[日本語] English
万見
- PDB-3dca: Crystal structure of the RPA0582- protein of unknown function fro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dca
タイトルCrystal structure of the RPA0582- protein of unknown function from Rhodopseudomonas palustris- a structural genomics target
要素RPA0582
キーワードstructural genomics / unknown function / Alpha-beta-barrel / SAD / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性Domain of unknown function DUF1330 / Domain of unknown function (DUF1330) / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / DUF1330 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Sledz, P. / Wang, S. / Chruszcz, M. / Yim, V. / Kudritska, M. / Evdokimova, E. / Turk, D. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. ...Sledz, P. / Wang, S. / Chruszcz, M. / Yim, V. / Kudritska, M. / Evdokimova, E. / Turk, D. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the RPA0582- protein of unknown function from Rhodopseudomonas palustris- a structural genomics target
著者: Sledz, P. / Wang, S. / Chruszcz, M. / Yim, V. / Kudritska, M. / Evdokimova, E. / Turk, D. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Minor, W.
履歴
登録2008年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RPA0582
B: RPA0582
C: RPA0582
D: RPA0582
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,65610
ポリマ－65,0804
非ポリマー5766
水00
1
A: RPA0582
B: RPA0582
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8285
ポリマ－32,5402
非ポリマー2883
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area12660 Å2
手法PISA
2
C: RPA0582
D: RPA0582
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8285
ポリマ－32,5402
非ポリマー2883
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area12760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.495, 193.495, 118.848
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-143-

SO4

21A-143-

SO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 2 - 133 / Label seq-ID: 2 - 133

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
RPA0582


分子量: 16269.880 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
遺伝子: RPA0582 / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RP / 参照: UniProt: Q6NC90
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M NA CACODILATE PH6.5, 30%PEG8K, , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月10日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979181
20.9791
反射解像度: 3.35→36.59 Å / Num. all: 22256 / Num. obs: 22256 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 98.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 13.716
反射 シェル解像度: 3.35→3.47 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 2257 / Rsym value: 0.426 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SHELXD位相決定
MAINモデル構築
REFMAC5.5.0017精密化
HKL-3000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
直接法位相決定
MAIN位相決定
MAIN精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.35→36.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.615 / ESU R Free: 0.437 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 1133 5.1 %RANDOM
Rwork0.273 ---
all0.274 22147 --
obs0.274 22147 92.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.06 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→36.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3864 0 30 0 3894
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0213996
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6851.9515466
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.2536277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6955512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.40621.687166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.87115512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5791536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.02872
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1525 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional / Weight position: 0.05

Auth asym-IDRms dev position (Å)
A0.05
B0.07
C0.05
D0.06
LS精密化 シェル解像度: 3.35→3.44 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 76 -
Rwork0.325 1558 -
obs-2257 93.21 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る