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- PDB-3dc0: Crystal structure of native alpha-amylase from Bacillus sp. KR-8104 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dc0
タイトルCrystal structure of native alpha-amylase from Bacillus sp. KR-8104
要素alpha-amylase
キーワードHYDROLASE / native alpha-amylase
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Starch-binding module 26 / Starch-binding module 26 / Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain ...Starch-binding module 26 / Starch-binding module 26 / Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus sp. KR8104 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Alikhajeh, J. / Khajeh, K. / Ranjbar, B. / Naderi-Manesh, M. / Naderi-Manesh, H. / Chen, C.J.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of native alpha-amylase from Bacillus sp. KR-8104.
著者: Alikhajeh, J. / Khajeh, K. / Ranjbar, B. / Naderi-Manesh, M. / Naderi-Manesh, H. / Chen, C.J.
履歴
登録2008年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年8月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7614
ポリマ－46,6411
非ポリマー1203
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.176, 163.141, 73.989
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 alpha-amylase


分子量: 46640.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus sp. KR8104 (バクテリア)
プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B3GQD0, alpha-amylase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% PEG 8000, 100mM Imidazole, 200mM Ca(OAC)2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月28日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: neutron
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.78→30 Å / Num. all: 21308 / Num. obs: 20572 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル解像度: 2.78→2.89 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 20572 / Rsym value: 0.115 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化開始モデル: 1ua7

1ua7


解像度: 2.78→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2332 2002 9.4 %random
Rwork0.1956 ---
all-21308 --
obs-20572 96.5 %-
溶媒の処理Bsol: 16.382 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 22.142 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.862 Å20 Å20 Å2
2--4.336 Å20 Å2
3----10.198 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3290 0 3 142 3435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.21
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeRfactor RworkRefine-IDRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.78-2.890.4160.346X-RAY DIFFRACTION0.992388100
5.76-300.0550.05X-RAY DIFFRACTION1.009257499.8
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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