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- PDB-3dgd: Crystal structure of the F87M/L110M mutant of human transthyretin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dgd
タイトルCrystal structure of the F87M/L110M mutant of human transthyretin at pH 4.6
要素Transthyretin
キーワードLIGAND BINDING PROTEIN / TRANSTHYRETIN / MONOMER / AMYLOIDOGENIC INTERMEDIATE / ACIDIC PH / THYROID HORMONE BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.383 Å
データ登録者Palmieri, L.C. / Freire, J.B.B. / Foguel, D. / Lima, L.M.T.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Novel Zn2+-binding sites in human transthyretin: implications for amyloidogenesis and retinol-binding protein recognition.
著者: Palmieri, L.de.C. / Lima, L.M. / Freire, J.B. / Bleicher, L. / Polikarpov, I. / Almeida, F.C. / Foguel, D.
履歴
登録2008年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2010年11月3日ID: 3CYK
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
C: Transthyretin
D: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,08434
ポリマ－55,1184
非ポリマー1,96630
水6,738374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10090 Å2
ΔGint-328 kcal/mol
Surface area18280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.950, 60.690, 82.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Transthyretin / Prealbumin / TBPA / TTR / ATTR


分子量: 13779.420 Da / 分子数: 4 / 変異: Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PLAB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: ZINC ACETATE 0.2 M, SODIUM CITRATE 0.1 M, AMMONIUM SULFATE 2,0M, PH 4,6; CRYSTALS WERE SOAKED IN MOTHER LIQUOR SUPPLEMENTED WITH 10 % GLYCEROL BEFORE FREEZING IN LIQUID NITROGEN, PH 4.6, ...詳細: ZINC ACETATE 0.2 M, SODIUM CITRATE 0.1 M, AMMONIUM SULFATE 2,0M, PH 4,6; CRYSTALS WERE SOAKED IN MOTHER LIQUOR SUPPLEMENTED WITH 10 % GLYCEROL BEFORE FREEZING IN LIQUID NITROGEN, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K, pH 4.60

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.305 / 波長: 1.305 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.305 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.383→83.045 Å / Num. all: 92482 / Num. obs: 92482 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.383→1.46 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.774 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rsym value: 0.774 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F41 POLY ALA

1f41


解像度: 1.383→19.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.391 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 5424 5.9 %RANDOM
Rwork0.157 ---
obs0.159 92475 97.2 %-
all-92482 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å2-0.07 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.383→19.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3558 0 81 374 4013
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0214434
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6331.9486120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1255594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.00224.066182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.24215699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9851517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3110.2660
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.023583
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2920.22180
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.330.22996
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2580.2437
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1230.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3920.299
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4660.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.2430.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3751.52874
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.41624581
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.71231831
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.4174.51539
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.81734705
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free14.6493415
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.16134284
LS精密化 シェル解像度: 1.383→1.42 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 392 -
Rwork0.233 6227 -
obs--94.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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