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万見
- PDB-3dby: Crystal structure of uncharacterized protein from Bacillus cereus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dby
タイトルCrystal structure of uncharacterized protein from Bacillus cereus G9241 (CSAP Target)
要素uncharacterized protein
キーワードstructural genomics / unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性Protein of unknown function DUF2935 / Ferritin / Up-down Bundle / Mainly Alpha / : / :
機能・相同性情報
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Bonanno, J.B. / Ozyurt, S. / Freeman, J. / Wasserman, S. / Hu, S. / Groshong, C. / Rodgers, L. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein from Bacillus cereus G9241
著者: Ramagopal, U.A. / Bonanno, J.B. / Ozyurt, S. / Freeman, J. / Wasserman, S. / Hu, S. / Groshong, C. / Rodgers, L. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2008年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein
B: uncharacterized protein
C: uncharacterized protein
D: uncharacterized protein
E: uncharacterized protein
F: uncharacterized protein
G: uncharacterized protein
H: uncharacterized protein
I: uncharacterized protein
J: uncharacterized protein
K: uncharacterized protein
L: uncharacterized protein
M: uncharacterized protein
N: uncharacterized protein
O: uncharacterized protein
P: uncharacterized protein
Q: uncharacterized protein
R: uncharacterized protein
S: uncharacterized protein
T: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)630,72062
ポリマ－628,36220
非ポリマー2,35842
水37,3452073
1
Q: uncharacterized protein
R: uncharacterized protein
ヘテロ分子

Q: uncharacterized protein
R: uncharacterized protein
ヘテロ分子

Q: uncharacterized protein
R: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,36521
ポリマ－188,5096
非ポリマー85615
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area22540 Å2
ΔGint-257 kcal/mol
Surface area58760 Å2
手法PISA
2
E: uncharacterized protein
F: uncharacterized protein
ヘテロ分子

E: uncharacterized protein
F: uncharacterized protein
ヘテロ分子

E: uncharacterized protein
F: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,17918
ポリマ－188,5096
非ポリマー67012
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area21840 Å2
ΔGint-266 kcal/mol
Surface area57390 Å2
手法PISA
3
G: uncharacterized protein
H: uncharacterized protein
ヘテロ分子

G: uncharacterized protein
H: uncharacterized protein
ヘテロ分子

G: uncharacterized protein
H: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,17918
ポリマ－188,5096
非ポリマー67012
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area21720 Å2
ΔGint-270 kcal/mol
Surface area57250 Å2
手法PISA
4
K: uncharacterized protein
L: uncharacterized protein
ヘテロ分子

K: uncharacterized protein
L: uncharacterized protein
ヘテロ分子

K: uncharacterized protein
L: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,17918
ポリマ－188,5096
非ポリマー67012
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area21700 Å2
ΔGint-264 kcal/mol
Surface area55440 Å2
手法PISA
5
M: uncharacterized protein
N: uncharacterized protein
ヘテロ分子

M: uncharacterized protein
N: uncharacterized protein
ヘテロ分子

M: uncharacterized protein
N: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,17918
ポリマ－188,5096
非ポリマー67012
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area21650 Å2
ΔGint-266 kcal/mol
Surface area55740 Å2
手法PISA
6
A: uncharacterized protein
B: uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: uncharacterized protein
B: uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: uncharacterized protein
B: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,36521
ポリマ－188,5096
非ポリマー85615
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area22460 Å2
ΔGint-253 kcal/mol
Surface area57380 Å2
手法PISA
7
I: uncharacterized protein
J: uncharacterized protein
ヘテロ分子

I: uncharacterized protein
J: uncharacterized protein
ヘテロ分子

I: uncharacterized protein
J: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,17918
ポリマ－188,5096
非ポリマー67012
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area21780 Å2
ΔGint-268 kcal/mol
Surface area57210 Å2
手法PISA
8
C: uncharacterized protein
D: uncharacterized protein
ヘテロ分子

C: uncharacterized protein
D: uncharacterized protein
ヘテロ分子

C: uncharacterized protein
D: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,17918
ポリマ－188,5096
非ポリマー67012
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area21860 Å2
ΔGint-259 kcal/mol
Surface area59510 Å2
手法PISA
9
O: uncharacterized protein
P: uncharacterized protein
ヘテロ分子

O: uncharacterized protein
P: uncharacterized protein
ヘテロ分子

O: uncharacterized protein
P: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,17918
ポリマ－188,5096
非ポリマー67012
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area21570 Å2
ΔGint-267 kcal/mol
Surface area57120 Å2
手法PISA
10
S: uncharacterized protein
T: uncharacterized protein
ヘテロ分子

S: uncharacterized protein
T: uncharacterized protein
ヘテロ分子

S: uncharacterized protein
T: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,17918
ポリマ－188,5096
非ポリマー67012
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area21930 Å2
ΔGint-261 kcal/mol
Surface area57480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.808, 167.808, 582.661
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質
uncharacterized protein


分子量: 31418.086 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: G9241 / 遺伝子: BCE_G9241_0798 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4MWP8
#2: 化合物...
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2073 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 24% PEG 3350, 0.2M Lithium acetate, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 346752 / Num. obs: 346752 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rsym value: 0.093 / Χ2: 1.185 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 33933 / Rsym value: 0.645 / Χ2: 1.022 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.381 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: UNKNOWN METALS HAVE BEEN MODELED AS "FE" BASED ON METALLOPROTEIN XAS SCREENING RESULTS AND OBSERVED ANOMALOUS FOURIER PEAKS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 17434 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all0.201 ---
obs0.201 345745 96.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.665 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20.07 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数43085 0 48 2073 45206
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02244612
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.541.95260234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3255326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.74924.6492220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.138158296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.05615137
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.26584
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02133417
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7731.526348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.463242489
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.627318264
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2234.517701
LS精密化 シェル解像度: 2.098→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 1257 -
Rwork0.241 23324 -
all-24581 -
obs--92.42 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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