PDB-3dfa: Crystal structure of kinase domain of calcium-dependent protein k...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dfa

タイトル

Crystal structure of kinase domain of calcium-dependent protein kinase cgd3_920 from Cryptosporidium parvum

要素

Calcium-dependent protein kinase cgd3_920

キーワード

TRANSFERASE / calmodulin / kinase / malaria / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / phosphorylation / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Wernimont, A.K. / Lew, J. / Lin, Y.H. / Hassanali, A. / Khuu, C. / Alam, Z. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of kinase domain of calcium-dependent protein kinase cgd3_920 from Cryptosporidium parvum.
著者: Wernimont, A.K. / Lew, J. / Lin, Y.H. / Hassanali, A. / Khuu, C. / Alam, Z. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Wilkstrom, M. / Edwards, A.M. / ...

履歴

登録	2008年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dfa.cif.gz	68.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dfa.ent.gz	48.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dfa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3dfa_validation.pdf.gz	425.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dfa_full_validation.pdf.gz	425.6 KB	表示
XML形式データ	3dfa_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	3dfa_validation.cif.gz	15.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/3dfa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/3dfa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qg5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4yge-1 2px6-2 4ygc-2 6xrg-d 1g5t-2 4ygd-3 2wei-d 3p7v-d 1pe5-d 4ddd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Calcium-dependent protein kinase cgd3_920

33.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.447, 69.447, 137.414
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Calcium-dependent protein kinase cgd3_920 分子量: 33316.285 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase domain: Residues 70-338 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム) 株: Iowa II / 遺伝子: CGD3_920 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3FQ16
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.6, 20% PEG 8000, 0.38 M Ammonium sulfate, 25% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.91996 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91996 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 12641 / Num. obs: 12641 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 59.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / R_sym value: 0.064 / Χ²: 1.679 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 11.1 % / R_merge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 4.53 / Num. unique all: 1058 / R_sym value: 0.411 / Χ²: 1.322 / % possible all: 83.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	34.71 Å
Translation	2.5 Å	34.71 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2QG5

2qg5

解像度: 2.45→49.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 20.505 / SU ML: 0.242 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.481 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.263	611	4.9 %	RANDOM
R_work	0.233	-	-	-
all	0.234	12590	-	-
obs	0.234	12590	96.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.985 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→49.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2104	0	0	79	2183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	2149
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.014	1.957	2906
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.848	5	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.021	24.124	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.001	15	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.833	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	1605
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	943
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	1480
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.12	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.222	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.205	1.5	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.382	2	2119
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.586	3	910
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.926	4.5	787

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.515 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	28	-
R_work	0.289	748	-
all	-	776	-
obs	-	1056	82.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.9791	5.9446	0.9419	3.2407	0.6771	0.2253	-0.3095	2.665	-1.3956	-0.5784	0.6706	1.2657	0.8436	1.396	-0.3611	0.7624	0.1672	-0.0221	0.8771	-0.1845	0.6762	3.729	-15.13	-21.577
2	5.0839	-0.293	0.5223	4.5309	0.9856	1.2834	-0.0627	0.6176	-0.5701	-0.5301	-0.0296	-0.455	0.0795	0.1497	0.0923	0.244	0.0366	-0.024	0.1217	0.0337	0.2771	4.623	-8.019	-13.224
3	12.8355	7.7667	6.6181	7.607	4.1537	6.094	-0.209	1.0279	-0.1816	-1.0338	-0.0213	0.1858	0.0315	0.8792	0.2302	0.2792	0.0068	-0.0356	0.1702	0.1054	0.2497	9.758	-6.303	-12.886
4	7.4928	-3.7292	0.6441	7.2797	-0.6307	2.4512	0.1165	0.2448	0.1216	-0.6661	-0.04	-0.3352	0.2786	0.4278	-0.0765	0.0401	-0.0485	0.055	0.2001	0.0706	0.1171	22.366	-10.209	0.953
5	2.4364	1.8289	2.9684	2.9986	0.1258	6.3358	0.1823	-0.1524	-1.5609	-0.512	0.139	-0.1795	0.3621	0.2627	-0.3213	0.135	0.0359	-0.0497	0.2035	0.1058	0.5104	11.154	-14.121	-1.056
6	6.2968	-0.9187	-0.384	3.7103	-0.2369	3.127	-0.0968	-0.4773	-0.4032	-0.0081	0.1531	0.1912	0.2041	0.0728	-0.0563	-0.0917	-0.0037	-0.0226	0.1368	0.1081	0.1361	14.774	-14.137	12.59
7	8.1926	-2.07	0.4013	5.1976	0.0385	3.0592	-0.1634	-0.7419	0.3194	0.2819	0.1716	-0.6982	-0.2309	0.4177	-0.0082	-0.0507	-0.0285	-0.0832	0.256	-0.0234	0.2223	25.271	-7.811	15.667

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-2 - 17	15 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	18 - 59	35 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	60 - 86	77 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	87 - 137	104 - 154
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	142 - 170	159 - 187
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	171 - 215	188 - 232
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	216 - 267	233 - 284

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