素

Maritimacin
Putative uncharacterized protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN/VIRUS LIKE PARTICLE / enzyme encapsulation / nanocompartment / oxidative stress / ferritin-like protein / hk97-fold / Antibiotic / Antimicrobial / Bacteriocin / Cobalt / Hydrolase / Protease / Secreted / STRUCTURAL PROTEIN-VIRUS LIKE PARTICLE COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

encapsulin nanocompartment / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidase activity / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.104 Å

データ登録者

Sutter, M. / Boehringer, D. / Gutmann, S. / Weber-Ban, E. / Ban, N.

引用

ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2008
タイトル: Structural basis of enzyme encapsulation into a bacterial nanocompartment.
著者: Markus Sutter / Daniel Boehringer / Sascha Gutmann / Susanne Günther / David Prangishvili / Martin J Loessner / Karl O Stetter / Eilika Weber-Ban / Nenad Ban /

要旨: Compartmentalization is an important organizational feature of life. It occurs at varying levels of complexity ranging from eukaryotic organelles and the bacterial microcompartments, to the molecular ...

履歴

登録	2008年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月24日	Group: Database references
改定 1.3	2011年8月31日	Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.4	2019年11月6日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.5	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dkt.cif.gz	542.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dkt.ent.gz	452.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dkt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3dkt_validation.pdf.gz	564 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dkt_full_validation.pdf.gz	668 KB	表示
XML形式データ	3dkt_validation.xml.gz	101.3 KB	表示
CIF形式データ	3dkt_validation.cif.gz	133.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/3dkt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/3dkt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1530C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7boj-1 7kq5-1 7k5w-1 6i9g-1 6wkv-d 2401 6wh7-d 6966 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (7) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Maritimacin

B: Maritimacin

C: Maritimacin

D: Maritimacin

E: Maritimacin

F: Maritimacin

G: Maritimacin

H: Maritimacin

I: Maritimacin

J: Maritimacin

K: Putative uncharacterized protein

L: Putative uncharacterized protein

M: Putative uncharacterized protein

N: Putative uncharacterized protein

O: Putative uncharacterized protein

P: Putative uncharacterized protein

Q: Putative uncharacterized protein

R: Putative uncharacterized protein

S: Putative uncharacterized protein

T: Putative uncharacterized protein

313 kDa, 20 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Maritimacin

B: Maritimacin

C: Maritimacin

D: Maritimacin

E: Maritimacin

F: Maritimacin

G: Maritimacin

H: Maritimacin

I: Maritimacin

J: Maritimacin

K: Putative uncharacterized protein

L: Putative uncharacterized protein

M: Putative uncharacterized protein

N: Putative uncharacterized protein

O: Putative uncharacterized protein

P: Putative uncharacterized protein

Q: Putative uncharacterized protein

R: Putative uncharacterized protein

S: Putative uncharacterized protein

T: Putative uncharacterized protein

x 6

登録者が定義した集合体
1.88 MDa, 120 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	14_555	-y+1/4,-x+1/4,-z+1/4	1
crystal symmetry operation	19_555	-x+1/4,-z+1/4,-y+1/4	1
crystal symmetry operation	24_555	-z+1/4,-y+1/4,-x+1/4	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	669.040, 669.040, 669.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	210
Space group name H-M	F4₁32

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	J
2	1	A
3	1	B
4	1	C
5	1	D
6	1	E
7	1	F
8	1	G
9	1	H
10	1	I

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 4 - 267 / Label seq-ID: 1 - 264

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	J	J
2	A	A
3	B	B
4	C	C
5	D	D
6	E	E
7	F	F
8	G	G
9	H	H
10	I	I

#1: タンパク質	Maritimacin / Thermotoga bacteriocin 分子量: 30516.787 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermotoga maritima (バクテリア) / 株: MSB8, DSM3109 参照: UniProt: Q9WZP2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: タンパク質・ペプチド	Putative uncharacterized protein / Ferritin-like protein 分子量: 816.948 Da / 分子数: 10 Fragment: C-terminal encapsulin binding peptide, UNP residues 106-113' 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermotoga maritima (バクテリア) / 株: MSB8, DSM3109 / 参照: UniProt: Q9WZP3
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 9.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 87.57 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: 0.1M citrate, 21.5% MPD (v/v), 0.25M ammonium acetate, pH5.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0008 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0008 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→49.867 Å / Num. all: 228096 / Num. obs: 220152 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.63 % / B_iso Wilson estimate: 73.242 Å² / R_merge(I) obs: 0.265 / Net I/σ(I): 7.43
反射シェル	解像度: 3.1→3.3 Å / 冗長度: 8.89 % / R_merge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured obs: 331841 / Num. unique all: 37311 / Num. unique obs: 37311 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
XDS		データスケーリング
AVE/DM		位相決定

精密化

解像度: 3.104→49.867 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.756 / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.239	10961	5 %	RANDOM
R_work	0.219	-	-	-
obs	0.22	219258	96.54 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 76.455 Å² / k_sol: 0.286 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 283.8 Å² / B_iso mean: 128.241 Å² / B_iso min: 51.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.775 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.775 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.775 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.104→49.867 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21970	0	0	100	22070

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	22370
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.33	30150
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	3330
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3890
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.218	8470

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	J	2207	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	A	2207	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
1	3	B	2207	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
1	4	C	2207	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
1	5	D	2207	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	6	E	2207	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
1	7	F	2207	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043
1	8	G	2207	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043
1	9	H	2207	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
1	10	I	2207	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
3.104-3.139	0.423	344	0.416	6560	6904	6560	92
3.139-3.176	0.452	374	0.415	7133	7507	7133	100
3.176-3.215	0.43	372	0.414	7066	7438	7066	100
3.215-3.256	0.401	375	0.407	7111	7486	7111	100
3.256-3.299	0.38	373	0.395	7095	7468	7095	100
3.299-3.344	0.414	376	0.389	7132	7508	7132	100
3.344-3.392	0.404	374	0.384	7111	7485	7111	100
3.392-3.442	0.392	333	0.378	6351	6684	6351	93
3.442-3.496	0.38	265	0.374	5053	5318	5053	88
3.496-3.553	0.393	374	0.348	7109	7483	7109	100
3.553-3.615	0.361	375	0.333	7124	7499	7124	100
3.615-3.68	0.354	313	0.329	5912	6225	5912	95
3.68-3.751	0.319	334	0.312	6362	6696	6362	93
3.751-3.828	0.319	376	0.281	7162	7538	7162	100
3.828-3.911	0.29	304	0.267	5745	6049	5745	95
3.911-4.002	0.26	346	0.252	6573	6919	6573	95
4.002-4.102	0.245	376	0.222	7146	7522	7146	100
4.102-4.213	0.226	378	0.197	7187	7565	7187	100
4.213-4.337	0.217	378	0.187	7172	7550	7172	100
4.337-4.476	0.216	378	0.178	7191	7569	7191	100
4.476-4.636	0.189	377	0.166	7163	7540	7163	100
4.636-4.822	0.173	379	0.161	7198	7577	7198	100
4.822-5.041	0.161	379	0.151	7207	7586	7207	100
5.041-5.306	0.182	380	0.155	7210	7590	7210	100
5.306-5.639	0.198	382	0.169	7251	7633	7251	100
5.639-6.073	0.187	382	0.164	7271	7653	7271	100
6.073-6.683	0.211	383	0.173	7279	7662	7279	100
6.683-7.647	0.174	387	0.153	7343	7730	7343	100
7.647-9.623	0.128	390	0.118	7417	7807	7417	100
9.623-49.874	0.205	404	0.2	7663	8067	7663	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8131	0.1985	-0.7109	-0.1115	-0.3184	0.0126	-0.1893	0.1929	0.1496	-0.2482	0.2062	-0.0517	-0.1727	0.1099	0.0001	1.2054	-0.5724	-0.0948	1.1611	0.0677	0.6939	127.3097	138.6605	12.1352
2	0.1073	0.1958	0.0929	0.6629	-0.6416	-0.2013	-0.1421	0.2303	0.3074	-0.1112	0.0772	0.1763	-0.1762	0.081	0.0001	1.317	-0.4811	-0.2884	1.0613	0.1404	0.7153	88.3824	137.827	-0.7233
3	-0.2215	-0.0433	0.3429	0.1826	-0.7393	0.741	-0.2001	0.1559	-0.0436	-0.2983	0.1183	0.2553	-0.1992	0.14	0.0001	1.1084	-0.4237	-0.1512	1.1149	-0.0046	0.6428	80.9573	100.1931	-15.1133
4	-0.2229	-0.1894	0.4086	-0.4169	0.3846	0.9017	-0.005	0.2529	-0.1277	-0.2046	0.1122	-0.1032	-0.0566	0.3004	0	1.0129	-0.4465	0.0724	1.2686	-0.1971	0.653	115.3609	77.8042	-11.2787
5	-0.2299	-0.198	-0.3845	-0.3055	0.5334	0.1355	-0.0549	0.3351	-0.0714	0.0606	0.1902	-0.1814	-0.024	0.28	-0	0.9944	-0.5218	0.1149	1.4241	-0.178	0.7606	144.0246	101.561	5.5211
6	0.2164	0.4944	0.7689	0.1423	0.3697	0.4839	0.1635	-0.0508	-0.3117	-0.0202	0.1164	-0.0399	0.2769	0.0206	-0.0001	0.7935	-0.0462	-0.134	0.615	-0.3394	0.7403	64.624	-1.5346	35.9492
7	0.6626	0.4916	-0.008	0.6897	0.5923	-0.4719	0.0743	0.0633	-0.1881	0.0576	0.0352	-0.1524	0.0242	0.2211	0.0001	0.9006	0.0983	-0.2309	0.8786	-0.4523	0.9383	105.4002	-3.1539	39.2753
8	0.1161	-0.4668	-0.2483	0.4918	-0.0023	-0.1289	-0.0061	0.2147	-0.0719	-0.0331	0.0415	-0.1743	-0.1298	0.1955	0	0.8385	-0.074	-0.0377	1.1273	-0.5626	0.859	121.3149	24.1283	12.7909
9	0.8862	-0.5135	-0.5013	-0.3035	0.2023	0.4696	0.024	0.2342	0.1198	-0.2188	0.0532	-0.0661	-0.0298	0.1786	0.0001	0.878	-0.2333	-0.0425	0.9888	-0.3874	0.6889	90.2624	42.4067	-6.9615
10	-0.3606	0.479	-0.1947	-0.1876	0.1379	1.3369	-0.087	0.243	-0.1147	-0.0407	0.2166	-0.0053	0.1254	-0.1116	-0	0.7565	-0.1153	-0.1082	0.6707	-0.2987	0.6806	55.29	26.606	7.4696

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain I
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain J

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)