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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3d9r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ketosteroid isomerase-like protein (YP_049581.1) from ERWINIA CAROTOVORA ATROSEPTICA SCRI1043 at 2.40 A resolution | ||||||
![]() | ketosteroid isomerase-like protein | ||||||
![]() | ISOMERASE / YP_049581.1 / ketosteroid isomerase-like protein / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / Unknown ligand / SnoaL-like domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of ketosteroid isomerase-like protein (YP_049581.1) from ERWINIA CAROTOVORA ATROSEPTICA SCRI1043 at 2.40 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 116 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 471.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 480 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 134 / Label seq-ID: 1 - 134
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詳細 | AUTHORS STATE THAT SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY INDICATES THAT THE DIMER IS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14678.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: YP_049581.1, ECA1476 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.57 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 2.0000M NaCl, 0.1M Acetate pH 4., NANODROP, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月4日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.4→29.841 Å / Num. obs: 42374 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 54.294 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 6.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. AN UNKNOWN LIGAND (UNL) WAS MODELED AT THE PUTATIVE ACTIVE SITE ON EACH SUBUNIT IN THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. 5. GLYCEROL MOLECULES USED AS A CRYOPROTECTANT WERE MODELED INTO THE STRUCTURE. UNEXPLAINED ELECTRON DENSITY AT THE N-TERMINAL REGION OF SUBUNIT B WAS NOT MODELED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.537 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.841 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 1553 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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