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万見
- PDB-3dbi: CRYSTAL STRUCTURE OF SUGAR-BINDING TRANSCRIPTIONAL REGULATOR (LAC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dbi
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF SUGAR-BINDING TRANSCRIPTIONAL REGULATOR (LACI FAMILY) FROM ESCHERICHIA COLI COMPLEXED WITH PHOSPHATE
要素SUGAR-BINDING TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, LACI FAMILY
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / STRUCTURAL GENOMICS / SUGAR-BINDING TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION / Repressor / Transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator ...LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / HTH-type transcriptional regulator AscG
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Ozyurt, S. / Freeman, J. / Wu, B. / Maletic, M. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Sugar-Binding Transcriptional Regulator (LacI Family) from Escherichia Coli Complexed with Phosphate.
著者: Patskovsky, Y. / Ozyurt, S. / Freeman, J. / Wu, B. / Maletic, M. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2008年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUGAR-BINDING TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, LACI FAMILY
B: SUGAR-BINDING TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, LACI FAMILY
C: SUGAR-BINDING TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, LACI FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,1007
ポリマ－112,7233
非ポリマー3774
水2,144119
1
A: SUGAR-BINDING TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, LACI FAMILY
C: SUGAR-BINDING TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, LACI FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4305
ポリマ－75,1482
非ポリマー2823
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area22520 Å2
手法PISA
2
B: SUGAR-BINDING TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, LACI FAMILY
ヘテロ分子

B: SUGAR-BINDING TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, LACI FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3384
ポリマ－75,1482
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area3750 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area22700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.468, 82.468, 341.448
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
12A
22B
32C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERVALVALAA60 - 26860 - 268
21LYSLYSVALVALBB59 - 26859 - 268
31SERSERVALVALCC60 - 26860 - 268
12GLYGLYSERSERAA276 - 337276 - 337
22GLYGLYPROPROBB276 - 336276 - 336
32GLYGLYPROPROCC276 - 336276 - 336

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細authors state that the biological assembly is likely a dimer.

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要素

#1: タンパク質 SUGAR-BINDING TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, LACI FAMILY / Cryptic asc operon repressor


分子量: 37574.227 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 遺伝子: LACI / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24242
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.72 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20% PEG3350 PH 7.0, 100MM DI-POTASSIU HYDROGEN PHOSPHATE, 10% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K, pH 5.00

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月30日
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 44638 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXD位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.45→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 9.261 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.361 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27042 1385 3.1 %RANDOM
Rwork0.23091 ---
obs0.23211 43118 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6414 0 21 119 6554
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0226629
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1931.9698976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2065850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.04523.937287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.268151174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6161546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21023
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024944
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1480.32773
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.54531
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.5424
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1390.391
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3240.513
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.41924300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.77836709
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3532589
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.76652258
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1928tight positional0.120.1
12B1928tight positional0.120.1
13C1928tight positional0.080.1
21A108tight positional0.080.1
22B108tight positional0.070.1
23C108tight positional0.080.1
11A1928tight thermal0.411.5
12B1928tight thermal0.461.5
13C1928tight thermal0.471.5
21A108tight thermal0.341.5
22B108tight thermal0.371.5
23C108tight thermal0.351.5
LS精密化 シェル解像度: 2.451→2.514 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 111 -
Rwork0.345 3095 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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