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- PDB-3dd7: Structure of DocH66Y in complex with the C-terminal domain of Phd -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dd7
タイトルStructure of DocH66Y in complex with the C-terminal domain of Phd
要素
  • Death on curing protein
  • Prevent host death protein
キーワードRIBOSOME INHIBITOR / all alpha
機能・相同性
機能・相同性情報


killing by virus of host cell by post-segregational killing / symbiont-mediated suppression of host translation / toxin sequestering activity / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / regulation of translation / sequence-specific DNA binding / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / protein serine kinase activity ...killing by virus of host cell by post-segregational killing / symbiont-mediated suppression of host translation / toxin sequestering activity / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / regulation of translation / sequence-specific DNA binding / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Fic/DOC protein, Fido domain / Death on curing protein / Type II toxin-antitoxin system, antitoxin Phd/YefM / Antitoxin Phd_YefM, type II toxin-antitoxin system / YefM-like superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Antitoxin phd / Protein kinase doc
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage P1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Garcia-Pino, A. / Loris, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Doc of Prophage P1 Is Inhibited by Its Antitoxin Partner Phd through Fold Complementation
著者: Garcia-Pino, A. / Christensen-Dalsgaard, M. / Wyns, L. / Yarmolinsky, M. / Magnuson, R.D. / Gerdes, K. / Loris, R.
履歴
登録2008年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Death on curing protein
B: Prevent host death protein
C: Death on curing protein
D: Prevent host death protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,11720
ポリマ－34,8384
非ポリマー1,27816
水4,107228
1
A: Death on curing protein
B: Prevent host death protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,21812
ポリマ－17,4192
非ポリマー79910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-12.7 kcal/mol
Surface area6030 Å2
手法PISA
2
C: Death on curing protein
D: Prevent host death protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8998
ポリマ－17,4192
非ポリマー4796
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-10.1 kcal/mol
Surface area6340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.944, 38.201, 63.734
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Death on curing protein / DOC


分子量: 14782.520 Da / 分子数: 2 / 変異: H66Y, E126D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P1 (ファージ)
遺伝子: doc / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06259
#2: タンパク質・ペプチド Prevent host death protein / PHD


分子量: 2636.724 Da / 分子数: 2
Fragment: Prevent host death protein C-terminal domain, UNP residues 51-73
変異: L70(MSE) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide Alta Bioscience / 参照: UniProt: Q06253
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 35% PEG4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M acetate, pH4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.9189, 0.9116
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月19日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91891
20.91161
反射解像度: 1.7→11 Å / Num. all: 29371 / Num. obs: 29371 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.485 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.105
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19849 1444 5.1 %RANDOM
Rwork0.18232 ---
all0.18317 26810 --
obs0.18317 26810 96.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.801 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20 Å2-0.06 Å2
2--0.57 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2119 0 16 228 2363
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2371.9693092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.765324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.41923.40494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.83415370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7231519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2369
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021718
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21238
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21625
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2640.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.641.51513
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.02222365
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9873829
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9394.5705
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.743 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 71 -
Rwork0.329 1522 -
obs-1451 75.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.98853.90882.82016.79343.70032.485-0.0121-0.18910.13210.0376-0.04460.2289-0.052-0.08830.0567-0.06760.00310.0126-0.1080.0087-0.06468.7352.266-11.196
23.50161.7919-2.03973.1768-1.96513.40310.0399-0.0897-0.0210.0513-0.03350.05760.0406-0.0487-0.0064-0.0736-0.0218-0.0187-0.10730.0088-0.0576.552-10.237-18.36
31.2630.790.22392.65971.20372.5208-0.0439-0.13920.0010.08820.01540.0030.0375-0.03480.0285-0.07110.01940.007-0.1089-0.0098-0.087315.9832.977-1.843
42.21441.7780.3732.58240.47341.63170.0551-0.0731-0.13870.0620.012-0.070.0522-0.0334-0.0671-0.07930.0049-0.0021-0.1160.0092-0.070316.532-5.926-11.526
50.86131.3231-0.25113.02480.82813.32010.00710.00550.1604-0.11450.05810.1813-0.1954-0.0327-0.0652-0.0549-0.0045-0.0067-0.12320.0121-0.074617.7125.561-18.537
61.90450.1737-0.41342.20950.06482.16430.0008-0.0385-0.0708-0.00630.0316-0.056-0.0340.1871-0.0324-0.0991-0.0047-0.0072-0.11890.0007-0.071427.303-3.02-15.19
76.8496-2.11060.85445.6-2.04353.51460.04240.0342-0.0104-0.02460.081-0.03290.022-0.0024-0.1235-0.0421-0.01080.0031-0.11620.0017-0.108214.484-3.453-25.58
80.5867-0.7096-1.37132.0041.90123.376-0.0333-0.0912-0.15750.0103-0.00380.05090.17020.01160.0371-0.0748-0.0152-0.0098-0.10510.0046-0.0716-15.997.236-13.699
92.4822-0.7468-0.3683.8573-1.2632.12670.0168-0.0154-0.1629-0.1533-0.031-0.0310.19870.04890.0142-0.0428-0.00820.003-0.1033-0.0268-0.0729-8.773.297-25.914
100.8288-0.0493-0.68392.0531.31012.73440.0068-0.0884-0.01920.07550.025-0.18420.05950.1376-0.0318-0.0821-0.018-0.0016-0.09140.0216-0.0687-9.0098.389-3.625
110.7398-0.5955-0.07063.24711.68042.44150.02370.0536-0.0577-0.03060.0027-0.11590.05780.0545-0.0264-0.0792-0.02450.0027-0.12440.0057-0.0712-4.6359.338-15.774
121.98910.3758-1.26131.03270.77922.80930.00090.00760.0375-0.0297-0.02090.0553-0.1267-0.04740.02-0.0618-0.0139-0.0082-0.12770.0023-0.0769-14.32718.873-15.93
132.6090.26220.07451.49250.70721.52220.0002-0.03410.06580.0207-0.0421-0.1212-0.06450.0810.042-0.0641-0.03060.0039-0.13560.0091-0.0637-1.12820.602-14.637
148.27840.48560.7891.01250.15931.9538-0.02190.2382-0.2216-0.1387-0.0835-0.0179-0.0108-0.0770.1055-0.0424-0.0038-0.0003-0.1208-0.0046-0.0884-13.25514.768-25.983
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 121 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2AA13 - 2913 - 29
3X-RAY DIFFRACTION3AA30 - 5130 - 51
4X-RAY DIFFRACTION4AA52 - 7752 - 77
5X-RAY DIFFRACTION5AA78 - 9378 - 93
6X-RAY DIFFRACTION6AA94 - 12394 - 123
7X-RAY DIFFRACTION7BB54 - 714 - 21
8X-RAY DIFFRACTION8CC1 - 121 - 12
9X-RAY DIFFRACTION9CC13 - 2913 - 29
10X-RAY DIFFRACTION10CC30 - 5130 - 51
11X-RAY DIFFRACTION11CC52 - 7752 - 77
12X-RAY DIFFRACTION12CC78 - 9378 - 93
13X-RAY DIFFRACTION13CC94 - 12394 - 123
14X-RAY DIFFRACTION14DD51 - 721 - 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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