PDB-3dgf: Structure of a histidine kinase-response regulator complex reveal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dgf

タイトル

Structure of a histidine kinase-response regulator complex reveals insights into Two-component signaling and a novel cis-autophosphorylation mechanism

要素

Response regulator

キーワード

SIGNALING PROTEIN / receiver domain

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2 Å

データ登録者

Casino, P. / Marina, A.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: Structural Insight into Partner Specificity and Phosphoryl Transfer in Two-Component Signal Transduction.
著者: Casino, P. / Rubio, V. / Marina, A.

履歴

登録	2008年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dgf.cif.gz	39.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dgf.ent.gz	27.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dgf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/3dgf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/3dgf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3dgeC 3gl9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1pey-1 2zay-2 1tmy-d 3h1e-d 3gl9-4 5vln-d 2qlc-4 6x0b-2 3gl9-2 3a0u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (6) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

C: Response regulator

13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.574, 55.476, 58.428
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Response regulator 分子量: 13848.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: TM_0468 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q9WYT9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.2 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 28% PEG8000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 1.008 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si(111), 140 x 80 x 20 mm / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→22.1 Å / Num. all: 7951 / Num. obs: 40193 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 32.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 1143 / R_sym value: 0.383 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
APEX		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

開始モデル: RR468 from the entry 2008-Jun-12.09.34.07.979392.Session.11388

解像度: 2→22.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 10.129 / SU ML: 0.144 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	594	7.5 %	RANDOM
R_work	0.211	-	-	-
all	0.214	7328	-	-
obs	0.214	40193	98.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.93 Å² / B_iso mean: 34.57 Å² / B_iso min: 15.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→22.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	952	0	0	114	1066

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	973
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.6	2.014	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.744	5	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.492	25.789	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.396	15	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.873	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	687
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.275	0.2	485
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	657
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.223	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.193	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.249	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.91	1.5	629
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.225	2	979
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.208	3	391
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.187	4.5	328

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	42	-
R_work	0.23	542	-
all	-	584	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8078	-0.3716	-0.2419	0.9532	0.0591	0.6978	0.0161	-0.0394	-0.0607	0.0498	-0.0075	-0.0294	-0.0303	-0.035	-0.0086	-0.0103	-0.0032	-0.0154	-0.0227	-0.0046	-0.0247	-6.1532	0.2242	12.7597
2	4.5842	7.3554	0.197	11.8017	0.3162	0.0085	-1.4879	4.5217	3.4262	0.7951	1.6442	1.03	1.7016	-2.5743	-0.1563	0.0848	-0.1859	-0.2153	0.0534	0.1926	-0.0236	-12.0308	-8.1125	8.4049
3	2.4878	-2.8454	0.9499	3.5648	-1.2116	0.4132	0.039	0.2035	-0.3803	0.0638	-0.0371	0.1681	-0.052	0.0584	-0.0019	0.0123	-0.0124	0.0046	-0.0313	-0.0035	0.0041	0.8643	-10.291	9.2545

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	C	A	2 - 96	2 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	A	97 - 101	97 - 101
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	A	102 - 121	102 - 121

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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