PDB-3djw: The thermo- and acido-stable ORF-99 from the archaeal virus AFV1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3djw

タイトル

The thermo- and acido-stable ORF-99 from the archaeal virus AFV1

要素

ORF99

キーワード

VIRAL PROTEIN / UNKNOWN FUNCTION / archaeal virus / extremophiles / protein fold / lipothrixviridae

機能・相同性

Double Stranded RNA Binding Domain - #300 / Sulfolobus islandicus filamentous virus, Orf14 / Protein of unknown function (DUF1374) / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein ORF99

機能・相同性情報

生物種

Acidianus Filamentous Virus 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Goulet, A. / Spinelli, S. / Prangishvili, D. / van Tilbeurgh, H. / Cambillau, C. / Campanacci, V.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: The thermo- and acido-stable ORF-99 from the archaeal virus AFV1
著者: Goulet, A. / Spinelli, S. / Blangy, S. / van Tilbeurgh, H. / Leulliot, N. / Basta, T. / Prangishvili, D. / Cambillau, C. / Campanacci, V.

履歴

登録	2008年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3djw.cif.gz	49.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3djw.ent.gz	36.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3djw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3djw_validation.pdf.gz	426.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3djw_full_validation.pdf.gz	430.1 KB	表示
XML形式データ	3djw_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	3djw_validation.cif.gz	11.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/3djw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/3djw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3df6SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5pxa-1 6asb-4 5grv-d 1ojq-d 5pyi-1 5pyy-1 5py4-1 5pxx-1 5zry-1 5edx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ORF99

B: ORF99

23.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.411, 101.411, 58.522
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 2 - 96 / Label seq-ID: 2 - 96

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	ORF99 / Putative uncharacterized protein 分子量: 11631.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acidianus Filamentous Virus 1 (ウイルス) 遺伝子: ORF99 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q70LE8

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.35M Sodium Citrate, 0.1M Sodium Hepes, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→40 Å / Num. obs: 5897 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 84.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.101 / R_sym value: 0.101 / Net I/σ(I): 4.4
反射シェル	解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 843 / R_sym value: 0.556 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DF6 chain A

3df6

解像度: 3.1→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 79.902 / SU ML: 0.574 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.522 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29631	560	9.6 %	RANDOM
R_work	0.24504	-	-	-
obs	0.24976	5246	99.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.857 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.77 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.54 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.522 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1582	0	0	0	1582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.065	1.964	2178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.505	5	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.124	25.909	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.415	15	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.848	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	671
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.234	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.172	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.146	1.5	964
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.279	2	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.564	3	725
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.935	4.5	642

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
380	tight positional	0.04	0.05
411	loose positional	0.55	5
380	tight thermal	0.05	0.5
411	loose thermal	0.59	10

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.177 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.371	35	-
R_work	0.318	361	-
obs	-	361	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.1243	0.9107	-0.3715	15.3666	-3.9595	13.6735	-0.4213	-1.0259	-0.9393	-0.6764	-0.2411	0.1093	0.8793	-1.8925	0.6623	-0.0845	-0.0174	0.0342	0.5064	-0.4658	0.0476	-18.0776	-5.1102	10.2176
2	19.3238	0.362	-0.0895	27.8138	-10.9579	20.9051	-0.8081	0.8848	-0.0014	-1.6115	-0.7708	-1.2179	-1.0779	0.0292	1.5789	0.0571	0.0426	-0.0216	0.0717	-0.4364	-0.0385	-10.8976	1.3243	4.394
3	12.5939	10.4171	1.9022	14.3604	-6.3126	11.1144	-0.2996	-0.555	-2.8012	-0.65	-0.4804	-1.7943	3.8787	-0.8372	0.78	0.8767	-0.2445	0.2571	0.5351	0.2176	1.0895	-13.4412	-16.9482	14.2259
4	3.2899	-5.3871	7.6849	38.7024	-6.8423	19.0542	-0.7608	-0.3384	1.1825	0.1876	0.0145	-1.1298	-3.3204	-1.2382	0.7463	0.061	0.1682	-0.333	0.2153	-0.4909	0.1527	-11.779	5.7447	8.7107
5	7.7465	-2.1796	0.7215	10.6103	-4.5406	27.9631	0.0847	-1.9778	-1.6737	-0.494	0.4782	2.824	1.6241	-3.5208	-0.5629	0.1868	0.0364	-0.0997	1.5724	-0.7332	0.6996	-30.0703	1.3592	17.8784
6	9.9514	3.757	-4.3302	15.5182	0.4113	3.3474	-0.6746	-0.7793	0.2288	0.0166	-0.3123	1.3442	-1.0869	-1.5444	0.9869	0.2195	0.3579	-0.2263	1.0761	-0.9279	0.1775	-23.3829	8.4143	16.7615
7	9.2565	-0.4764	1.8288	9.2663	-3.9908	2.7035	-0.8233	-2.3596	0.5316	1.7465	0.6257	1.8005	-1.0243	-1.2944	0.1976	0.6812	0.6266	0.0221	1.6453	-0.9581	0.7433	-28.829	13.4777	26.2364
8	12.7801	2.3107	3.8784	18.0558	-12.78	15.116	-0.8117	-0.6867	-0.3702	0.9265	0.6624	0.592	-1.1761	-0.0903	0.1493	0.5984	0.4583	-0.1181	1.1475	-1.0465	0.1425	-23.7438	10.6761	23.1742

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 58	2 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	59 - 77	59 - 77
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	78 - 88	78 - 88
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	89 - 96	89 - 96
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	2 - 22	2 - 22
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	23 - 33	23 - 33
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	34 - 83	34 - 83
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	84 - 96	84 - 96

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