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- PDB-3di3: Crystal structure of the complex of human interleukin-7 with glyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3di3
タイトルCrystal structure of the complex of human interleukin-7 with glycosylated human interleukin-7 receptor alpha ectodomain
要素
  • Interleukin-7
  • Interleukin-7 receptor subunit alpha
キーワードCYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR / interleukin / cytokine / cytokine receptor / ectodomain / Glycoprotein / Growth factor / Secreted / Disease mutation / Membrane / Phosphoprotein / Receptor / SCID / Transmembrane / CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-7 receptor activity / interleukin-7 receptor binding / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / regulation of DNA recombination / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of T cell differentiation in thymus / interleukin-7-mediated signaling pathway / positive regulation of organ growth / negative regulation of T cell apoptotic process ...interleukin-7 receptor activity / interleukin-7 receptor binding / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / regulation of DNA recombination / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of T cell differentiation in thymus / interleukin-7-mediated signaling pathway / positive regulation of organ growth / negative regulation of T cell apoptotic process / cellular homeostasis / cytokine receptor activity / T cell lineage commitment / organ growth / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of B cell differentiation / regulation of cell size / B cell proliferation / T cell homeostasis / B cell homeostasis / hemopoiesis / humoral immune response / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / lymph node development / bone resorption / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of chemokine production / homeostasis of number of cells within a tissue / extrinsic apoptotic signaling pathway / antigen binding / Interleukin-7 signaling / cytokine activity / animal organ morphogenesis / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / cell morphogenesis / T cell mediated cytotoxicity / cytokine-mediated signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / cell-cell signaling / Clathrin-mediated endocytosis / T cell differentiation in thymus / gene expression / collagen-containing extracellular matrix / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Growth Hormone; Chain: A; - #50 / Interleukin-7 / Interleukin-7 superfamily / : / Interleukin 7 / Interleukin-7 and interleukin-9 family. / Interleukin-7/Interleukin-9, conserved site / Interleukin-7 and -9 signature. / Immunoglobulin-like - #1870 / IL-7Ralpha, fibronectin type III domain ...Growth Hormone; Chain: A; - #50 / Interleukin-7 / Interleukin-7 superfamily / : / Interleukin 7 / Interleukin-7 and interleukin-9 family. / Interleukin-7/Interleukin-9, conserved site / Interleukin-7 and -9 signature. / Immunoglobulin-like - #1870 / IL-7Ralpha, fibronectin type III domain / Fibronectin type III domain / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type III domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-7 / Interleukin-7 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者McElroy, C.A. / Dohm, J.A. / Walsh, S.T.R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structural and Biophysical Studies of the Human IL-7/IL-7Ralpha Complex.
著者: McElroy, C.A. / Dohm, J.A. / Walsh, S.T.
履歴
登録2008年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-7
B: Interleukin-7 receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5105
ポリマ－43,2362
非ポリマー1,2733
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area17580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.573, 68.235, 112.273
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-7 / IL-7


分子量: 17545.453 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26 to 177 / 変異: E106A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL7 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon Plus RP / 参照: UniProt: P13232
#2: タンパク質 Interleukin-7 receptor subunit alpha / IL-7R-alpha / CD127 antigen / CDw127


分子量: 25691.020 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21 to 239 (ligand binding ectodomain) / 変異: I118V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL7R / プラスミド: pMT-BipA
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): Schneider S2 insect cells / 参照: UniProt: P16871
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化温度: 292 K / pH: 7.4
詳細: 18% w/v PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.4, 0.2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンAPS 19-ID10.97888
シンクロトロンAPS 19-ID20.97932
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年7月20日
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年9月5日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978881
20.979321
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 8746 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 48.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→15 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1
Isotropic thermal model: PDB ENTRY 3DI2 and a platinum derivative
σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 447 4.5 %
Rwork0.229 --
obs0.229 8746 88.7 %
all-9857 -
溶媒の処理Bsol: 58.89 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 83.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.274 Å20 Å20 Å2
2--9.935 Å20 Å2
3----20.209 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2402 0 83 15 2500
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.7592
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1742.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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