PDB-3d9b: Symmetric structure of E. coli AcrB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d9b

タイトル

Symmetric structure of E. coli AcrB

要素

Acriflavine resistance protein B

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / alpha-helices / transmembrane protein / Inner membrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.42 Å

データ登録者

Veesler, D. / Blangy, S. / Cambillau, C. / Sciara, G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: There is a baby in the bath water: AcrB contamination is a major problem in membrane-protein crystallization.
著者: Veesler, D. / Blangy, S. / Cambillau, C. / Sciara, G.

履歴

登録	2008年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2012年3月21日	Group: Database references
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3d9b.ent.gz	165.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	2i6wS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3w9i-2 4zln-1 2gif-d 5yil-d 3w9j-1 2hrt-2 2i6w-1 2v50-1 3w9j-2 4zjl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Acriflavine resistance protein B

ヘテロ分子

114 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acriflavine resistance protein B

ヘテロ分子

A: Acriflavine resistance protein B

ヘテロ分子

A: Acriflavine resistance protein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
341 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.740, 145.740, 514.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1201- NI

#1: タンパク質	Acriflavine resistance protein B 分子量: 113665.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31224
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 4.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.38 % 解説: The total number of all reflections collected is 176182
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 0.1M MES, 31% PEG 400, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.42→20 Å / Num. obs: 28788 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.12 % / B_iso Wilson estimate: 67.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.124 / R_sym value: 0.124 / Net I/σ(I): 11.97
反射シェル	解像度: 3.42→3.6 Å / 冗長度: 6.24 % / R_merge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 3.25 / Num. unique all: 4072 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2I6W

2i6w

解像度: 3.42→19.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.871 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.802 / SU B: 87.26 / SU ML: 0.634 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.656 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.35459	1152	4 %	RANDOM
R_work	0.28851	-	-	-
obs	0.29114	27636	100 %	-
all	-	28788	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.522 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0.05 Å²	0 Å²
2-	-	0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.15 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.656 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.42→19.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7950	0	1	0	7951

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	8018
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5236
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.408	1.964	10905
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.075	3	12823
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.433	5	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.052	24.652	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.867	15	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.982	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.19	0.2	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	8994
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.252	0.2	2362
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	5523
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	3976
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	4227
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	247
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.149	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.262	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.262	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.112	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.639	1.5	6650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.058	1.5	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.698	2	8325
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.615	3	3277
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.951	4.5	2580
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.42→3.506 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.394	82	-
R_work	0.341	1961	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.247	2.4087	8.8827	3.2058	6.1433	13.9303	-0.7213	0.3904	0.3238	-0.2555	-0.5542	-0.924	1.7532	0.0614	1.2755	-0.1324	0.434	0.2552	0.0266	0.5309	-0.2062	61.0176	27.9102	21.2523
2	4.3656	-0.4832	-3.9692	0.3285	1.3528	6.6431	0.7366	0.5584	0.1216	0.2903	-0.1287	-0.2655	0.2735	-0.5715	-0.6078	0.001	0.2712	0.0013	-0.1756	0.1975	0.301	55.0897	44.8282	68.322
3	1.0051	2.2064	1.5534	5.2723	2.2206	5.6986	-0.1711	-0.0662	-0.5153	-0.0786	-0.0723	-0.1813	0.1417	1.0599	0.2434	-0.0833	0.1826	0.0521	0.0719	-0.09	-0.1741	61.3982	51.2284	70.068
4	1.8494	2.4356	1.7158	5.4982	3.0433	4.001	0.3769	0.1475	0.1512	-0.0921	-0.0179	-0.4288	0.06	0.2905	-0.359	-0.1123	0.2521	0.0189	0.091	0.0834	-0.2434	55.6654	33.9731	75.1268
5	2.7318	-0.0092	-0.1793	0.535	-0.5596	0.5983	0.317	-0.5725	-0.3785	0.0554	-0.0834	0.0517	-0.272	0.175	-0.2336	0.0042	-0.0206	-0.0247	0.0041	0.0808	-0.4766	65.4675	25.5536	97.2246
6	9.1529	-0.0923	7.5291	3.2871	0.1896	10.4731	0.1772	-0.6773	-0.5124	0.6795	0.113	0.2459	0.4268	-0.8582	-0.2902	-0.0952	-0.1176	0.2815	-0.1034	0.2088	-0.7135	51.1298	26.0303	98.0341
7	8.1205	-6.0586	2.6877	4.5203	-2.0053	0.8896	1.5285	1.6216	-0.2501	-0.43	-1.461	-0.4178	0.6931	1.0315	-0.0675	0.1143	0.1938	-0.0558	0.3703	0.0388	-0.2563	48.0485	25.6651	63.3234
8	6.0342	-1.126	0.277	5.5153	0.3752	6.6644	-0.3062	-0.3832	-0.3278	0.2301	0.3076	-0.7075	1.5946	0.6548	-0.0014	-0.2199	0.1205	0.002	-0.0861	-0.0856	-0.3743	45.2772	30.5537	27.1918
9	1.5486	-0.4177	-2.9783	2.3451	1.0676	5.7592	-0.3506	-0.6586	0.9035	-0.3261	-0.3716	-0.2551	0.2379	0.8478	0.7221	-0.4505	0.2261	-0.1409	0.249	0.1708	0.6116	50.5361	41.4982	21.7569
10	0.7665	-0.7494	-1.0911	5.5286	-2.1876	4.7715	-0.0022	-0.0878	0.197	-0.8955	-0.2679	-0.3577	0.6735	-0.0301	0.2701	-0.6942	0.1359	-0.0739	-0.076	0.1656	-0.4585	40.7678	39.4418	13.9228
11	0.0327	-0.1099	-0.0102	1.7502	-2.3638	4.1655	0.2301	-0.0873	0.2609	0.1759	0.0887	0.3009	-0.3279	-0.3112	-0.3188	-0.1361	-0.1157	-0.1338	0.1736	0.1476	-0.2507	32.564	45.9945	57.3628
12	8.169	-6.45	-12.2117	7.228	9.9143	18.2896	0.7924	0.5608	1.4121	-0.7331	1.0667	-0.6952	-1.4369	2.801	-1.8591	0.07	-0.1453	-0.2218	-0.0072	0.4043	-0.5421	38.8349	38.4184	70.8101
13	9.2352	2.1385	1.3083	9.9581	4.3925	8.1249	0.4914	1.4343	0.7386	-0.1921	-0.0337	-0.0297	-0.6284	-0.5055	-0.4577	-0.1675	0.1081	-0.1993	-0.182	0.2938	-0.4499	30.7921	41.8568	60.9
14	0.0585	0.1549	-0.6069	2.9899	-2.6272	6.6992	0.051	-0.2328	0.5271	0.3231	-0.2269	0.8325	-1.116	-0.3304	0.1759	-0.313	0.1082	0.1645	-0.0485	-0.1755	0.2015	44.7721	61.9848	80.989
15	4.6286	-2.6853	0.1859	9.8675	1.902	0.7256	0.095	-0.7594	-0.042	0.3622	-0.2341	0.2363	-0.0775	-0.1976	0.1391	-0.1004	-0.1456	0.1723	-0.0333	0.0216	-0.7838	52.4619	37.1383	97.8082
16	0.5766	-0.8937	-0.3424	1.385	0.5306	0.2033	0.5173	-0.0355	0.4717	0.3996	-0.1121	0.5877	-0.0891	0.3484	-0.4051	-0.0907	-0.1446	0.1497	0.0756	-0.1368	-0.0609	49.5173	54.7433	91.331
17	11.9651	-2.328	5.3788	6.0667	-2.0032	10.292	-0.4094	1.9012	0.6021	-0.8774	0.0677	0.6693	-1.4699	-0.1615	0.3417	-0.3583	0.1004	-0.006	-0.0712	0.1299	-0.1196	44.5715	66.7959	62.3663
18	4.0431	-0.3387	-1.0011	8.3184	2.5009	0.9525	-0.107	-0.2169	0.6063	0.7907	1.4743	-0.2143	-0.6873	3.5726	-1.3672	-0.1531	0.0631	0.2499	0.7137	-0.6391	0.2687	51.9116	59.9875	28.4823
19	1.5486	0.1201	1.8754	1.2102	-0.9066	11.2111	0.0677	0.1552	0.1712	-0.0064	0.184	-0.2187	-0.2877	0.2658	-0.2517	-0.4322	0.0174	-0.1823	-0.1963	-0.0126	-0.0338	41.5588	51.3205	20.4082
20	2.8057	-0.4519	2.7573	1.1398	1.0182	4.714	0.373	0.1724	0.1244	0.0836	0.3933	-0.7282	-0.5085	-0.4757	-0.7663	-0.2426	0.1226	-0.1528	-0.2824	-0.1527	-0.2811	39.6039	51.1297	19.6796

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 28	1 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	29 - 59	29 - 59
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	60 - 106	60 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	107 - 177	107 - 177
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	178 - 240	178 - 240
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	241 - 284	241 - 284
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	285 - 337	285 - 337
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	338 - 389	338 - 389
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	390 - 465	390 - 465
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	466 - 539	466 - 539
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	540 - 615	540 - 615
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	616 - 633	616 - 633
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	634 - 677	634 - 677
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	678 - 740	678 - 740
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	741 - 792	741 - 792
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	793 - 829	793 - 829
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	830 - 865	830 - 865
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	A	866 - 900	866 - 900
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	A	901 - 974	901 - 974
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	A	975 - 1044	975 - 1044

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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