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万見
- PDB-3dco: Drosophila NOD (3DC4) and Bovine Tubulin (1JFF) Docked into the 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dco
タイトルDrosophila NOD (3DC4) and Bovine Tubulin (1JFF) Docked into the 11-Angstrom Cryo-EM Map of Nucleotide-Free NOD Complexed to the Microtubule
要素
  • Bovine Alpha Tubulin
  • Bovine Beta Tubulin
  • Kinesin-like protein Nod
キーワードMOTOR PROTEIN / kinesin / catalytic domain / ATPase / microtubule / ADP / nucleotide-binding protein / cryo-EM / 3D reconstruction / tubulin / nucleotide-free / ATP-binding / Coiled coil / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of meiotic spindle orientation / Hedgehog 'on' state / distributive segregation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / meiotic chromosome segregation / female meiotic nuclear division / microtubule plus-end binding / spindle assembly involved in female meiosis I / positive regulation of axon guidance ...establishment of meiotic spindle orientation / Hedgehog 'on' state / distributive segregation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / meiotic chromosome segregation / female meiotic nuclear division / microtubule plus-end binding / spindle assembly involved in female meiosis I / positive regulation of axon guidance / microtubule motor activity / kinesin complex / microtubule-based movement / microtubule-based process / positive regulation of microtubule polymerization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / nervous system development / microtubule binding / microtubule / protein heterodimerization activity / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like protein / RuvA domain 2-like / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / Alpha tubulin ...Kinesin-like protein / RuvA domain 2-like / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / TAXOL / Kinesin-like protein Nod / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / シンクロトロン / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11 Å
データ登録者Sindelar, C.V. / Cochran, J.C. / Kull, F.J.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2009
タイトル: ATPase cycle of the nonmotile kinesin NOD allows microtubule end tracking and drives chromosome movement.
著者: Jared C Cochran / Charles V Sindelar / Natasha K Mulko / Kimberly A Collins / Stephanie E Kong / R Scott Hawley / F Jon Kull /
要旨: Segregation of nonexchange chromosomes during Drosophila melanogaster meiosis requires the proper function of NOD, a nonmotile kinesin-10. We have determined the X-ray crystal structure of the NOD ...Segregation of nonexchange chromosomes during Drosophila melanogaster meiosis requires the proper function of NOD, a nonmotile kinesin-10. We have determined the X-ray crystal structure of the NOD catalytic domain in the ADP- and AMPPNP-bound states. These structures reveal an alternate conformation of the microtubule binding region as well as a nucleotide-sensitive relay of hydrogen bonds at the active site. Additionally, a cryo-electron microscopy reconstruction of the nucleotide-free microtubule-NOD complex shows an atypical binding orientation. Thermodynamic studies show that NOD binds tightly to microtubules in the nucleotide-free state, yet other nucleotide states, including AMPPNP, are weakened. Our pre-steady-state kinetic analysis demonstrates that NOD interaction with microtubules occurs slowly with weak activation of ADP product release. Upon rapid substrate binding, NOD detaches from the microtubule prior to the rate-limiting step of ATP hydrolysis, which is also atypical for a kinesin. We propose a model for NOD's microtubule plus-end tracking that drives chromosome movement.
履歴
登録2008年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年11月9日Group: Other
改定 1.32018年7月18日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: em_image_scans / em_single_particle_entity / em_software
Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5038
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5038
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
N: Kinesin-like protein Nod
A: Bovine Alpha Tubulin
B: Bovine Beta Tubulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,68210
ポリマ－138,3213
非ポリマー2,3627
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 NAB

#1: タンパク質 Kinesin-like protein Nod


分子量: 38305.562 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic core domain (Residues 1-318) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG1763, nod, NODA / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)RIL / 参照: UniProt: P18105
#2: タンパク質 Bovine Alpha Tubulin


分子量: 50107.238 Da / 分子数: 1 / 断片: Alpha Tubulin Subunit / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947*PLUS
#3: タンパク質 Bovine Beta Tubulin


分子量: 49907.770 Da / 分子数: 1 / 断片: Beta Tubulin Subunit / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856*PLUS

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非ポリマー , 6種, 7分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-TA1 / TAXOL / パクリタキセル


分子量: 853.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H51NO14 / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM

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詳細

配列の詳細SEQUENCES OF TUBULIN A AND B (CHAINS A AND B) IN THE SAMPLE WERE DERIVED FROM COW, WHILE THE MODELS ...SEQUENCES OF TUBULIN A AND B (CHAINS A AND B) IN THE SAMPLE WERE DERIVED FROM COW, WHILE THE MODELS USED FOR FITTING THE MAP WERE FROM PIG.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法 / 使用した結晶の数: 1
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Nucleotide-Free NOD (3DC4)Complexed to Microtubule / タイプ: COMPLEX
緩衝液pH: 6.9
詳細: 10 mM PIPES [pH 6.9], 1 mM EGTA, 2 mM MgCl2, 1 mM DTT, 5% sucrose
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
結晶
ID
1
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771ハンギングドロップ法6.50.1 MES, 15% PEG 20000, Se-MET Derivative, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K
2772ハンギングドロップ法6.50.1 MES, 15% PEG 20000, NATIVE PROTEIN, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 4000EX
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 400 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 16 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X6A10.9790, 0.9796, 0.9184
シンクロトロンNSLS X6A20.9791
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC1CCD2007年4月7日TOROIDAL FOCUSING MIRROR
ADSC2CCD2007年7月12日TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射
IDモノクロメータープロトコルWavelength-ID
1SI(111) CHANNEL CUTMAD1
2SI(111) CHANNEL CUTSINGLE WAVELENGTH1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.97961
30.91841
40.97911
反射Biso Wilson estimate: 16.7 Å2

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1.2 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Situsモデルフィッティング
2SPIDER３次元再構成
3次元再構成手法: Helical 3D reconstruction / 解像度: 11 Å / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
13DC4

3dc4

13DC41PDBexperimental model
21JFF

1jff

11JFF2PDBexperimental model
精密化解像度: 11→19.05 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1629446.125 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1320 4.9 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs-27088 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.77 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.81 Å20 Å20 Å2
2---7 Å20 Å2
3---4.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 11→19.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8825 0 152 0 8977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
ELECTRON MICROSCOPYc_bond_d0.006
ELECTRON MICROSCOPYc_angle_deg1.6
ELECTRON MICROSCOPYc_dihedral_angle_d23.8
ELECTRON MICROSCOPYc_improper_angle_d2.27
ELECTRON MICROSCOPYc_mcbond_it
ELECTRON MICROSCOPYc_mcangle_it
ELECTRON MICROSCOPYc_scbond_it
ELECTRON MICROSCOPYc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
ELECTRON MICROSCOPY1protein_rep.paramprotein.top
ELECTRON MICROSCOPY2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
ELECTRON MICROSCOPY3water_rep.paramwater.top
ELECTRON MICROSCOPY4ion.paramion.top
ELECTRON MICROSCOPY5adp_cns_jcc.paradp_cns_jcc.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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