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- PDB-3da0: Crystal structure of a cleaved form of a chimeric receptor bindin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3da0
タイトルCrystal structure of a cleaved form of a chimeric receptor binding protein from Lactococcal phages subspecies TP901-1 and p2
要素Cleaved chimeric receptor binding protein from bacteriophages TP901-1 and p2
キーワードVIRAL PROTEIN / lactococcal phage p2 / lactococcal phage TP901-1 receptor binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, baseplate / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / cell adhesion / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
Lower baseplate protein, N-terminal / Lower baseplate protein N-terminal domain / Phage tail base-plate Siphoviridae RBP, head domain / : / : / Lactophage receptor-binding protein N-terminal shoulder domain / Lactococcus phage p2, Receptor binding protein, neck domain / Receptor-binding protein of phage tail base-plate Siphoviridae, head / Lactophage receptor-binding protein C-terminal head domain / Adenovirus pIV-like, attachment domain ...Lower baseplate protein, N-terminal / Lower baseplate protein N-terminal domain / Phage tail base-plate Siphoviridae RBP, head domain / : / : / Lactophage receptor-binding protein N-terminal shoulder domain / Lactococcus phage p2, Receptor binding protein, neck domain / Receptor-binding protein of phage tail base-plate Siphoviridae, head / Lactophage receptor-binding protein C-terminal head domain / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor binding protein / BPP
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus phage TP901-1 (ファージ)
Lactococcus phage p2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Siponen, M.I. / Blangy, S. / Spinelli, S. / Vera, L. / Cambillau, C. / Campanacci, V.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of a chimeric receptor binding protein constructed from two lactococcal phages.
著者: Siponen, M. / Spinelli, S. / Blangy, S. / Moineau, S. / Cambillau, C. / Campanacci, V.
履歴
登録2008年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cleaved chimeric receptor binding protein from bacteriophages TP901-1 and p2
B: Cleaved chimeric receptor binding protein from bacteriophages TP901-1 and p2
C: Cleaved chimeric receptor binding protein from bacteriophages TP901-1 and p2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5313
ポリマ－44,5313
非ポリマー00
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11450 Å2
ΔGint-42.6 kcal/mol
Surface area15080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.168, 43.682, 78.946
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cleaved chimeric receptor binding protein from bacteriophages TP901-1 and p2


分子量: 14843.647 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus phage TP901-1 (ファージ), (組換発現) Lactococcus phage p2 (ウイルス)
遺伝子: bpp, rbp / プラスミド: pDEST17 O/I / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 pLysRos / 参照: UniProt: Q9G096, UniProt: Q71AW2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.75991 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.110064 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 0.1M Imidazole-malate, 17% PEG4000, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月28日 / 詳細: tiroidal mirror
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→39.01 Å / Num. all: 48882 / Num. obs: 48882 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 23.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rsym value: 0.166 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 6921 / Rsym value: 0.394 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PDB entry 2bsd

2bsd


解像度: 1.65→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.542 / SU ML: 0.062 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20149 1164 2.6 %RANDOM
Rwork0.16411 ---
all0.16505 44350 --
obs0.16505 44350 98.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.527 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å2-0.73 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3---0.07 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.095 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3080 0 0 303 3383
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223199
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.022102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6861.9114362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86235140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5345411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.47724.621145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.9515510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6891515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02652
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.2555
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2140.22317
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.21630
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21853
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2140.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6671.52511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3271.5836
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.65923239
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.09331406
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1814.51118
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 86 -
Rwork0.202 3327 -
obs-86 99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3397-0.1991-0.39720.45020.08330.64960.04140.25340.0659-0.0972-0.05120.1718-0.0447-0.11150.0098-0.05330.0126-0.0228-0.0034-0.0053-0.01916.3385.17615.521
20.3392-0.0380.10910.79390.07480.3617-0.01690.0763-0.11810.0129-0.01880.18170.09550.01040.0357-0.0444-0.01390.0131-0.038-0.0155-0.000411.814-9.93122.223
30.4403-0.13-0.10110.39640.20670.8063-0.02450.01570.04220.0428-0.00610.0551-0.01870.0640.0306-0.0261-0.00730.0153-0.03430.0081-0.030617.2875.01928.95
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA35 - 10435 - 104
2X-RAY DIFFRACTION1AA105 - 165105 - 165
3X-RAY DIFFRACTION2BB35 - 10535 - 105
4X-RAY DIFFRACTION2BB106 - 165106 - 165
5X-RAY DIFFRACTION3CC34 - 5934 - 59
6X-RAY DIFFRACTION3CC60 - 10460 - 104
7X-RAY DIFFRACTION3CC105 - 165105 - 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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