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- PDB-3dbg: Crystal structure of Cytochrome P450 170A1 (CYP170A1) from Strept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dbg
タイトルCrystal structure of Cytochrome P450 170A1 (CYP170A1) from Streptomyces coelicolor
要素Putative cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / Streptomyces / Cytochrome P450 oxidoreductase / CYP170A1 / molecular mechanism / Heme / Iron / Metal-binding / Monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


epi-isozizaene 5-monooxygenase / beta-farnesene synthase / sesquiterpene synthase activity / sesquiterpene biosynthetic process / ketone biosynthetic process / terpene synthase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / antibiotic biosynthetic process / monooxygenase activity / iron ion binding ...epi-isozizaene 5-monooxygenase / beta-farnesene synthase / sesquiterpene synthase activity / sesquiterpene biosynthetic process / ketone biosynthetic process / terpene synthase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / antibiotic biosynthetic process / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Bifunctional albaflavenone monooxygenase/terpene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhao, B. / Vassylyev, D.G. / Waterman, M.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of albaflavenone monooxygenase containing a moonlighting terpene synthase active site
著者: Zhao, B. / Lei, L. / Vassylyev, D.G. / Lin, X. / Cane, D.E. / Kelly, S.L. / Yuan, H. / Lamb, D.C. / Waterman, M.R.
履歴
登録2008年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cytochrome P450
B: Putative cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,9074
ポリマ－103,6742
非ポリマー1,2332
水6,575365
1
A: Putative cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4542
ポリマ－51,8371
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4542
ポリマ－51,8371
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.596, 103.596, 140.861
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Putative cytochrome P450


分子量: 51837.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9K498
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulphate, bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月7日
放射モノクロメーター: Si 220 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 25503 / % possible obs: 85.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 18.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1443 / Rsym value: 0.63 / % possible all: 73.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→40 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2303 1127 -RANDOM
Rwork0.2079 ---
obs0.2123 23874 90.5 %-
all-26381 --
原子変位パラメータBiso mean: 35.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.016 Å2-0.182 Å20 Å2
2--0.016 Å20 Å2
3----0.032 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5.2 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5888 0 86 365 6339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.011
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 146 -
Rwork0.272 --
obs-1355 76.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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