PDB-3daq: Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from methicilli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3daq

タイトル

Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from methicillin-resistant Staphylococcus aureus

要素

Dihydrodipicolinate synthase

キーワード

LYASE / dihydrodipicolinate synthase / lysine biosynthesis / Amino-acid biosynthesis / Diaminopimelate biosynthesis / Schiff base

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Dobson, R.C.J. / Burgess, B.R. / Jameson, G.B. / Gerrard, J.A. / Parker, M.W. / Perugini, M.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structure and evolution of a novel dimeric enzyme from a clinically-important bacterial pathogen.
著者: Burgess, B.R. / Dobson, R.C.J. / Bailey, M.F. / Atkinson, S.C. / Griffin, M.D.W. / Jameson, G.B. / Parker, M.W. / Gerrard, J.A. / Perugini, M.A.

履歴

登録	2008年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3daq.cif.gz	510 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3daq.ent.gz	418.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3daq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3daq_validation.pdf.gz	464.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3daq_full_validation.pdf.gz	472.9 KB	表示
XML形式データ	3daq_validation.xml.gz	59.4 KB	表示
CIF形式データ	3daq_validation.cif.gz	94.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/3daq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/3daq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yxcS 1dhp 1xxx S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3s8h-d 4eou-d 6nva-4 3pue-d 5t25-d 2pur-d 6ue0-d 3den-d 3du0-d 3noe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydrodipicolinate synthase

B: Dihydrodipicolinate synthase

C: Dihydrodipicolinate synthase

D: Dihydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

130 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dihydrodipicolinate synthase

B: Dihydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Dihydrodipicolinate synthase

D: Dihydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.410, 67.573, 77.998
Angle α, β, γ (deg.)	90.13, 68.85, 72.29
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D
1	3	A
2	3	B
3	3	C
4	3	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	LYS	LYS	3	A	A	225 - 235	224 - 234
2	1	GLN	GLN	LYS	LYS	3	B	B	225 - 235	224 - 234
3	1	GLN	GLN	LYS	LYS	3	C	C	225 - 235	224 - 234
4	1	GLN	GLN	LYS	LYS	3	D	D	225 - 235	224 - 234
1	2	ALA	ALA	GLY	GLY	3	A	A	291 - 292	290 - 291
2	2	ALA	ALA	GLY	GLY	3	B	B	291 - 292	290 - 291
3	2	ALA	ALA	GLY	GLY	3	C	C	291 - 292	290 - 291
4	2	ALA	ALA	GLY	GLY	3	D	D	291 - 292	290 - 291
1	3	PHE	PHE	ASN	ASN	5	A	A	262 - 264	261 - 263
2	3	PHE	PHE	ASN	ASN	5	B	B	262 - 264	261 - 263
3	3	PHE	PHE	ASN	ASN	5	C	C	262 - 264	261 - 263
4	3	PHE	PHE	ASN	ASN	5	D	D	262 - 264	261 - 263

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Dihydrodipicolinate synthase / DHDPS 分子量: 32135.295 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 2-293 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: dapA, SAR1407 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q6GH13, dihydrodipicolinate synthase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1795 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.96 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9 詳細: 16.7% PEG6000, NaF 135mM, LiCl 296mM, NaAC 100mM, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9536 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→30.25 Å / Num. obs: 190869 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 9.84 Å² / R_merge(I) obs: 0.057 / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 18.8
反射シェル	解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.147 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / Num. unique all: 21900 / R_sym value: 0.147 / % possible all: 71.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1yxc

1yxc

解像度: 1.45→30.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 1.84 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16084	9610	5 %	RANDOM
R_work	0.13229	-	-	-
obs	0.13371	181258	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.073 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.83 Å²	-0.08 Å²	-0.34 Å²
2-	-	-0.38 Å²	-0.13 Å²
3-	-	-	-0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→30.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9024	0	58	1795	10877

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	9356
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6044
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.271	1.977	12776
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.887	3	14997
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.927	5	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.069	26.145	415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.27	15	1589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.077	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10402
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	2285
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	6872
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	4999
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	4638
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.255	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.197	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.097	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.767	1.5	6070
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.244	1.5	2366
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.08	2	9625
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.762	3	3648
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.63	4.5	3130
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.772	3	16594
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	2.812	3	1799
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	1.329	3	15236

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	63	tight positional	0.06	0.05
1	2	B	63	tight positional	0.06	0.05
1	3	C	63	tight positional	0.04	0.05
1	4	D	63	tight positional	0.02	0.05
2	1	A	11	tight positional	0.12	0.05
2	2	B	11	tight positional	0.04	0.05
2	3	C	11	tight positional	0.04	0.05
2	4	D	11	tight positional	0.04	0.05
3	1	A	17	medium positional	0.26	0.5
3	2	B	17	medium positional	0.08	0.5
3	3	C	17	medium positional	0.1	0.5
3	4	D	17	medium positional	0.08	0.5
1	1	A	58	loose positional	0.24	5
1	2	B	58	loose positional	0.19	5
1	3	C	58	loose positional	0.38	5
1	4	D	58	loose positional	0.17	5
2	1	A	3	loose positional	0.2	5
2	2	B	3	loose positional	0.07	5
2	3	C	3	loose positional	0.06	5
2	4	D	3	loose positional	0.07	5
3	1	A	22	loose positional	0.12	5
3	2	B	22	loose positional	0.05	5
3	3	C	22	loose positional	0.07	5
3	4	D	22	loose positional	0.05	5
1	1	A	63	tight thermal	0.08	0.5
1	2	B	63	tight thermal	0.05	0.5
1	3	C	63	tight thermal	0.09	0.5
1	4	D	63	tight thermal	0.04	0.5
2	1	A	11	tight thermal	0.03	0.5
2	2	B	11	tight thermal	0.04	0.5
2	3	C	11	tight thermal	0.05	0.5
2	4	D	11	tight thermal	0.03	0.5
3	1	A	17	medium thermal	0.33	2
3	2	B	17	medium thermal	0.34	2
3	3	C	17	medium thermal	0.33	2
3	4	D	17	medium thermal	0.27	2
1	1	A	58	loose thermal	0.54	10
1	2	B	58	loose thermal	0.44	10
1	3	C	58	loose thermal	0.72	10
1	4	D	58	loose thermal	0.3	10
2	1	A	3	loose thermal	0.09	10
2	2	B	3	loose thermal	0.1	10
2	3	C	3	loose thermal	0.1	10
2	4	D	3	loose thermal	0.07	10
3	1	A	22	loose thermal	0.42	10
3	2	B	22	loose thermal	0.6	10
3	3	C	22	loose thermal	0.65	10
3	4	D	22	loose thermal	0.51	10

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.172	475	-
R_work	0.13	9117	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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