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- PDB-3df6: The thermo- and acido-stable ORF-99 from the archaeal virus AFV1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3df6
タイトルThe thermo- and acido-stable ORF-99 from the archaeal virus AFV1
要素ORF99
キーワードVIRAL PROTEIN / UNKNOWN FUNCTION / archaeal virus / extremophiles / protein fold / lipothrixviridae
機能・相同性Double Stranded RNA Binding Domain - #300 / Sulfolobus islandicus filamentous virus, Orf14 / Protein of unknown function (DUF1374) / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein ORF99
機能・相同性情報
生物種Acidianus Filamentous Virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Goulet, A. / Spinelli, S. / Prangishvili, D. / van Tilbeurgh, H. / Cambillau, C. / Campanacci, V.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: The thermo- and acido-stable ORF-99 from the archaeal virus AFV1
著者: Goulet, A. / Spinelli, S. / Blangy, S. / van Tilbeurgh, H. / Leulliot, N. / Basta, T. / Prangishvili, D. / Cambillau, C. / Campanacci, V.
履歴
登録2008年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF99
B: ORF99
C: ORF99
D: ORF99
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,28810
ポリマ－47,0474
非ポリマー2406
水6,630368
1
A: ORF99
C: ORF99
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6846
ポリマ－23,5242
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area11330 Å2
手法PISA
2
B: ORF99
D: ORF99
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6044
ポリマ－23,5242
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area11430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.112, 97.688, 103.679
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
ORF99 / Putative uncharacterized protein


分子量: 11761.848 Da / 分子数: 4 / 変異: L27M, I70M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidianus Filamentous Virus 1 (ウイルス)
遺伝子: ORF99 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q70LE8
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 33% MPD, 0.2M CaCl2, 0.1M Hepes, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月1日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→45 Å / Num. all: 37209 / Num. obs: 37209 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 23.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique all: 5344 / Rsym value: 0.399 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 7.184 / SU ML: 0.104 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22106 1156 3.1 %RANDOM
Rwork0.1905 ---
obs0.1915 35982 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.343 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.09 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.148 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3366 0 6 368 3740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.441.9664669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.9585422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.7425.855193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.34615662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0021512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022648
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21520
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.22369
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2940.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1130.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.240.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1760.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.060.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1771.52089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36423288
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.37831547
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5484.51364
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 75 -
Rwork0.191 2632 -
obs-2632 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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