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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3da7 | ||||||
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タイトル | A conformationally strained, circular permutant of barnase | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING / CIRCULAR PERMUTANT / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / ENDONUCLEASE / Cytoplasm | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Mitrousis, G. / Butler, J. / Loh, S.N. / Cingolani, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009 タイトル: Structural and thermodynamic analysis of a conformationally strained circular permutant of barnase. 著者: Butler, J.S. / Mitrea, D.M. / Mitrousis, G. / Cingolani, G. / Loh, S.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3da7.cif.gz | 325.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3da7.ent.gz | 267.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3da7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3da7_validation.pdf.gz | 480.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3da7_full_validation.pdf.gz | 498.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3da7_validation.xml.gz | 34.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3da7_validation.cif.gz | 49.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/3da7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/3da7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1brsS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12501.869 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00648*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 10352.739 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11540 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.06 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1M Tris, 14% peg 8k, 150mM (NH4)2SO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.972 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.972 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 50783 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Χ2: 6.279 / Net I/σ(I): 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1brs 解像度: 2.25→19.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 12.107 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.323 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.599 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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