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- PDB-3dcg: Crystal Structure of the HIV Vif BC-box in Complex with Human Elo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dcg
タイトルCrystal Structure of the HIV Vif BC-box in Complex with Human ElonginB and ElonginC
要素
  • Transcription elongation factor B polypeptide 1
  • Transcription elongation factor B polypeptide 2
  • Virion infectivity factor
キーワードLIGASE/VIRAL PROTEIN / HIV / Vif / AIDS / Host-virus interaction / Membrane / Phosphoprotein / RNA-binding / Ubl conjugation pathway / Virion / Nucleus / Transcription / Transcription regulation / LIGASE-VIRAL PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


target-directed miRNA degradation / VCB complex / elongin complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript ...target-directed miRNA degradation / VCB complex / elongin complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / viral life cycle / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription corepressor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / virion component / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / host cell cytoplasm / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / host cell plasma membrane / RNA binding / nucleoplasm / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Elongin-C / Elongin B / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family ...Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Elongin-C / Elongin B / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Virion infectivity factor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Stanley, B.J. / Ehrlich, E.S. / Short, L. / Yu, Y. / Xiao, Z. / Yu, X.-F. / Xiong, Y.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2008
タイトル: Structural insight into the human immunodeficiency virus Vif SOCS box and its role in human E3 ubiquitin ligase assembly
著者: Stanley, B.J. / Ehrlich, E.S. / Short, L. / Yu, Y. / Xiao, Z. / Yu, X.-F. / Xiong, Y.
履歴
登録2008年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription elongation factor B polypeptide 2
B: Transcription elongation factor B polypeptide 1
C: Transcription elongation factor B polypeptide 2
D: Transcription elongation factor B polypeptide 1
E: Virion infectivity factor
F: Virion infectivity factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1416
ポリマ－57,1416
非ポリマー00
水2,702150
1
A: Transcription elongation factor B polypeptide 2
B: Transcription elongation factor B polypeptide 1
F: Virion infectivity factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5713
ポリマ－28,5713
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10170 Å2
手法PISA
2
C: Transcription elongation factor B polypeptide 2
D: Transcription elongation factor B polypeptide 1
E: Virion infectivity factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5713
ポリマ－28,5713
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area10350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.514, 66.913, 122.642
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D
13E
23F

NCSドメイン領域:

Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETARGARGAA1 - 801 - 80
211METMETARGARGCC1 - 801 - 80
121PHEPHEGLUGLUAA85 - 9885 - 98
221PHEPHEGLUGLUCC85 - 9885 - 98
112METMETLEULEUBB17 - 462 - 31
212METMETLEULEUDD17 - 462 - 31
122GLUGLUTYRTYRBB59 - 8344 - 68
222GLUGLUTYRTYRDD59 - 8344 - 68
132GLUGLUCYSCYSBB89 - 11274 - 97
232GLUGLUCYSCYSDD89 - 11274 - 97
142LEULEUASNASNBB46 - 5831 - 43
242SERSERASNASNDD47 - 5832 - 43
113ASNASNLYSLYSEE140 - 1553 - 18
213ASNASNLYSLYSFF140 - 1553 - 18

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Transcription elongation factor B polypeptide 2 / ElonginB / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Elongin-B / EloB / ...ElonginB / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ElonginB / プラスミド: pACYCDUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質 Transcription elongation factor B polypeptide 1 / ElonginC / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Elongin-C / EloC / ...ElonginC / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 17-112 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ElonginC / プラスミド: pACYCDUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質・ペプチド Virion infectivity factor / Vif / SOR protein / Virion infectivity factor p17 / Virion infectivity factor p7


分子量: 4448.283 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 139-176 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (NEW YORK-5 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: HXB3 / 遺伝子: Virion Infectivity Factor / プラスミド: pETDUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P12504
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.29 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Tris HCl pH 7.0, 40% PEG 350 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月30日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.37 Å / Num. obs: 18219 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1762 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1vcb

1vcb


解像度: 2.4→29.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 14.777 / SU ML: 0.172 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.414 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23228 895 4.9 %RANDOM
Rwork0.18603 ---
obs0.18826 17246 98.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.623 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20 Å2
2--0.74 Å20 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3154 0 0 150 3304
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223211
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1321.9894331
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9035388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.84923.824136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.1315579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1821520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.21386
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.22159
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2130.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.942046
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.55663229
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.04861283
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.48591102
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A747LOOSE POSITIONAL0.375
1A747LOOSE THERMAL2.110
2B647LOOSE POSITIONAL0.425
2B647LOOSE THERMAL1.5810
3E119LOOSE POSITIONAL0.585
3E119LOOSE THERMAL1.3310
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 65 -
Rwork0.192 1216 -
obs--96.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.35270.2471-0.52682.8224-1.16865.8068-0.02080.0490.0357-0.0717-0.0102-0.1326-0.02970.30980.031-0.1976-0.0117-0.0055-0.12480.0133-0.072523.3977.0642.059
23.7510.0055-1.21643.8927-0.68446.0630.0395-0.15650.08210.2402-0.1023-0.10460.01410.30210.0628-0.14720.0004-0.0341-0.03320.0266-0.154521.0622.28521.962
33.12630.7147-1.91472.0978-0.85024.9249-0.1841-0.1041-0.30530.0109-0.05060.00540.71210.08570.23470.0001-0.0290.0299-0.1252-0.0051-0.023614.704-10.8660.2
43.1242-0.2621-0.27683.7505-0.78456.8736-0.12670.1471-0.1258-0.10940.09490.1460.4068-0.19490.0319-0.055-0.02370.0154-0.0712-0.0557-0.136315.656-5.614-19.922
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 981 - 98
2X-RAY DIFFRACTION2BB17 - 1122 - 97
3X-RAY DIFFRACTION2FF140 - 1553 - 18
4X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 981 - 98
5X-RAY DIFFRACTION4DD17 - 1122 - 97
6X-RAY DIFFRACTION4EE140 - 1563 - 19

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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