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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dg1 | ||||||
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タイトル | Segment SSTNVG derived from IAPP | ||||||
要素 | SSTNVG from Islet Amyloid Polypeptide | ||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / steric zipper / IAPP / SSTNVG / Amyloid | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / positive regulation of protein kinase A signaling / negative regulation of osteoclast differentiation / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly / bone resorption ...amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / positive regulation of protein kinase A signaling / negative regulation of osteoclast differentiation / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly / bone resorption / sensory perception of pain / positive regulation of calcium-mediated signaling / osteoclast differentiation / hormone activity / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / positive regulation of MAPK cascade / receptor ligand activity / positive regulation of apoptotic process / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / lipid binding / apoptotic process / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å | ||||||
データ登録者 | Wiltzius, J.J. / Sievers, S.A. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008 タイトル: Atomic structure of the cross-beta spine of islet amyloid polypeptide (amylin). 著者: Wiltzius, J.J. / Sievers, S.A. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Popov, D. / Riekel, C. / Eisenberg, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dg1.cif.gz | 8.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dg1.ent.gz | 5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dg1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/3dg1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/3dg1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biologic assembly is an amyloid-like fiber that can be generated by multiple application of the symmetry operators X, Y+n, Z and 1/2-X,n+(1/2)+Y,-Z+1, where n is an integer. |
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 563.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: P10997*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 30% MPD, no buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月21日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→90 Å / Num. all: 460 / Num. obs: 460 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Χ2: 1.472 / Net I/σ(I): 5.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.524 / Num. unique all: 37 / Χ2: 1.426 / % possible all: 97.4 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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Phasing MR | Packing: 0 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: poly-alanine beta strand 解像度: 1.66→18.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.826 / SU B: 2.359 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 37.16 Å2 / Biso mean: 19.277 Å2 / Biso min: 14.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.66→18.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.66→1.699 Å / Total num. of bins used: 20 /
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