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- PDB-3dj8: Synthesis of (2S)-2-amino-7,8-epoxyoctanoic acid and structure of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dj8
タイトルSynthesis of (2S)-2-amino-7,8-epoxyoctanoic acid and structure of its metal-bridging complex with human arginase I
要素Arginase-1
キーワードHYDROLASE / Epoxide binding / manganese cluster / Arginine metabolism / Disease mutation / Manganese / Metal-binding / Phosphoprotein / Urea cycle
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation ...positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation / arginine catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / specific granule lumen / azurophil granule lumen / manganese ion binding / adaptive immune response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ureohydrolase domain / Arginase / Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Arginase; Chain A / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-[(2R)-oxiran-2-yl]-L-norleucine / : / Arginase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Di Costanzo, L. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Synthesis of (2S)-2-amino-7,8-epoxyoctanoic acid and structure of its metal-bridging complex with human arginase I
著者: Zakharian, T.Y. / Di Costanzo, L. / Christianson, D.W.
履歴
登録2008年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginase-1
B: Arginase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1268
ポリマ－69,5602
非ポリマー5666
水5,981332
1
A: Arginase-1
ヘテロ分子

A: Arginase-1
ヘテロ分子

A: Arginase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,18912
ポリマ－104,3403
非ポリマー8499
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area32240 Å2
手法PISA
2
B: Arginase-1
ヘテロ分子

B: Arginase-1
ヘテロ分子

B: Arginase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,18912
ポリマ－104,3403
非ポリマー8499
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area32060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.623, 90.623, 69.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質 Arginase-1 / Type I arginase / Liver-type arginase


分子量: 34779.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET11-D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05089, arginase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-EXY / 6-[(2R)-oxiran-2-yl]-L-norleucine / (2S)-2-amino-7,8-epoxy octanoic acid


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 173.210 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% JEFFAMINE, 100mM Hepes, 2.0mM Thymine. Soaking 40mM epoxide no thymine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→50 Å / Num. obs: 99149 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 1.51→1.56 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 9976 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZAV

2zav


解像度: 1.51→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: the data diffraction is affect by perfect twinning, twin fraction: 0.5; operator: -h, -k, l, the structure factor file is the untwinned structure factors that the depositor used for the refinement process.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1933 4719 -RANDOM
Rwork0.1524 ---
all0.1524 96593 --
obs-96593 96.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4762 0 28 332 5122
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
LS精密化 シェル解像度: 1.51→1.56 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.258 467
Rwork0.252 -
obs-8506

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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