[日本語] English
万見
- PDB-3d9h: Crystal Structure of the Splice Variant of Human ASB9 (hASB9-2), ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d9h
タイトルCrystal Structure of the Splice Variant of Human ASB9 (hASB9-2), an Ankyrin Repeat Protein
要素cDNA FLJ77766, highly similar to Homo sapiens ankyrin repeat and SOCS box-containing 9 (ASB9), transcript variant 2, mRNA
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / PROTEIN BINDING / ASB9 / ANK repeat / L-shaped / alpha-helices
機能・相同性
機能・相同性情報


Cul5-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / positive regulation of protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeat and SOCS box protein 9/11, SOCS box domain / : / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. ...Ankyrin repeat and SOCS box protein 9/11, SOCS box domain / : / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ankyrin repeat and SOCS box protein 9 / Ankyrin repeat and SOCS box protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Fei, X. / Gu, X. / Fan, S. / Zhang, C. / Ji, C.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of the Splice Variant of Human ASB9 (hASB9-2), an Ankyrin Repeat Protein
著者: Fei, X. / Gu, X. / Fan, S. / Zhang, Y. / Li, F. / Zhang, C. / Gong, W. / Mao, Y. / Ji, C.
履歴
登録2008年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: cDNA FLJ77766, highly similar to Homo sapiens ankyrin repeat and SOCS box-containing 9 (ASB9), transcript variant 2, mRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4251
ポリマ－30,4251
非ポリマー00
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.254, 129.254, 129.254
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-23-

ARG

詳細THERE ARE SOME CLOSE CONTACTS BASED ON CRYSTAL SYMMETRY IN THIS ENTRY. THEREFORE, PISA CAN NOT SUGGEST ANY POSSIBLE QUATERNARY STRUCTURE. PLEASE SEE THE DETAILS IN REMARK 3.

-
要素

#1: タンパク質 cDNA FLJ77766, highly similar to Homo sapiens ankyrin repeat and SOCS box-containing 9 (ASB9), transcript variant 2, mRNA / Ankyrin repeat and SOCS box-containing 9 / isoform CRA_b / hASB9-2


分子量: 30425.484 Da / 分子数: 1 / 変異: A207V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: hASB9-2 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta / 参照: UniProt: A8K8A5, UniProt: Q96DX5*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.41 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Imidazole pH 6.5, 1.0M Sodium acetate trihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 19383 / Num. obs: 19367 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 44.3 / Num. measured all: 709934
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N11

1n11


解像度: 2.2→35.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 4.253 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; The segments from Phe19 to Ser26 in two crystallographic symmetry-related molecules are related by a crystallographic 2-fold axis, and their ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; The segments from Phe19 to Ser26 in two crystallographic symmetry-related molecules are related by a crystallographic 2-fold axis, and their densities overlap. So the depositors had to ignore the close contacts between these two segments given by validation software and assigned the occupancy of each segment to 0.5 to avoid clash.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 996 5.2 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.196 18322 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.468 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→35.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1823 0 0 157 1980
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0211874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3691.9462565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6125249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.60224.64384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.43315304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2611510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021444
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2895
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21240
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1030.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.931.51232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55621920
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4393719
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7714.5637
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 69 -
Rwork0.211 1332 -
all-1401 -
obs--99.64 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る