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- PDB-3del: The structure of CT381, the arginine binding protein from the per... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3del
タイトルThe structure of CT381, the arginine binding protein from the periplasm Chlamydia trachomatis
要素Arginine Binding Protein
キーワードPROTEIN BINDING / TRANSPORT PROTEIN / Alpha and Beta protein (a/b) / periplasmic protein / arginine binding
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid binding / amino acid transport / outer membrane-bounded periplasmic space / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Probable ABC transporter arginine-binding protein ArtJ, PBP2 domain / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable ABC transporter arginine-binding protein ArtJ
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Petit, P. / Vuillard, L. / Spinelli, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2010
タイトル: Exploiting antigenic diversity for vaccine design: the Chlamydia ArtJ paradigm.
著者: Soriani, M. / Petit, P. / Grifantini, R. / Petracca, R. / Gancitano, G. / Frigimelica, E. / Nardelli, F. / Garcia, C. / Spinelli, S. / Scarabelli, G. / Fiorucci, S. / Affentranger, R. / ...著者: Soriani, M. / Petit, P. / Grifantini, R. / Petracca, R. / Gancitano, G. / Frigimelica, E. / Nardelli, F. / Garcia, C. / Spinelli, S. / Scarabelli, G. / Fiorucci, S. / Affentranger, R. / Ferrer-Navarro, M. / Zacharias, M. / Colombo, G. / Vuillard, L. / Daura, X. / Grandi, G.
履歴
登録2008年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Arginine Binding Protein
C: Arginine Binding Protein
D: Arginine Binding Protein
F: Arginine Binding Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,5124
ポリマ-108,5124
非ポリマー00
23,1311284
1
B: Arginine Binding Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1281
ポリマ-27,1281
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Arginine Binding Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1281
ポリマ-27,1281
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
D: Arginine Binding Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1281
ポリマ-27,1281
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
F: Arginine Binding Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1281
ポリマ-27,1281
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.072, 121.875, 170.097
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Arginine Binding Protein


分子量: 27128.012 Da / 分子数: 4 / 断片: CT381 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
遺伝子: artJ, CT_381 / プラスミド: pET21b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O84385
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1284 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: Sodium Formate 0.5M-4M, Tris Base 100mM, pH 6.8-8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97995 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月21日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→55 Å / Num. obs: 123164 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.92→2.02 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 17384 / Rsym value: 0.48 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.92→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.254 / SU ML: 0.085 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2133 1237 1 %RANDOM
Rwork0.19584 ---
obs0.196 121860 99.48 %-
all-123129 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 5.549 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å20 Å20.22 Å2
2--0.44 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7372 0 0 1284 8656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0227593
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1271.96610318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5385944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.25224.519343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.211151345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8341536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.23389
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.25155
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2964
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3391.54834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.49627568
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.19933122
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0474.52740
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 95 -
Rwork0.299 8432 -
obs--94.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1793-0.6814-0.43733.5507-0.06110.6694-0.0588-0.2233-0.1590.72550.01210.19180.0547-0.04910.04670.3228-0.00730.1013-0.0402-0.0154-0.133613.880.404173.63
20.3073-0.02280.49913.8886-0.38723.67920.0755-0.0349-0.10610.5855-0.06060.5833-0.0701-0.2864-0.01490.23330.01290.134-0.0283-0.0729-0.05148.8899.031168.417
30.59790.1155-0.08650.06660.49695.96490.00890.00940.10750.054-0.10660.1476-0.42270.01760.09780.21150.00070.0126-0.0877-0.0487-0.025314.5710.547155.762
45.8453-0.99482.06194.13781.13081.4841-0.18250.5880.4024-0.42410.11110.1019-0.1492-0.18810.07140.08310.023-0.07750.01780.0405-0.01218.9576.412130.491
51.4171-0.3935-0.83462.31110.84262.2358-0.0110.0603-0.05510.0548-0.10210.2013-0.0837-0.19830.11310.0473-0.0031-0.00210.0033-0.022-0.008710.864-2.489140.267
60.7621-0.5468-1.18721.47491.53364.30950.0094-0.02880.10180.0501-0.05360.0292-0.30730.11080.04420.1151-0.00020.0012-0.0735-0.036-0.02416.7237.959147.118
71.6014-2.2573-0.25295.79151.41461.6959-0.0643-0.19250.17680.39170.1127-0.3998-0.13080.1792-0.04840.2737-0.02610.0043-0.0996-0.0352-0.100624.2978.347169.055
88.3657-1.79760.61086.87370.339210.78910.21310.3669-0.43040.259-0.32960.36220.3366-0.17750.11640.1784-0.03130.0609-0.1379-0.0464-0.087214.428-1.912156.455
90.53430.52560.38143.27910.20180.8936-0.04380.11210.1067-0.6071-0.01830.0373-0.1035-0.00180.06210.26430.00740.0034-0.0626-0.0255-0.10322.442-14.79478.583
100.9202-0.1213-0.0052.6056-0.57272.9554-0.02660.0681-0.0434-0.4039-0.03950.15350.0669-0.17430.06610.21160.0164-0.0025-0.0596-0.0728-0.04218.166-23.93785.795
111.421-0.5576-3.28951.31683.718715.2982-0.0876-0.1915-0.3041-0.01280.0753-0.04520.57270.48110.01230.09720.02510.0249-0.0544-0.02480.012218.776-22.252108.358
1212.23811.76211.54568.27991.62441.6859-0.0106-1.3754-1.57090.63450.14810.20580.1723-0.4694-0.13750.0317-0.0450.08180.11020.12520.080510.254-21.517121.207
131.90020.02910.48962.04620.56982.01920.0028-0.0658-0.0483-0.0965-0.07970.1182-0.0192-0.15320.07690.04920.01580.0088-0.025-0.0167-0.012712.684-11.414111.645
140.21020.16280.23571.11911.59494.7394-0.0509-0.0249-0.1228-0.0388-0.0582-0.00920.26840.0720.10910.08960.00890.0061-0.0636-0.0280.010220.344-21.622105.244
151.10151.77060.49945.51311.30921.4787-0.00810.1408-0.1295-0.14790.0191-0.44140.1410.1566-0.0110.18910.03720.0651-0.0905-0.0287-0.045731.947-21.985.553
169.88188.66685.384212.91116.648916.61610.0273-0.13470.2717-0.1757-0.13780.1932-0.4513-0.18230.11050.14130.05640.0205-0.1287-0.0384-0.084319.224-11.82695.66
170.5737-0.46630.46463.4140.03331.3427-0.0145-0.1480.07160.6002-0.062-0.0154-0.12340.02360.07650.273-0.02570.0305-0.05330.0319-0.1224-12.042-20.755173.417
181.9413-0.4487-0.3132.7509-0.45574.30960.0345-0.0428-0.09030.2126-0.1343-0.08190.18330.18850.09980.1936-0.03060.0171-0.06960.0702-0.0653-7.998-28.871164.732
191.54930.7232-1.253.2484-3.08979.01010.07550.166-0.17760.05030.00920.12690.2740.025-0.08470.0588-0.00890.0082-0.05020.0173-0.0012-8.253-23.403140.367
205.50431.1342-2.19617.07992.9985.5097-0.1230.8652-0.3045-0.3652-0.19780.01950.16130.21790.32070.02390.08020.03680.1367-0.00940.02231.42-20.392131.489
211.52760.40960.69112.0535-0.70812.6689-0.01550.0342-0.03290.1054-0.0863-0.1245-0.05030.17410.10180.0399-0.0197-0.0047-0.01590.0265-0.0086-3.687-13.147141.756
220.4604-0.45610.80711.6399-2.10074.7825-0.00990.0209-0.1416-0.0004-0.06230.00820.2884-0.15280.07230.0996-0.03080.0169-0.07750.0257-0.0088-10.528-24.007145.417
231.6429-2.18710.7826.7232-2.18332.10310.0864-0.0706-0.250.15440.03740.67520.1545-0.1462-0.12380.1707-0.03750.0686-0.09870.0238-0.0457-21.041-27.686166.052
2414.3821-8.6674.904112.899-4.955311.3620.1507-0.01910.2430.2602-0.2548-0.0261-0.82470.14590.10410.2011-0.0470.0225-0.1040.0494-0.1105-9.224-16.032156.613
250.88450.8868-0.60943.89220.08920.7464-0.06460.0774-0.1144-0.5714-0.019-0.1390.00210.00510.08360.25760.01330.0544-0.07380.021-0.100436.4846.55581.28
261.13190.3921-0.21284.28540.01073.40010.0556-0.0218-0.0638-0.2035-0.137-0.1869-0.09720.09750.08140.1772-0.01120.0192-0.0770.0585-0.058639.02915.12290.085
271.49860.4269-1.7616.3287-6.273413.04240.1277-0.22080.14340.23990.15680.1464-0.6578-0.0966-0.28440.0881-0.0048-0.0162-0.04860.0073-0.016834.1089.356116.448
283.0706-0.94661.3668.1566.91169.7877-0.1299-0.148-0.02410.3169-0.1413-0.1013-0.30320.04040.27130.0595-0.0354-0.0616-0.01040.0009-0.006643.3847.494123.9
291.1898-0.0574-0.36222.1252-0.60082.3132-0.0135-0.0559-0.0482-0.0586-0.1097-0.1616-0.13040.19040.12320.046-0.012-0.0024-0.00480.0311-0.010238.326-0.166113.63
300.48890.7182-11.7234-1.81673.89380.0454-0.02080.08790.1007-0.0855-0.0606-0.4408-0.05450.04010.1141-0.0011-0.003-0.07360.0312-0.009533.51510.88108.371
312.4583.0163-0.5356.1212-1.08631.2260.02380.09640.3272-0.20370.05860.5773-0.1306-0.1254-0.08240.19260.0224-0.0088-0.10660.0094-0.043526.06413.96586.326
328.27653.6411-2.0467.4974-3.12718.88130.0421-0.3241-0.3718-0.0651-0.2672-0.1110.4790.27310.22510.22580.02680.0475-0.12170.0422-0.077435.4852.11697.936
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1BA34 - 9111 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2BA92 - 10869 - 85
3X-RAY DIFFRACTION3BA109 - 12786 - 104
4X-RAY DIFFRACTION4BA128 - 142105 - 119
5X-RAY DIFFRACTION5BA143 - 188120 - 165
6X-RAY DIFFRACTION6BA189 - 224166 - 201
7X-RAY DIFFRACTION7BA225 - 254202 - 231
8X-RAY DIFFRACTION8BA255 - 265232 - 242
9X-RAY DIFFRACTION9CB34 - 9211 - 69
10X-RAY DIFFRACTION10CB93 - 11870 - 95
11X-RAY DIFFRACTION11CB119 - 12896 - 105
12X-RAY DIFFRACTION12CB129 - 139106 - 116
13X-RAY DIFFRACTION13CB140 - 188117 - 165
14X-RAY DIFFRACTION14CB189 - 224166 - 201
15X-RAY DIFFRACTION15CB225 - 255202 - 232
16X-RAY DIFFRACTION16CB256 - 265233 - 242
17X-RAY DIFFRACTION17DC34 - 9211 - 69
18X-RAY DIFFRACTION18DC93 - 11970 - 96
19X-RAY DIFFRACTION19DC120 - 12997 - 106
20X-RAY DIFFRACTION20DC130 - 143107 - 120
21X-RAY DIFFRACTION21DC144 - 188121 - 165
22X-RAY DIFFRACTION22DC189 - 223166 - 200
23X-RAY DIFFRACTION23DC224 - 255201 - 232
24X-RAY DIFFRACTION24DC256 - 265233 - 242
25X-RAY DIFFRACTION25FD34 - 9111 - 68
26X-RAY DIFFRACTION26FD92 - 11969 - 96
27X-RAY DIFFRACTION27FD120 - 13197 - 108
28X-RAY DIFFRACTION28FD132 - 142109 - 119
29X-RAY DIFFRACTION29FD143 - 191120 - 168
30X-RAY DIFFRACTION30FD192 - 224169 - 201
31X-RAY DIFFRACTION31FD225 - 254202 - 231
32X-RAY DIFFRACTION32FD255 - 265232 - 242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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