PDB-3dc8: Crystal structure of dihydropyrimidinase from Sinorhizobium meliloti

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dc8

タイトル

Crystal structure of dihydropyrimidinase from Sinorhizobium meliloti

要素

Dihydropyrimidinase

キーワード

HYDROLASE / TIM-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydropyrimidinase / dihydropyrimidinase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sinorhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Martinez-Rodriguez, S.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of dihydropyrimidinase from Sinorhizobium meliloti CECT4114: new features in an amidohydrolase family member
著者: Martinez-Rodriguez, S. / Martinez-Gomez, A.I. / Clemente-Jimenez, J.M. / Rodriguez-Vico, F. / Garcia-Ruiz, J.M. / Las Heras-Vazquez, F.J. / Gavira, J.A.

履歴

登録	2008年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年8月10日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

Remark 700

SHEET Determination method: Author determined

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dc8.cif.gz	231 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dc8.ent.gz	181 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dc8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3dc8_validation.pdf.gz	470.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dc8_full_validation.pdf.gz	475.5 KB	表示
XML形式データ	3dc8_validation.xml.gz	49 KB	表示
CIF形式データ	3dc8_validation.cif.gz	77.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/3dc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/3dc8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1k1dS 1kcxS 1ynyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4tqt-1 6i33-d 4lcs-1 4tqt-2 5jc3-d 6jvb-1 6i35-1 4lcr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Dihydropyrimidinase

B: Dihydropyrimidinase

ヘテロ分子

108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dihydropyrimidinase

B: Dihydropyrimidinase

ヘテロ分子

A: Dihydropyrimidinase

B: Dihydropyrimidinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
216 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.887, 126.281, 196.104
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1204- HOH

#1: タンパク質	Dihydropyrimidinase 分子量: 53540.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: CECT4114 / 遺伝子: dhp / プラスミド: pBSK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q0PQZ5, dihydropyrimidinase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: counter-diffusion / pH: 4.6 詳細: 4.0M sodium formate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, COUNTER-DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月31日 / 詳細: Montel mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→39.89 Å / Num. obs: 129593 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.47 % / B_iso Wilson estimate: 14 Å² / R_sym value: 0.0662 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 1.83 % / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / Num. unique all: 8930 / R_sym value: 0.311 / % possible all: 89.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	39.89 Å
Translation	3 Å	39.89 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SAINT		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
SAINT		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YNY, 1KCX, 1K1D

1yny

1kcx

1k1d

解像度: 1.85→29.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 3.398 / SU ML: 0.055 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The structure was refined also with COOT 0.2 and MolProbity

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.176	6524	5 %	RANDOM
R_work	0.148	-	-	-
obs	0.149	129519	98.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 5.383 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7313	0	36	1338	8687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.022	7588
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.644	1.946	10312
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.332	3	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.5	5	984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.226	23.799	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.217	15	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.585	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.146	0.2	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5776
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	3856
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.135	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	5214
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.056	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.187	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.918	1.5	4973
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.168	2	7715
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.021	3	3046
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.835	4.5	2582

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	419	-
R_work	0.203	8073	-
all	-	8492	-
obs	-	-	88.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4189	-0.2717	-0.6042	1.8312	-0.4899	1.3888	-0.1987	0.3744	0.0706	-0.4199	0.0521	0.2142	-0.1066	-0.0887	0.1467	-0.0603	-0.0477	0.0006	-0.0156	0.0057	-0.1311	-33.335	-9.358	-40.951
2	5.8869	9.6521	-2.421	20.5239	-4.5063	5.5912	-0.1688	0.4235	-0.4185	-0.1115	-0.0523	-0.9062	0.3339	0.0707	0.2211	-0.0823	-0.024	0.0161	-0.0194	-0.0527	-0.1	-28.913	-17.173	-43.252
3	1.1978	0.3549	-0.2436	1.9279	-1.1871	2.0931	-0.0312	0.2869	0.0464	-0.3614	0.0361	0.1292	0.2123	-0.1449	-0.0049	-0.0799	-0.0319	-0.023	-0.0499	-0.0451	-0.1018	-37.843	-14.848	-34.366
4	0.6304	-0.1615	0.2392	1.4574	-2.8606	8.8852	0.0392	0.0333	-0.0481	-0.0188	-0.0164	0.0691	0.3829	0.1762	-0.0228	-0.0871	-0.0579	0.0121	-0.0995	-0.0337	-0.0571	-42.861	-31.658	-15.642
5	4.6692	-1.8379	1.7784	1.3248	-0.013	1.4622	0.0339	-0.2457	-0.4109	0.1266	0.1498	0.2242	0.3372	-0.3036	-0.1837	-0.0574	-0.0778	0.011	-0.0763	-0.0127	-0.0692	-34.911	-28.954	-19.125
6	4.4155	-1.6634	3.197	0.877	-0.443	4.6303	0.0652	0.0327	-0.4816	0.059	0.0315	0.2407	0.452	-0.1475	-0.0967	-0.0358	-0.0579	0.0338	-0.0967	-0.0393	-0.032	-33.187	-34.461	-22.199
7	1.8541	-1.0906	1.9035	6.5514	-0.2201	2.7125	-0.1077	-0.0592	-0.3665	0.7028	0.0224	-0.1377	0.595	0.198	0.0852	0.0142	-0.0075	-0.0052	-0.1344	-0.0334	-0.0185	-19.01	-36.074	-12.346
8	0.9036	-0.1242	-0.5501	1.1611	0.6962	2.2284	-0.0146	-0.011	-0.1168	0.1468	-0.0232	0.0298	0.2622	-0.1062	0.0378	-0.0824	-0.0151	0.0098	-0.1472	-0.0196	-0.079	-23.099	-27.321	-7.52
9	6.2	1.118	1.4388	0.4687	-0.2502	1.3061	0.0251	-0.2893	0.0002	0.1656	-0.0435	0.0013	0.04	-0.1877	0.0184	-0.0568	-0.0536	0.0133	-0.0784	-0.0243	-0.1037	-41.515	-22.826	8.244
10	10.3546	0.4294	-3.6658	0.3578	-0.1199	1.9462	-0.0656	-0.026	0.1676	0.0211	0.0407	0.1049	0.0411	-0.1556	0.0249	-0.0875	-0.0251	-0.0144	-0.1113	-0.0076	-0.1304	-33.121	-16.011	2.578
11	3.2336	-1.82	-0.2355	1.6625	0.4806	1.6426	0.0021	-0.0245	0.0599	0.0918	-0.0053	-0.039	0.0321	-0.0091	0.0032	-0.1167	-0.0293	0.0036	-0.171	-0.0018	-0.1182	-23.5	-16.442	-5.97
12	17.034	3.1044	1.5748	8.0235	0.2069	0.5749	-0.3438	-0.5899	0.9049	0.1465	0.1023	0.0596	-0.4537	-0.1731	0.2416	-0.1089	0.021	-0.0472	-0.1203	-0.0394	-0.1207	-24.281	-7.389	-4.846
13	1.8294	0.8612	-0.5567	0.9896	-0.2136	0.6879	-0.0295	-0.0515	0.0603	0.0241	0.0163	0.0772	0.0074	-0.1054	0.0132	-0.1174	-0.0104	-0.0044	-0.1049	-0.0142	-0.113	-39.1	-12.74	-8.425
14	3.2305	2.0214	1.895	1.761	2.6631	10.8902	0.0776	-0.089	-0.2454	0.199	-0.0213	0.0326	0.5439	-0.1688	-0.0563	-0.0931	-0.0513	0.0283	-0.129	-0.0146	-0.0609	-50.538	-29.064	-2.803
15	0.3776	0.0984	-0.0774	0.5048	-0.2078	0.5737	-0.0119	0.1032	-0.0143	-0.0454	0.0028	0.0754	0.0404	-0.1299	0.0091	-0.1276	-0.0319	-0.0061	-0.092	-0.0219	-0.1194	-35.09	-12.611	-24.921
16	12.8395	8.5197	-13.1895	6.5987	-13.0013	32.6478	-0.1815	0.7984	0.3516	-0.2566	0.8542	0.4943	0.4654	-1.1813	-0.6727	-0.1042	0.002	-0.0237	-0.0116	0.0179	-0.0458	-51.171	-8.219	-27.458
17	0.2999	0.0021	-0.6497	0.8815	-0.1391	1.465	-0.0197	0.145	-0.0063	-0.0256	0.0134	0.1427	0.0092	-0.2317	0.0063	-0.1226	-0.041	-0.0297	0.0022	-0.0101	-0.0834	-48.226	-17.42	-25.198
18	10.3664	-1.1016	3.5242	2.7697	0.0758	2.6381	0.0889	0.5117	-0.0421	-0.239	-0.0806	0.1833	0.0933	-0.1008	-0.0084	-0.0304	-0.0756	0.0232	-0.0359	-0.0157	-0.1462	-39.332	-26.077	-32.47
19	9.0678	4.6673	6.2377	3.8777	2.441	6.7429	-0.1582	0.103	-0.2525	-0.0082	0.1416	-0.2053	0.0216	0.2192	0.0166	-0.1187	0.0023	0.0442	-0.1214	-0.0146	-0.1146	-8.995	-17.671	-16.062
20	4.8285	-4.0456	4.6127	6.2827	-4.6901	7.5566	0.0334	0.3726	0.2128	-0.1935	-0.1333	-0.3723	0.2665	0.413	0.0999	-0.1003	0.071	-0.0168	0.0188	-0.0699	-0.0759	10.466	-22.237	5.737
21	2.2152	0.3342	-1.8438	0.3085	-0.4814	5.1603	-0.1119	0.1089	-0.1443	-0.1744	-0.0082	0.0018	0.2657	0.0093	0.1201	-0.0861	-0.0205	0.0223	-0.1134	-0.0201	-0.1282	-11.153	-10.848	-39.27
22	3.4285	5.3002	-0.6465	26.7206	-3.3961	3.4125	0.0749	0.3614	-0.228	-0.7624	-0.2621	0.0022	0.2361	-0.0691	0.1872	-0.0775	-0.0212	0.009	-0.0553	-0.0343	-0.1429	-14.483	-7.386	-46.56
23	0.5867	0.0407	-0.2679	1.9793	1.2681	1.8099	-0.0007	0.053	0.003	-0.214	-0.0395	-0.0268	-0.0968	0.0636	0.0402	-0.1167	-0.0079	0.0228	-0.1065	0.0184	-0.1403	-6.375	-0.815	-36.19
24	2.6548	0.5026	-0.8905	4.6688	0.5718	5.9343	0.055	-0.3132	0.4776	0.4178	-0.0414	-0.0412	-0.9578	-0.2151	-0.0136	0.1319	-0.025	-0.0158	-0.017	-0.006	0.0252	-2.185	22.385	-27.448
25	3.4147	-1.4129	-0.7299	2.9366	0.7748	0.7485	-0.0191	-0.0675	0.1558	0.0319	0.0492	-0.0505	-0.1498	0.066	-0.0301	-0.1016	-0.0211	0.0158	-0.1024	0.0057	-0.1444	-6.253	10.508	-32.004
26	36.7344	-1.9508	14.6026	7.6997	-6.5712	22.4337	-1.5245	-0.528	1.4344	1.143	0.3328	-1.0497	-3.1809	0.233	1.1917	0.4011	-0.0582	-0.1199	-0.082	0.0043	0.0278	-16.342	30.425	-26.435
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30	4.0211	1.1663	-0.0638	1.3913	0.0932	0.0129	0.0309	-0.1557	0.1203	0.0813	-0.0205	-0.0252	-0.0898	0.0635	-0.0103	-0.0679	-0.0295	0.015	-0.099	-0.023	-0.1264	-6.226	21.54	-3.307
31	2.8902	-0.7724	0.2515	1.3912	-0.4534	1.3953	-0.0657	-0.1425	-0.0174	0.0713	0.0434	0.07	-0.0124	-0.0081	0.0223	-0.1125	-0.0036	0.0193	-0.1579	-0.013	-0.1368	-21.365	10.14	-11.026
32	1.6497	1.0929	0.1427	1.4588	-0.0028	0.5788	0.02	-0.1283	-0.008	0.0041	-0.0062	-0.0805	-0.0439	0.0394	-0.0138	-0.0981	-0.0153	0.023	-0.134	-0.0184	-0.1405	-5.186	9.094	-12.194
33	2.0199	0.7978	0.3171	0.6567	0.7111	1.2504	-0.0596	-0.0656	0.0223	-0.0024	0.0296	-0.0517	-0.0192	0.1338	0.03	-0.1316	0.0005	0.0119	-0.1288	-0.0067	-0.1056	-6.953	6.473	-13.914
34	9.9376	2.8257	1.2163	7.7137	7.9361	12.9559	-0.5414	0.5229	0.1611	-0.6412	0.4743	0.0164	-0.4193	0.1265	0.0671	-0.0491	-0.112	-0.0111	-0.0854	0.0081	-0.1273	6.343	22.203	-20.5
35	4.2511	1.1889	-3.7487	3.0937	0.8195	7.8975	0.145	0.1276	0.3638	-0.2507	0.0587	0.1754	-0.4525	-0.2074	-0.2037	-0.0898	-0.0492	0.01	-0.111	0.0172	-0.0593	3.274	25.815	-12.607
36	0.5288	-0.0045	0.0459	0.7127	0.0112	0.8512	0.0203	0.0417	0.0253	-0.0335	-0.0178	-0.029	-0.0338	0.0886	-0.0025	-0.1292	-0.0203	0.019	-0.1212	-0.0112	-0.1421	-10.365	-0.932	-28.324
37	31.3444	29.8635	13.5284	31.0718	16.5161	10.8611	-0.3255	0.4074	-0.1822	-0.1511	0.5944	-0.5527	-0.0425	0.3844	-0.2689	-0.1115	0.0063	0.0307	-0.068	-0.0179	-0.1036	5.33	-6.975	-29.077
38	0.3805	0.224	0.3346	1.0533	0.4292	1.2887	0.0347	0.0941	0.0409	-0.0213	0.0497	-0.1205	-0.054	0.2535	-0.0844	-0.1002	-0.0232	0.0313	-0.0588	-0.0254	-0.0924	3.586	3.989	-30.295
39	4.1056	0.0075	-1.894	0.4026	-0.2593	1.4809	0.0755	0.352	0.0486	-0.1096	-0.0147	-0.043	-0.0776	-0.1262	-0.0608	-0.0414	-0.036	-0.0107	-0.1102	-0.0225	-0.1051	-17.07	9.697	-35.051
40	30.6477	-16.0537	-27.2687	10.501	16.0889	25.8201	-0.0303	0.7913	-0.2525	-0.3662	-0.5334	0.4079	-0.2319	-1.1078	0.5637	-0.0745	0.0112	-0.0162	-0.0415	-0.0688	0.0661	-47.944	12.266	-12.073

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 24	2 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	25 - 31	25 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	32 - 60	32 - 60
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	61 - 76	61 - 76
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	77 - 99	77 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	100 - 121	100 - 121
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	122 - 140	122 - 140
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	141 - 182	141 - 182
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	183 - 206	183 - 206
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	207 - 219	207 - 219
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	220 - 242	220 - 242
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	243 - 249	243 - 249
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	250 - 316	250 - 316
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	317 - 331	317 - 331
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	332 - 394	332 - 394
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	395 - 401	395 - 401
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	402 - 434	402 - 434
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	A	435 - 452	435 - 452
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	A	453 - 470	453 - 470
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	A	471 - 484	471 - 484
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	B	2 - 23	2 - 23
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	B	24 - 34	24 - 34
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	B	35 - 60	35 - 60
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	B	61 - 74	61 - 74
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	B	75 - 91	75 - 91
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	B	92 - 99	92 - 99
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	B	100 - 111	100 - 111
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	B	112 - 140	112 - 140
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	B	141 - 182	141 - 182
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	B	183 - 217	183 - 217
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	B	218 - 249	218 - 249
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	B	250 - 281	250 - 281
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	B	282 - 316	282 - 316
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	B	317 - 322	317 - 322
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	B	323 - 334	323 - 334
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	B	335 - 394	335 - 394
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	B	395 - 399	395 - 399
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	B	400 - 436	400 - 436
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	B	437 - 464	437 - 464
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	B	465 - 477	465 - 477

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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