PDB-3dc2: Crystal structure of serine bound D-3-phosphoglycerate dehydrogen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dc2

タイトル

Crystal structure of serine bound D-3-phosphoglycerate dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis

要素

D-3-phosphoglycerate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PHOSPHOGLYCERATE DEHYDROGENASE / SERINE BIOSYNTHESIS / Amino-acid biosynthesis / NAD

機能・相同性

機能・相同性情報

2-oxoglutarate reductase / phosphoglycerate dehydrogenase / phosphoglycerate dehydrogenase activity / L-serine biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / NAD binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Dey, S. / Sacchettini, J.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of substrate and effector binding in Mycobacterium tuberculosis D-3-phosphoglycerate dehydrogenase
著者: Dey, S. / Burton, R.L. / Grant, G.A. / Sacchettini, J.C.

履歴

登録	2008年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dc2.cif.gz	200.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dc2.ent.gz	162.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dc2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/3dc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/3dc2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ddnC 1ygyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ddn-1 1ygy-1 30464 4534 4rqq-d 30463 4v0j-d 6c23-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (3) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (3) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase

B: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase

B: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase

B: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
220 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	165.192, 165.192, 218.894
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	D-3-phosphoglycerate dehydrogenase / PGDH 分子量: 54705.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: serA1 / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P0A544, UniProt: P9WNX3*PLUS, phosphoglycerate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-SER / SERINE / セリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₃
#3: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.78 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: sodium-potassium tartrate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→46.57 Å / Num. obs: 48518 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 20.8 % / R_merge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 19.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 19.5 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
XFIT		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YGY

1ygy

解像度: 2.7→46.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 27.074 / SU ML: 0.254 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.44 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26324	2452	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22227	-	-	-
obs	0.22433	46059	99.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.598 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.8 Å²	2.9 Å²	0 Å²
2-	-	5.8 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7640	0	44	77	7761

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	7786
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.765	1.982	10635
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg		5	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg		24.305	295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg		15	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg		15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr		0.2	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined		0.02	5824
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined		0.3	3788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined		0.5	5411
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined		0.5	566
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined		0.3	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined		0.5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it		5	5287
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it		7	8339
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it		9	2676
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it		11	2296

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.458	184	-
R_work	0.364	3327	-
obs	-	-	99.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.379	-2.1346	0.7507	6.3221	0.7182	7.8262	-0.0997	-0.384	0.2164	0.493	0.026	-0.1511	0.1347	0.2804	0.0736	0.0886	0.2158	-0.0657	-0.143	0.0117	-0.013	46.4453	39.6158	25.9418
2	2.0527	0.2648	-0.1584	3.3743	1.4482	4.1223	0.0498	-0.2259	-0.1076	0.3536	-0.1827	0.3773	0.9309	-0.8471	0.133	-0.1775	0.002	-0.0423	-0.0636	-0.0326	-0.1516	20.0127	50.287	7.4953
3	4.1134	0.8853	2.6908	1.9386	1.9697	10.1086	0.0962	-0.2043	-0.0641	0.2004	-0.2348	0.034	0.5858	-0.2057	0.1386	-0.391	0.0865	0.0487	-0.2524	-0.0705	-0.1568	36.236	66.4711	36.6028
4	8.2527	-3.1864	-1.6578	6.9286	2.2737	8.3759	0.2323	0.7553	0.0842	-0.5791	-0.1088	0.0322	-0.3732	-0.5456	-0.1235	-0.3335	-0.0284	0.0632	0.4291	-0.0629	0.0946	13.5527	69.2318	40.7602
5	7.0032	0.1589	-0.1526	1.8687	-1.2496	8.6744	0.0483	1.1811	-0.426	-0.4007	0.2438	0.3068	0.5888	-0.6442	-0.2921	-0.2462	0.0356	-0.0934	0.2462	-0.0567	0.0313	8.9619	52.9519	-28.8249
6	1.7108	0.743	-0.2692	3.0342	-0.5774	4.1211	-0.0801	0.094	-0.3576	-0.3358	0.0706	-0.0991	1.2049	-0.0774	0.0094	0.0289	0.2093	-0.0596	-0.2687	-0.0607	-0.1429	33.4014	41.5671	-10.0189
7	3.7293	-1.0439	0.9833	4.9652	0.2772	5.763	-0.2114	0.0196	0.4181	-0.6662	0.0505	0.2252	-0.661	-0.4423	0.1609	-0.0075	0.146	-0.1672	-0.1122	-0.0408	-0.03	30.415	75.7257	-30.4635
8	3.2777	-1.3408	2.1387	8.9997	-0.6782	6.6792	0.276	0.7279	-0.165	-0.6168	-0.1421	-0.2919	-0.0384	0.3366	-0.1339	0.156	0.307	-0.0463	-0.1137	-0.0578	0.1353	25.0114	95.7837	-21.763

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 99	4 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	283 - 319	283 - 319
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	100 - 282	100 - 282
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	320 - 454	320 - 454
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	455 - 529	455 - 529
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	4 - 99	4 - 99
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	283 - 319	283 - 319
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	100 - 282	100 - 282
9	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	320 - 454	320 - 454
10	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	455 - 529	455 - 529

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