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- PDB-3dko: Complex between the kinase domain of human ephrin type-a receptor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dko
タイトルComplex between the kinase domain of human ephrin type-a receptor 7 (epha7) and inhibitor alw-ii-49-7
要素Ephrin type-A receptor 7
キーワードTRANSFERASE / ATP-BINDING / KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / RECEPTOR / PHOSPHORYLATION / TRANSMEMBRANE / TYROSINE-PROTEIN KINASE / ALTERNATIVE SPLICING / GLYCOPROTEIN / INHIBITOR / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / Membrane / Phosphoprotein / Polymorphism / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein autophosphorylation / negative regulation of synapse assembly / nephric duct morphogenesis / negative regulation of collateral sprouting / axon guidance receptor activity / branching morphogenesis of a nerve / chemorepellent activity / phosphorylation / retinal ganglion cell axon guidance / EPH-Ephrin signaling ...regulation of protein autophosphorylation / negative regulation of synapse assembly / nephric duct morphogenesis / negative regulation of collateral sprouting / axon guidance receptor activity / branching morphogenesis of a nerve / chemorepellent activity / phosphorylation / retinal ganglion cell axon guidance / EPH-Ephrin signaling / regulation of postsynapse organization / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative chemotaxis / EPHA-mediated growth cone collapse / growth factor binding / regulation of cell-cell adhesion / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / transmembrane-ephrin receptor activity / ephrin receptor signaling pathway / GPI-linked ephrin receptor activity / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / ephrin receptor binding / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / axon guidance / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / brain development / receptor protein-tyrosine kinase / neuromuscular junction / Schaffer collateral - CA1 synapse / positive regulation of neuron apoptotic process / protein tyrosine kinase activity / neuron apoptotic process / neuronal cell body / dendrite / glutamatergic synapse / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ephrin type-A receptor 7, ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain ...Ephrin type-A receptor 7, ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. / Receptor tyrosine kinase class V signature 2. / Eph receptor ligand-binding domain profile. / Ephrin receptor ligand binding domain / Putative ephrin-receptor like / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 2. / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IHZ / Ephrin type-A receptor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Walker, J.R. / Syeda, F. / Gray, N. / Butler-Cole, C. / Bountra, C. / Wolkstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Kinase domain of human ephrin type-a receptor 7 (epha7) in complex with ALW-II-49-7
著者: Walker, J.R. / Syeda, F. / Gray, N. / Butler-Cole, C. / Bountra, C. / Wolkstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2008年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ephrin type-A receptor 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6542
ポリマ－36,2401
非ポリマー4141
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.658, 52.658, 217.059
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Ephrin type-A receptor 7 / Tyrosine-protein kinase receptor EHK-3 / EPH homology kinase 3 / Receptor protein-tyrosine kinase HEK11


分子量: 36239.527 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 590-899 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BRAIN / 遺伝子: EPHA7, EHK3, HEK11 / プラスミド: PNIC-CH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15375, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-IHZ / 5-[(2-methyl-5-{[3-(trifluoromethyl)phenyl]carbamoyl}phenyl)amino]pyridine-3-carboxamide


分子量: 414.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H17F3N4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: WELL SOLUTION: 25% PEG 3350, 0.1 M NH4 SULPHATE, 0.1 M HEPES PH 7.5. PROTEIN SOLUTION: 15 MG/ML. DROPS: 1:1 RATIO OF WELL:PROTEIN SOLUTION. CRYSTALS CRYOPROTECTED BY TRANSFER TO DROP ...詳細: WELL SOLUTION: 25% PEG 3350, 0.1 M NH4 SULPHATE, 0.1 M HEPES PH 7.5. PROTEIN SOLUTION: 15 MG/ML. DROPS: 1:1 RATIO OF WELL:PROTEIN SOLUTION. CRYSTALS CRYOPROTECTED BY TRANSFER TO DROP CONTAINING MOTHER LIQUOR TO WHICH MPD WAS ADDED TO 25%, , pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. all: 21903 / Num. obs: 21903 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.9 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 38.92
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.19 / Num. unique all: 2253 / Rsym value: 0.417 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2REI

2rei


解像度: 2→23.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 8.289 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS, ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2316 1062 4.9 %RANDOM
Rwork0.18917 ---
obs0.19118 20747 95.3 %-
all-21809 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.811 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.06 Å20.53 Å20 Å2
2--1.06 Å20 Å2
3----1.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→23.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2172 0 30 156 2358
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222254
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1561.9633057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.135278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.22223.529102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.40115372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5311517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021733
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.21067
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.21562
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1210.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1550.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1070.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5991.51433
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93922223
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4513961
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3294.5834
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 93 -
Rwork0.212 1549 -
obs--97.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
152.3212-10.26193.046816.7594-4.19771.2027-1.3328-3.8486-0.82841.63781.43362.3378-0.8689-0.259-0.10080.58220.29760.27990.398-0.01780.3728-23.504915.8956.7817
25.6051-4.31266.415915.8154-12.078329.9614-0.0209-0.13160.15121.03720.2688-0.1928-0.10920.3311-0.24790.21770.07510.0634-0.0546-0.04420.1554-24.550623.3388-2.2199
33.5596-1.44-1.727215.33523.310111.4513-0.07980.2148-0.22420.3223-0.06150.41560.8852-0.12970.14130.21310.0652-0.00640.01830.03340.1242-26.348116.8901-19.0731
46.3916-2.60590.89891.082-0.07214.5529-0.1467-0.2665-0.16070.1439-0.0111-0.01560.3753-0.37530.15790.3580.02440.07120.0023-0.01420.1223-24.138415.7756-8.054
50.9278-1.02160.09871.73820.05680.05510.17140.10040.0465-0.1808-0.0892-0.0147-0.1583-0.0306-0.08220.21730.01490.0310.10420.00660.1338-12.54877.8593-11.7383
60.98160.3196-0.60642.32330.2682.44540.0660.0866-0.07680.0556-0.07290.08150.1043-0.21410.00690.13430.00060.00590.1158-0.00280.1558-11.9762-5.2213-4.536
71.34030.0946-0.19553.86040.68723.6522-0.0602-0.0963-0.1140.22180.0203-0.2590.20270.21730.040.11360.0216-0.01910.0881-0.00760.1843-2.4782-7.6459-2.1622
815.6746-2.679216.037596.0936-32.01525.3694-2.0645-2.919-1.98972.72164.9309-4.0892-1.1194-0.8358-2.86640.52960.09080.150.6858-0.18460.468111.407-0.3139-12.0321
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA607 - 61819 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2AA619 - 62831 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3AA629 - 65441 - 66
4X-RAY DIFFRACTION4AA655 - 69667 - 108
5X-RAY DIFFRACTION5AA697 - 770109 - 182
6X-RAY DIFFRACTION6AA771 - 841183 - 253
7X-RAY DIFFRACTION7AA842 - 893254 - 305
8X-RAY DIFFRACTION8AA894 - 902306 - 314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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