PDB-3db1: Crystal structure of the 2H-phosphatase domain of Sts-2 in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3db1

タイトル

Crystal structure of the 2H-phosphatase domain of Sts-2 in complex with phosphate

要素

STS-2 protein

キーワード

HYDROLASE / Sts-2 / 2H-phosphatase / PGM domain / phosphate / SH3 domain

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of T cell receptor signaling pathway / regulation of cytokine production / nuclear speck / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.77 Å

データ登録者

Nassar, N. / Chen, Y. / Carpino, N.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structural and functional characterization of the 2H-phosphatase domain of Sts-2 reveals an acid-dependent phosphatase activity.
著者: Chen, Y. / Jakoncic, J. / Carpino, N. / Nassar, N.

履歴

登録	2008年5月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3db1.cif.gz	215 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3db1.ent.gz	175.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3db1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/3db1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/3db1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d4iSC 3d6aC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d4i-1 3d6a-1 2h0q-1 5v4a-d 2h0q-2 1l4b-1 6pke-d 5w5g-2 5dj5-d 4kqj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (3) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (3)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (3)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: STS-2 protein

B: STS-2 protein

C: STS-2 protein

D: STS-2 protein

ヘテロ分子

123 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: STS-2 protein

C: STS-2 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: STS-2 protein

D: STS-2 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.081, 117.025, 121.666
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	CYS	CYS	A	A	358 - 382	9 - 33
2	1	ARG	ARG	CYS	CYS	B	B	358 - 382	9 - 33
3	1	ARG	ARG	CYS	CYS	C	C	358 - 382	9 - 33
4	1	ARG	ARG	CYS	CYS	D	D	358 - 382	9 - 33
1	2	LYS	LYS	SER	SER	A	A	388 - 404	39 - 55
2	2	LYS	LYS	SER	SER	B	B	388 - 404	39 - 55
3	2	LYS	LYS	SER	SER	C	C	388 - 404	39 - 55
4	2	LYS	LYS	SER	SER	D	D	388 - 404	39 - 55
1	3	LYS	LYS	LYS	LYS	A	A	408 - 479	59 - 130
2	3	LYS	LYS	LYS	LYS	B	B	408 - 479	59 - 130
3	3	LYS	LYS	LYS	LYS	C	C	408 - 479	59 - 130
4	3	LYS	LYS	LYS	LYS	D	D	408 - 479	59 - 130
1	4	LEU	LEU	ASN	ASN	A	A	490 - 591	141 - 242
2	4	LEU	LEU	ASN	ASN	B	B	490 - 591	141 - 242
3	4	LEU	LEU	ASN	ASN	C	C	490 - 591	141 - 242
4	4	LEU	LEU	ASN	ASN	D	D	490 - 591	141 - 242
1	5	LYS	LYS	ASN	ASN	A	A	596 - 616	247 - 267
2	5	LYS	LYS	ASN	ASN	B	B	596 - 616	247 - 267
3	5	LYS	LYS	ASN	ASN	C	C	596 - 616	247 - 267
4	5	LYS	LYS	ASN	ASN	D	D	596 - 616	247 - 267

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	STS-2 protein 分子量: 30716.334 Da / 分子数: 4 / 断片: PGM domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: T-cells / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ubash3a / プラスミド: pProEX-HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CodonPlus Bl21 / 参照: UniProt: Q8BX41, UniProt: Q3V3E1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG8000 (w/v), 0.2 M lithium sulfate, 5 to 20 mM strontium chloride, 0.1 M Tris-HCl. Soaked in 0.2 M Na/K phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月19日 / 詳細: monochromator
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.77→43.7 Å / Num. all: 28541 / Num. obs: 28141 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / R_sym value: 0.101 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 2.77→2.9 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / R_sym value: 0.617 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 3D4I

3d4i

解像度: 2.77→43.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 37.185 / SU ML: 0.339 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.434 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26998	1429	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24581	-	-	-
obs	0.24704	26559	96.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.583 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.77→43.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8401	0	14	6	8421

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	8608
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.379	1.971	11667
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.177	5	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.218	23.265	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.575	15	1502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.045	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6544
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	4040
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	6009
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	283
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.362	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.204	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.166	1.5	5422
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.042	2	8573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.717	3	3604
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.72	4.5	3094
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1877 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
2	B	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
3	C	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
4	D	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	A	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
2	B	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
3	C	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
4	D	TIGHT THERMAL	0.1	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.77→2.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	99	-
R_work	0.293	1588	-
obs	-	-	81.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3188	0.1149	0.4889	1.6862	0.4538	2.4427	0.0227	-0.0272	0.0233	0.15	-0.0389	0.0864	-0.1699	-0.2871	0.0162	-0.1837	0.0104	0.0386	-0.0498	0.0012	-0.1306	-39.2066	123.2101	7.3463
2	3.2764	0.8139	-1.2683	1.2547	-0.2676	3.0488	0.1097	-0.117	0.1154	0.1528	-0.1481	0.003	0.0064	0.3664	0.0384	-0.0979	0.0444	0.0147	0.0793	0.014	-0.0775	0.8506	109.5794	7.4445
3	1.9536	1.0348	0.2939	2.9761	0.6182	3.7416	0.1297	0.0331	-0.0675	0.5314	0.0853	-0.4649	-0.2268	0.5618	-0.215	0.0662	-0.0024	-0.0188	-0.0665	0.0058	-0.0107	-14.874	138.4864	25.7347
4	1.6503	0.0586	-0.9811	1.3647	-0.5225	2.7724	-0.0511	-0.0406	-0.2431	0.1455	-0.0318	-0.0046	0.3531	0.1776	0.0829	0.0589	-0.0484	0.0958	-0.1355	0.0326	-0.0761	-26.0288	96.9666	25.1582

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	357 - 622
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	358 - 620
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	358 - 621
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	358 - 621

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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