+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5v4a | ||||||
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Title | A New Glycosyltransferase (DUF1792) from Streptococcus sanguinis | ||||||
Components | GLYCOSYLTRANSFERASE (DUF1792) | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Glycosyltransferase / DUF1792 | ||||||
Function / homology | Glycosyltransferase GT-D fold / Glycosyltransferase GT-D fold / Glycosyl transferase, family 8 / Glycosyl transferase family 8 / glycosyltransferase activity / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Glycosyltransferase, putative Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptococcus sanguinis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Zhang, H. / Wu, H. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: A New Glycosyltransferase (DUF1792) from Streptococcus sanguinis Authors: Zhang, H. / Wu, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5v4a.cif.gz | 241 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5v4a.ent.gz | 193.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5v4a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5v4a_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5v4a_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 5v4a_validation.xml.gz | 28.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5v4a_validation.cif.gz | 43.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/5v4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/5v4a | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31481.525 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: unp residues 801-1074 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus sanguinis (strain SK36) (bacteria) Strain: SK36 / Gene: SSA_0830 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A3CM53 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 2M Ammonium Sulfate, 2% PEG 400, 0.1M HEPES pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Mar 16, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→42.31 Å / Num. obs: 60928 / % possible obs: 94.25 % / Redundancy: 6 % / Net I/σ(I): 9.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.75→42.3 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 29.29
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→42.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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