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万見
- PDB-3d9s: Human Aquaporin 5 (AQP5) - High Resolution X-ray Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d9s
タイトルHuman Aquaporin 5 (AQP5) - High Resolution X-ray Structure
要素Aquaporin-5
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Aquaporin / AQP / Aquaglyceroporin / water transport / lipid / Phosphatidylserine / PSF / NPA / ar/R / Water channel / Glycoprotein / Membrane / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


saliva secretion / Passive transport by Aquaporins / pancreatic juice secretion / water transport / water channel activity / camera-type eye morphogenesis / cellular hypotonic response / odontogenesis / microvillus / cytoplasmic vesicle membrane ...saliva secretion / Passive transport by Aquaporins / pancreatic juice secretion / water transport / water channel activity / camera-type eye morphogenesis / cellular hypotonic response / odontogenesis / microvillus / cytoplasmic vesicle membrane / basal plasma membrane / carbon dioxide transport / protein homotetramerization / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Aquaporin 5 / Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PS6 / Aquaporin-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 2 Å
データ登録者Horsefield, R. / Norden, K. / Fellert, M. / Backmark, A. / Tornroth-Horsefield, S. / Terwisscha Van Scheltinga, A.C. / Kvassman, J. / Kjellbom, P. / Johanson, U. / Neutze, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: High-resolution x-ray structure of human aquaporin 5
著者: Horsefield, R. / Norden, K. / Fellert, M. / Backmark, A. / Tornroth-Horsefield, S. / Terwisscha van Scheltinga, A.C. / Kvassman, J. / Kjellbom, P. / Johanson, U. / Neutze, R.
履歴
登録2008年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aquaporin-5
B: Aquaporin-5
C: Aquaporin-5
D: Aquaporin-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,1645
ポリマ－113,5974
非ポリマー5681
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13190 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area32430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.477, 90.644, 184.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Aquaporin-5 / AQP-5


分子量: 28399.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: EasySelect Pichia Expression Kit (Invitrogen) / 遺伝子: AQP5 / プラスミド: pPICZB / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: P55064
#2: 化合物 ChemComp-PS6 / O-[(S)-{[(2S)-2-(hexanoyloxy)-3-(tetradecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-D-serine


分子量: 567.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H50NO10P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細PS6 IS A MODIFIED FORM OF PHOSPHATIDYLSERINE (PSF).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 19% polyethylene glycol 400, 0.1M Tris HCl pH 7.6, 0.1M NaCl, 6% v/v 1,6-hexanediol, 3% v/v 1,4-butanediol or 3% v/v 1,3-propanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 170 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→52.56 Å / Num. all: 84751 / Num. obs: 84751 / % possible obs: 82.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 26.15 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 12232 / Rsym value: 0.494 / % possible all: 82.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
MxCuBEデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO
開始モデル: PDB ENTRY 1J4N

1j4n


解像度: 2→10 Å / Num. parameters: 29577 / Num. restraintsaints: 30558 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Firstly, a homology model for AQP5 was generated using the SWISS-MODEL web server with the bovine AQP1 structure (PDB 1J4N) as a template. The homology model was then used as search model in ...詳細: Firstly, a homology model for AQP5 was generated using the SWISS-MODEL web server with the bovine AQP1 structure (PDB 1J4N) as a template. The homology model was then used as search model in molecular replacement calculations. See primary citation for additional details.; This data is merohedrally twinned; THE TWINNING OPERATOR IS (H,K,L) -> (k, h, -l) AND THE TWINNING FRACTION IS 0.463. Diffraction data was from a crystal with near-perfect pseudo-merohedral twinning with the twin operator(010 100 00-1)swapping the a and b axes. Therefore, conventional programs/maps are not recommended when analysing this PDB and structure factors. ShelX (with BASF and TWIN values set) is useful for map calculation but the twinning compatible scripts are best for reliable omit maps (see Supporting Information of primary citation).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 4174 -THIN RESOLUTION SHELLS (RANDOMLY) TO ACCOUNT FOR TWINNING; TWIN RELATED REFLECTIONS ALWAYS IN THE SAME SET (WORK OR TEST SET) NOT DIVIDED BETWEEN THEM.
Rwork0.162 ---
all-84751 --
obs-79673 78 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.2 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 7386.58
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7241 0 38 111 7390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0241
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.103
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
LS精密化 シェル解像度: 2→2.11 Å / Rfactor Rfree: 0.193 / Rfactor Rwork: 0.162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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