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- PDB-3d97: Crystal Structure of the R132K:R111L:L121E Mutant of Apo-Cellular... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d97
タイトルCrystal Structure of the R132K:R111L:L121E Mutant of Apo-Cellular Retinoic Acid Binding Protein Type II At 1.50 Angstroms Resolution
要素Cellular retinoic acid-binding protein 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CRABPII / RETINOIC ACID / RETINOIDS / BETA BARREL / HIGH RESOLUTION / MUTANT / Cytoplasm / Nucleus / Retinol-binding / Transport / Vitamin A
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport / cyclin binding / fatty acid binding / regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellular retinoic acid-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Vaezeslami, S. / Geiger, J.H.
引用ジャーナル: Thesis
タイトル: Determining Crystal Structures of Proteins and Protein Complexes by X-Ray Crystallography: X-Ray Crystallographic Studies of the Mutants of Cellular Retinoic Acid Binding Protein Type ...タイトル: Determining Crystal Structures of Proteins and Protein Complexes by X-Ray Crystallography: X-Ray Crystallographic Studies of the Mutants of Cellular Retinoic Acid Binding Protein Type II Toward Designing a Mimic of Rhodopsin.
著者: Vaezeslami, S. / Jia, X. / Vasileiou, C. / Borhan, B. / Geiger, J.H.
履歴
登録2008年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity / Item: _entity.formula_weight
改定 1.42021年10月20日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellular retinoic acid-binding protein 2
B: Cellular retinoic acid-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3805
ポリマ－31,0512
非ポリマー3283
水6,035335
1
A: Cellular retinoic acid-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8082
ポリマ－15,5261
非ポリマー2821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cellular retinoic acid-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5723
ポリマ－15,5261
非ポリマー462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.553, 37.220, 61.058
Angle α, β, γ (deg.)73.400, 73.700, 89.730
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Cellular retinoic acid-binding protein 2 / Cellular retinoic acid-binding protein II / CRABP-II / Retinoic acid-binding protein II / cellular


分子量: 15525.708 Da / 分子数: 2 / 変異: R111L, L121E, R132K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP2 / プラスミド: pET17-b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P29373
#2: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% (w/v) PEG 4000, 0.1 M Bis-TRIS Propane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→55.9 Å / Num. all: 42526 / Num. obs: 42526 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.2976 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 93

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MOSFLMデータ削減
AUTOMARデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FS6

2fs6


解像度: 1.5→55.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.806 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 4167 10 %RANDOM
Rwork0.154 ---
obs0.161 41632 93.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.517 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å2-0.25 Å20.13 Å2
2---1.26 Å2-0.11 Å2
3---1.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→55.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2163 0 23 350 2536
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0222215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3251.9732992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4345272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.71226.21195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.25215420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.219158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1730.2351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021590
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.2941
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.21509
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1490.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2510.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1430.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6391.51365
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.84822223
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3183884
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.6344.5769
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.21332249
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.3213350
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.08532184
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 256 -
Rwork0.22 2224 -
all-2480 -
obs--75.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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